작업별 최적의 도구
무료 및 오픈 소스 현미경 분석 소프트웨어
모두 무료입니다. Fiji와 QuPath는 Bio-Formats 라이브러리를 통해 CZI, ND2, LIF, SVS 같은 독점 형식을 읽습니다(QuPath는 OpenSlide도 사용). ilastik은 TIFF, HDF5 또는 OME-Zarr를 입력으로 받으므로 먼저 변환하세요.
상용 현미경 분석 소프트웨어
아래 제조사 중 가격을 공개하는 곳은 없습니다. 모두 견적 방식으로 판매하며 보통 모듈, 구독 또는 기관 라이선스 형태이고, 대부분 체험판을 제공합니다. Imaris 11.1은 네이티브 ZEISS CZI 리더를 추가했고, arivis Pro는 CZI, ND2, LIF, VSI를 포함해 30개 이상의 형식을, Aivia는 네이티브 LIF를 포함해 45개 이상의 형식을 읽으며, HALO는 SVS, NDPI, MRXS, CZI, iSyntax를 포함한 주요 전체 슬라이드 형식을 읽습니다.
2023-2026년에 바뀐 것
- MetaMorph는 단종되었습니다. Molecular Devices는 2023년 7월 7일 이후 MetaFluor와 MetaVue를 포함한 MetaMorph 제품군 제공을 중단했으며, 대체 제품은 밝히지 않았습니다(Molecular Devices).
- CellProfiler는 2024년 9월의 4.2.8 이후 안정 릴리스가 없습니다. 5.0 개발 태그는 있지만 릴리스는 없습니다.
- Leica에 따르면 Aperio ImageScope는 더 이상 활발히 개발되지 않습니다. 여전히 무료 Windows 뷰어로 남아 있습니다(Mac에서의 ImageScope 참고).
- arivis Vision4D는 이제 ZEISS arivis Pro입니다. 여전히 Windows 전용입니다.
- Imaris 11.1은 ZEISS CZI를 네이티브로 읽습니다(2026년 9월).
- NIS-Elements AR 7은 Windows 11 Pro가 필요하며 Windows 10과 호환되지 않습니다.
- Fiji의 메인 빌드는 Java 21로 옮겨 갔으며 arm64 빌드를 지원합니다.
- Cellpose 모델은 CC-BY-NC 데이터로 학습되었습니다. 코드는 BSD 라이선스이지만, 상업적으로 사용한다면 이 점이 중요합니다.
- Leica Aivia는 여전히 개발 중입니다. Aivia 16이 2026년 6월에 출시되었습니다.
선택하는 방법
기능 목록이 아니라 작업에서 출발하세요. 이미징 시간 대부분은 네 가지 작업에 쓰입니다. 획득 결과를 보고 확인하기, 측정하고 기록하기, 객체 정량화하기, 맞춤형 파이프라인 만들기입니다. 앞의 두 가지에는 빠른 뷰어가, 마지막 작업에는 프로그래밍 가능한 플랫폼이 필요합니다.
전체 슬라이드 병리: 우선 QuPath, 연구실에 검증된 대규모 조직 정량화가 필요하다면 HALO나 Visiopharm. 공초점과 3D: 예산이 허락하면 Imaris나 arivis Pro, 아니라면 Fiji, napari 또는 Icy, 디컨볼루션에는 Huygens. 하이 콘텐츠 스크리닝: CellProfiler. 딥러닝 분할: napari, Fiji 또는 QuPath 안에서 쓰는 Cellpose나 StarDist, 대화형 학습에는 ilastik. 데이터 관리와 공유는 별개의 작업입니다. OMERO(무료)가 위의 모든 도구를 위해 이미지를 저장하고 제공합니다.
결정하기 전에 파일 형식을 확인하세요. Bio-Formats가 지원한다고 해서 모든 변형이 열린다는 보장은 없습니다. QuPath 자체 문서도 목록에 있는 형식이 항상 제대로 열리지는 않는다고 경고합니다. 저희 형식 벤치마크는 14개 형식의 실제 파일 792개를 열어 보고 모든 실패 사례를 공개합니다.
SlideScope의 위치
SlideScope는 CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM, OME-TIFF를 바로 여는 Windows 및 Mac용 데스크톱 뷰어입니다. 버전 1.10.0부터는 VSI, OIB와 OIR, LSM, ZVI, Leica LOF와 XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK와 ND, 로컬 OME-Zarr도, 버전 1.20.0부터는 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4, Olympus SIS도 각 파일에 기록된 획득 메타데이터와 함께 엽니다. 교정된 마이크로미터로 측정하고, 주석을 보관하며, 로컬 정량화를 실행합니다. 내 컴퓨터에서 핵, 세포 또는 입자를 분할하고 개수, 형태, 강도를 CSV, GeoJSON, 마스크 TIFF로 내보내며, 폴더 단위 일괄 실행도 지원합니다. 스크립팅, 매크로, 맞춤형 파이프라인은 없으므로, 맞춤 분석에는 Fiji, CellProfiler, QuPath 또는 napari를 계속 쓰고 그 앞단에서 SlideScope를 사용하세요. 비교: Fiji와 ImageJ, QuPath와 napari, CellProfiler.
