La mejor herramienta para cada tarea
Software gratuito y de código abierto para análisis de microscopía
Todas estas herramientas son gratuitas. Fiji y QuPath leen formatos propietarios como CZI, ND2, LIF y SVS mediante la biblioteca Bio-Formats (QuPath también usa OpenSlide); ilastik espera TIFF, HDF5 u OME-Zarr, así que primero convierte.
Software comercial de análisis de microscopía
Ninguno de los fabricantes de abajo publica un precio; todos venden por cotización, normalmente con módulos, suscripciones o licencias institucionales, y la mayoría ofrece una prueba. Imaris 11.1 agregó un lector nativo de ZEISS CZI; arivis Pro lee más de 30 formatos, incluidos CZI, ND2, LIF y VSI; Aivia lee más de 45 formatos, incluido LIF nativo; HALO lee los principales formatos de lámina completa, incluidos SVS, NDPI, MRXS, CZI e iSyntax.
Qué cambió en 2023-2026
- MetaMorph está descontinuado. Molecular Devices dejó de ofrecer la suite MetaMorph, incluidos MetaFluor y MetaVue, después del 7 de julio de 2023, y no indica ningún reemplazo (Molecular Devices).
- CellProfiler no ha tenido una versión estable desde la 4.2.8, de septiembre de 2024. Existe una etiqueta de desarrollo 5.0, pero no una versión publicada.
- Aperio ImageScope ya no está en desarrollo activo, según Leica; sigue siendo un visor gratuito para Windows (consulta ImageScope en una Mac).
- arivis Vision4D ahora es ZEISS arivis Pro, y sigue siendo solo para Windows.
- Imaris 11.1 lee ZEISS CZI de forma nativa (septiembre de 2026).
- NIS-Elements AR 7 requiere Windows 11 Pro y no es compatible con Windows 10.
- La versión principal de Fiji pasó a Java 21 y admite compilaciones para arm64.
- Los modelos de Cellpose están entrenados con datos CC-BY-NC, lo que importa si los usas comercialmente, aunque el código tenga licencia BSD.
- Leica Aivia sigue en desarrollo: Aivia 16 salió en junio de 2026.
Cómo elegir
Parte de la tarea, no de la lista de funciones. La mayor parte del tiempo de trabajo con imágenes se va en cuatro tareas: ver y verificar una adquisición, medir y registrar, cuantificar objetos y construir un pipeline a medida. Las dos primeras necesitan un visor rápido; la última, una plataforma programable.
Patología de lámina completa: primero QuPath; HALO o Visiopharm cuando un laboratorio necesita cuantificación de tejidos validada y a escala. Confocal y 3D: Imaris o arivis Pro si el presupuesto lo permite; si no, Fiji, napari o Icy, con Huygens para la deconvolución. Cribados de alto contenido: CellProfiler. Segmentación con aprendizaje profundo: Cellpose o StarDist, dentro de napari, Fiji o QuPath, o ilastik para el entrenamiento interactivo. La gestión y el intercambio de datos son una tarea aparte: OMERO (gratuito) guarda y sirve imágenes para todo lo anterior.
Revisa tu formato de archivo antes de decidirte. La compatibilidad con Bio-Formats no garantiza que se abran todas las variantes; la propia documentación de QuPath advierte que los formatos listados no siempre se abrirán correctamente. Nuestro benchmark de formatos abrió 792 archivos reales en 14 formatos y publica cada fallo.
Dónde encaja SlideScope
SlideScope es un visor de escritorio para Windows y Mac que abre directamente CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM y OME-TIFF; desde la versión 1.10.0, también VSI, OIB y OIR, LSM, ZVI, Leica LOF y XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK y ND y OME-Zarr local, y desde la versión 1.20.0, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 y Olympus SIS, con los metadatos de adquisición que registra cada archivo. Mide en micrómetros calibrados, conserva las anotaciones y ejecuta cuantificación local: segmenta núcleos, células o partículas en tu propia computadora y exporta conteos, morfología e intensidad como CSV, GeoJSON y TIFF de máscara, con procesamiento por lotes sobre una carpeta. No tiene scripts, macros ni pipelines personalizados, así que para análisis a medida conserva Fiji, CellProfiler, QuPath o napari y usa SlideScope antes de ellos. Comparaciones: Fiji e ImageJ, QuPath y napari, CellProfiler.
