Wat hij opent
Sleep om te verschuiven, scrol of knijp om te zoomen, dubbelklik om in te zoomen; de toetsen + en − werken ook. Staat er een pixelgrootte in het bestand, dan volgt een schaalbalk de zoom. Weergave opslaan als PNG bewaart wat er op het scherm staat.
Waarom de meeste online viewers een 16-bit TIFF zwart tonen
Microscoopcamera's leggen 12, 14 of 16 bits per pixel vast, maar een scherm toont er 8. Een viewer die 0–65.535 rechtstreeks op 0–255 afbeeldt, perst een typisch fluorescentiebeeld, waarvan het signaal tussen een paar honderd en een paar duizend ligt, in de onderste paar grijsniveaus: zwart. Deze viewer stelt het weergavebereik van elk kanaal in op basis van het 0,1e en 99,9e percentiel van de data (hetzelfde idee als de Auto-knop van Fiji), en je kunt exacte minimum- en maximumwaarden typen of terugzetten naar het volledige bereik. Dat verandert alleen wat je ziet, nooit het bestand.
Wat het niet opent
- JPEG 2000-SVS (Aperio-compressie 33003/33005), JPEG XR en JPEG XL kunnen in een browser niet worden gedecodeerd zonder WebAssembly, en dat laadt deze pagina niet.
- Niet op TIFF gebaseerd: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR en DICOM hebben een desktoplezer nodig. NDPI lijkt op TIFF, maar slaat elk niveau op als één enorme JPEG, te groot voor een browsertabblad.
- OME-TIFF met meerdere series toont de eerste serie.
- Geen metingen, annotaties of analyse: het is een viewer.
Voor die formaten, en om te meten, te annoteren en cellen te tellen op je eigen beelden, opent SlideScope 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden. Gratis alternatieven: Fiji (Bio-Formats) en QuPath.
Hoe het een bestand opent zonder het te uploaden
Als je een bestand kiest, geeft de browser deze pagina een verwijzing naar het bestand op je schijf. De pagina leest alleen de bytes die nodig zijn: eerst de TIFF-directory, dan de tegels voor het deel van het beeld dat op het scherm staat, en decodeert ze op de pagina met een opensource-TIFF-lezer (geotiff). Er wordt niets naar een server gestuurd, dus ongepubliceerde data en coupes met patiëntlabels blijven op je computer, en coupes van meerdere gigabytes openen in enkele seconden omdat ze nergens naartoe worden gekopieerd. Sluit je het tabblad, dan is het bestand van de pagina verdwenen.
De pagina laadt haar eigen scripts van slidescope.science en de privacyvriendelijke paginaweergaventeller van de site; geen van beide ziet ooit je beeld. Opensourcelicenties: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Vragen
Hoe bekijk ik een TIFF-bestand online zonder het te uploaden?
Open het op deze pagina: de browser leest het bestand van je schijf en tekent het op de pagina, en er wordt niets naar een server gestuurd. De meeste andere online TIFF-viewers uploaden het bestand eerst.
Waarom ziet mijn TIFF er zwart of helemaal wit uit?
Het is bijna altijd een 16-bit beeld waarvan de waarden maar een klein deel van het bereik 0–65.535 gebruiken. Automatisch contrast rekt het werkelijke bereik van de data uit over het scherm; stel het minimum en maximum met de hand in voor vergelijkbare beelden.
Kan hij zeer grote TIFF-bestanden openen?
Ja, als het bestand in tegels is opgeslagen en een piramide heeft (whole-slide-beelden, piramidale OME-TIFF, BigTIFF): alleen de tegels op het scherm worden gelezen, dus coupes van meerdere gigabytes openen snel. Een groot beeld zonder piramide kun je verkennen door te zoomen en te verschuiven, maar niet in zijn geheel tonen.
Kan hij TIFF's met meerdere pagina's en Z-stacks openen?
Ja. Pagina's, Z-vlakken en tijdpunten krijgen schuifregelaars; OME-TIFF en ImageJ-hyperstacks worden gelezen als kanalen, Z en tijd.
Werkt hij op een Mac of een iPhone?
Hij werkt in elke actuele browser, ook in Safari op macOS en iOS. Safari kan eenvoudige TIFF's zelf tonen, maar geen 16-bit, meerkanaals of piramidale.
Is deze TIFF-viewer gratis?
Ja, het is gratis en je hebt geen account nodig. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden.
Meer nodig dan een browser kan?
SlideScope opent 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac, waaronder CZI, ND2, LIF, MRXS en JPEG 2000-SVS, met meten, annotaties, cellen tellen en OME-TIFF-export op volledige resolutie. Probeer elke tool gratis op de ingebouwde voorbeelden; voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Al besloten? Nu abonneren.