현미경 이미지 분석 소프트웨어에 대한 질문
현미경 이미지 분석에 가장 좋은 무료 소프트웨어는 무엇인가요?
범용 분석에는 Fiji(ImageJ)가 표준 무료 선택지입니다. Windows, macOS, Linux에서 실행되고, Bio-Formats를 통해 대부분의 현미경 형식을 열며, 수천 개의 플러그인이 있습니다. 전체 슬라이드 병리 이미지에는 보통 QuPath를, 많은 이미지에 걸친 일괄 파이프라인에는 CellProfiler를, 코드 없는 머신러닝 분할에는 ilastik을, Python과 딥러닝 워크플로에는 Cellpose나 StarDist를 곁들인 napari를 씁니다.
전체 슬라이드 이미지에는 Fiji와 QuPath 중 무엇이 더 좋나요?
QuPath입니다. 전체 슬라이드 이미지를 중심으로 만들어져 이미지 피라미드를 스트리밍하며, 주석, 세포 검출, 스크립팅이 기가픽셀 슬라이드에 맞게 설계되어 있습니다. Fiji는 더 범용적인 도구 상자이지만 아주 큰 전체 슬라이드 이미지를 위해 설계되지는 않았습니다.
CZI, ND2, LIF 파일은 어떤 소프트웨어로 여나요?
제조사 도구(CZI는 ZEISS ZEN 또는 무료 ZEN lite, ND2는 Nikon NIS-Elements 또는 무료 NIS-Elements Viewer, LIF는 Leica LAS X), Bio-Formats를 통한 Fiji와 QuPath, 그리고 arivis Pro, Imaris(11.1부터 네이티브 CZI), Aivia, HALO 같은 상용 제품군이 있습니다. SlideScope는 Windows와 Mac에서 세 형식 모두를 바로 엽니다. ilastik은 이 형식들을 바로 읽지 못하므로 먼저 TIFF나 HDF5로 변환하세요.
공초점 및 3D 이미지 분석에 가장 좋은 소프트웨어는 무엇인가요?
Imaris(Oxford Instruments)와 ZEISS arivis Pro가 대화형 3D 및 4D 렌더링, 표면, 추적을 위한 주요 상용 선택지입니다. arivis Pro는 Windows 전용이고, Imaris는 Windows와 macOS에서 실행됩니다. 무료 선택지로는 3D 플러그인을 쓴 Fiji, napari, Icy가 있습니다. 분석 전 디컨볼루션에는 SVI Huygens가 전문 상용 도구입니다.
코딩 없이 딥러닝 세포 분할을 할 수 있나요?
예. ilastik은 픽셀 및 객체 분류기를 대화형으로 학습시키고, Cellpose에는 그래픽 인터페이스가 있으며(Python과 함께 설치), StarDist는 Fiji, QuPath, napari 안에서 플러그인으로 실행됩니다. 상용 선택지로는 Leica Aivia(예시 기반 분할), Evident cellSens TruAI, arivis Pro가 있습니다. SlideScope는 학습 없이 내장 또는 저장된 레시피로 내 컴퓨터에서 핵, 세포 또는 입자를 분할합니다.
SlideScope는 이미지 분석 소프트웨어인가요?
부분적으로 그렇습니다. SlideScope는 교정된 단위로 측정하고, 주석을 보관하고, 내 컴퓨터에서 핵, 세포 또는 입자를 분할하고 계수하는 데스크톱 뷰어로, 폴더 단위 일괄 실행과 CSV, GeoJSON, 마스크 내보내기를 지원합니다. 스크립팅, 매크로, 맞춤형 파이프라인은 없으며, 이런 작업에는 여전히 Fiji, CellProfiler, QuPath 또는 napari가 적합합니다.
출처
플랫폼, 라이선스, 릴리스 버전은 각 프로젝트나 제조사의 자체 사이트와 릴리스 페이지에서 가져왔으며, 2026년 10월 8일에 확인하고 위 표에 링크했습니다. 제조사가 공개적으로 밝히지 않은 정보(예: HALO나 Visiopharm의 운영 체제)는 추측하지 않고 표에 그렇게 표시했습니다. 정정 요청: support@slidescope.science.
먼저 파일을 열고 측정해야 하나요?
내 CZI, ND2, LIF 또는 전체 슬라이드 파일로 SlideScope를 사용해 보세요. 내장 샘플 라이브러리는 모든 도구와 함께 무료이며, 내 이미지를 열려면 구독(PayPal 또는 카드)이 필요합니다.
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