Preguntas sobre software de análisis de imágenes de microscopía
¿Cuál es el mejor software gratuito para el análisis de imágenes de microscopía?
Para análisis de uso general, Fiji (ImageJ) es la opción gratuita estándar: funciona en Windows, macOS y Linux, abre la mayoría de los formatos de microscopio mediante Bio-Formats y tiene miles de plugins. Para imágenes de patología de lámina completa, QuPath es la opción gratuita habitual; para pipelines por lotes en muchas imágenes, CellProfiler; para segmentación con aprendizaje automático sin código, ilastik; para flujos de trabajo con Python y aprendizaje profundo, napari con Cellpose o StarDist.
¿Es mejor Fiji o QuPath para imágenes de lámina completa?
QuPath. Está construido en torno a las imágenes de lámina completa: transmite la pirámide de la imagen por partes, y sus anotaciones, su detección de células y sus scripts están diseñados para láminas de gigapíxeles. Fiji es la caja de herramientas más general, pero no está diseñado para imágenes de lámina completa muy grandes.
¿Qué software abre archivos CZI, ND2 y LIF?
Las herramientas de los fabricantes (ZEISS ZEN o el ZEN lite gratuito para CZI, Nikon NIS-Elements o el NIS-Elements Viewer gratuito para ND2, Leica LAS X para LIF), Fiji y QuPath mediante Bio-Formats, y suites comerciales como arivis Pro, Imaris (CZI nativo desde la 11.1), Aivia y HALO. SlideScope abre los tres directamente en Windows y Mac. ilastik no los lee directamente; primero convierte a TIFF o HDF5.
¿Cuál es el mejor software para el análisis de imágenes confocales y 3D?
Imaris (Oxford Instruments) y ZEISS arivis Pro son las principales opciones comerciales para renderizado interactivo 3D y 4D, superficies y seguimiento; arivis Pro funciona solo en Windows, e Imaris en Windows y macOS. Las opciones gratuitas son Fiji con plugins 3D, napari e Icy. Para la deconvolución antes del análisis, SVI Huygens es la herramienta comercial especializada.
¿Puedo hacer segmentación celular con aprendizaje profundo sin programar?
Sí. ilastik entrena clasificadores de píxeles y de objetos de forma interactiva; Cellpose tiene una interfaz gráfica (se instala con Python); StarDist funciona como plugin dentro de Fiji, QuPath y napari. Entre las opciones comerciales están Leica Aivia (segmentación a partir de ejemplos), Evident cellSens TruAI y arivis Pro. SlideScope segmenta núcleos, células o partículas en tu propia computadora con recetas integradas o guardadas, sin entrenamiento.
¿SlideScope es un software de análisis de imágenes?
En parte. SlideScope es un visor de escritorio que también mide en unidades calibradas, conserva las anotaciones, y segmenta y cuenta núcleos, células o partículas en tu propia computadora, con procesamiento por lotes sobre una carpeta y exportaciones a CSV, GeoJSON y máscaras. No tiene scripts, macros ni pipelines personalizados; para eso, Fiji, CellProfiler, QuPath o napari siguen siendo las herramientas adecuadas.
Fuentes
Las plataformas, las licencias y las versiones provienen del sitio y de las páginas de versiones de cada proyecto o fabricante, revisadas el 8 de octubre de 2026 y enlazadas en las tablas de arriba. Cuando un fabricante no declara algo públicamente (por ejemplo, los sistemas operativos de HALO o Visiopharm), la tabla lo indica en lugar de adivinar. Correcciones: support@slidescope.science.
¿Primero necesitas abrir y medir los archivos?
Prueba SlideScope con tus propios archivos CZI, ND2, LIF o de lámina completa. La biblioteca de muestras incluida es gratuita con todas las herramientas; tus propias imágenes requieren una suscripción (PayPal o tarjeta).
Descargar SlideScope