הפיקסלים שלכם נשארים אצלכם
הפילוח והמדידה רצים מקומית. יורדים רק משקלי המודל, ו-SlideScope מאמת את טביעת ה-SHA-256 שלהם לפני הטעינה. שום דבר מהתמונה אינו נשלח, וזה ההבדל שקובע כשמדובר בנתונים לא מפורסמים, בחומר ממטופלים ובוועדות אתיקה.
כימות מקומי
ספרו גרעינים, תאים וחלקיקים בלי שאף פיקסל יעזוב
הכימות המקומי הופך את השקופית שאתם ממילא מסתכלים עליה למספרים. הפילוח והמדידה רצים במחשב שלכם, כך שתמונות לא מפורסמות ותמונות ממטופלים לעולם אינן עוזבות את המכונה, והתוצאה מופיעה באותו חלון שבו התמונה.
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5
למה לכמת כאן
שני מנועים, שניהם מפורשים
הריצו משקלי למידה עמוקה מאומתים של InstanSeg לגרעינים ולתאים, או סף קלאסי מפורש עם בחירת Otsu אוטומטית, זיהוי קוטביות, החלקה וגבולות שטח. תמיד ברור איזה מנוע הפיק מספר, וסיכום השיטות מתעד זאת.
נבנה כדי להיות ניתן לשחזור
כל ריצה מתוארת במתכון שמור: סוג עצם, מנוע, ערוץ, ספים, גבולות שטח וערוצי סמן. טענו את המתכון מחדש, הריצו שוב את התיקייה, ותקבלו את אותו ניתוח. סיכום השיטות המיוצא כתוב כך שאפשר להדביק אותו לכתב יד.
מה יוצא
- ספירת עצמים, עם צפיפות מכוילת למילימטר רבוע בכל מקום שבו גודל הפיקסל מתועד
- שטח, היקף ומאפייני צורה לכל עצם
- עוצמה ממוצעת בכל ערוץ, לא רק בערוץ הפילוח
- סיווג אופציונלי של עצמים חיוביים לסמן מול ערוץ סמן אחד או שניים
- התפלגויות גודל ועוצמה על פני כלל אוכלוסיית העצמים
- שכבות־על הניתנות לעריכה, כך שאפשר להוציא עצם שהפילוח קרא לא נכון לפני הייצוא
ייצוא שמתאים לעבודה אמיתית
- טבלת עצמים ב-CSV לסטטיסטיקה ב-R, Python, Prism או גיליון אלקטרוני
- קווי מתאר ב-GeoJSON ש-QuPath ו-ASAP מייבאים ישירות
- מסכת TIFF מתויגת עם המתכון מוטמע במטא־נתוני הקובץ
- PNG מוער לאיורים ולמצגות
- JSON מסכם לשימוש תוכנתי בהמשך
- סיכום שיטות כתוב שאפשר להדביק לכתב יד
חמש דקות מהתמונה למספרים
בחרו את האזור
כמתו את התמונה כולה או רק את האזור שסימנתם. עבודה על אזור שומרת על שקופית בגודל ג׳יגה־פיקסל מהירה ומשאירה את הניתוח על הרקמה שבאמת מעניינת אתכם.
בחרו עצמים ומנוע
גרעינים, תאים או חלקיקים. InstanSeg לגרעינים ולתאים, סף קלאסי לכל השאר או כשצריך כלל מפורש לחלוטין.
בדקו את שכבת־העל
התוצאות מופיעות כשכבת־על על התמונה. עברו על טבלת העצמים, בחנו חריגים והוציאו את מה שהפילוח קרא לא נכון. שום דבר אינו סופי עד שתאשרו.
ייצאו או הריצו תיקייה
ייצאו את החבילה, או שמרו את ההגדרות כמתכון והריצו את אותו ניתוח על תיקייה שלמה במעבר אחד, עם סיכום מאוחד לאצווה.
שאלות נפוצות
האם התמונות שלי יוצאות מהמחשב?
לא. הפילוח והמדידה רצים בתוך תהליך SlideScope במחשב שלכם. בקשת הרשת היחידה היא הורדה חד־פעמית של משקלי המודל, ו-SlideScope מאמת את טביעת ה-SHA-256 של הארכיון ושל המודל לפני שהוא טוען קוד כלשהו.
באיזה מנוע לבחור?
InstanSeg לגרעינים ולתאים בשדה בהיר או בפלואורסצנציה: הוא מפריד עצמים נוגעים הרבה יותר טוב מסף. המנוע הקלאסי לחלקיקים, לצביעות לא שגרתיות, או בכל פעם שצריך כלל שאפשר לנסח במדויק בפרק השיטות.
אפשר לסמוך על המספרים לפרסום?
התייחסו אליהם כתוצר מחקרי שדורש בקרת איכות מצדכם. SlideScope מציג את הפילוח כשכבת־על ניתנת לעריכה בדיוק כדי שתוכלו לבדוק אותו, ומייצא סיכום שיטות שמתאר כיצד הופק כל מספר. התוצאות אינן מאומתות לאבחון או להחלטה קלינית.
לשימוש מחקרי בלבד. התוצאות דורשות בקרת איכות חזותית ואינן מאומתות לאבחון או להחלטה קלינית.
כמתו את השקופיות שלכם השבוע
תקופת הניסיון של 14 יום היא בגישה מלאה, כולל כימות מקומי והרצות אצווה על תיקיות. נסו אותה על התמונות שהמעבדה שלכם באמת עובדת עליהן.