SlideScope 익히기

설치에서 실제 결과까지

아래 가이드는 모두 누군가 실제로 끝내야 하는 작업이며, 솔직한 소요 시간과 세 단계로 되어 있습니다. SlideScope가 처음이라면 시작 경로부터, 아니라면 눈앞의 작업으로 바로 가세요.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

여기서 시작

한 번만, 10분 남짓. 순서대로 하면 이 페이지의 나머지가 전부 이해됩니다.

  1. 설치하고 활성화하기

    Windows나 macOS용 서명된 빌드를 내려받고, 체험판이나 구독에 사용한 계정으로 로그인하세요. 활성화는 기기에 묶이고 구독 하나가 두 대를 지원하므로, 노트북과 워크스테이션 모두 로그인 상태를 유지할 수 있습니다.

  2. 첫 슬라이드 열기

    CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM, TIFF 파일을 창에 끌어다 놓으세요. 가져오기 단계도 변환도 없습니다. SlideScope는 스캐너 피라미드를 바로 읽기 때문에 기가픽셀 슬라이드도 평범한 노트북에서 열립니다.

  3. 화면에 익숙해지기

    스크롤로 확대, 드래그로 이동, 개요 내비게이터로 위치를 잃지 않고 슬라이드를 건너뜁니다. 메타데이터 패널을 일찍 확인하세요. 거기 기록된 픽셀 크기가 이후 모든 측정을 어림이 아닌 보정값으로 만들어 줍니다.

작업별 가이드

오늘 하려는 일과 맞는 것을 고르세요.

형광 이미지에서 핵 세기

6 분
  1. 이미지를 열고 셀 영역을 선택하세요. 슬라이드 전체가 아니라 영역을 정량하면 실행이 빠르고, 결과도 실제로 관심 있는 조직 위에 남습니다.
  2. 정량 패널에서 핵을 고르고 엔진은 InstanSeg, 분할 채널은 DAPI나 핵 염색 채널로 지정하세요. 첫 실행에서는 고급 설정을 건드리지 마세요.
  3. 실행한 뒤 숫자보다 오버레이를 먼저 보세요. 잘못돼 보이는 객체를 클릭해 제외한 다음, CSV와 방법 요약을 함께 내보냅니다.

구조를 마이크로미터로 측정하기

4 분
  1. 메타데이터 패널에 픽셀 크기가 표시되는지 확인하세요. 스캐너가 기록했다면 측정값이 실제 마이크로미터로 나오고, 없다면 무엇을 재기 전에 수동으로 보정해야 합니다.
  2. 측정 도구를 골라 구조 위로 끌어 그리세요. 거리와 면적은 지금 보고 있는 확대 수준이 아니라 슬라이드 전체 해상도로 계산됩니다.
  3. 측정을 저장해 슬라이드에 붙어 있게 하고, 나중에 다른 곳에서 필요할 때 표는 CSV로, 영역은 GeoJSON으로 내보내세요.

H&E와 대응하는 IHC 대조하기

5 분
  1. 첫 슬라이드를 열고 그 옆에 두 번째를 여세요. 두 창이 조직의 같은 위치, 같은 배율에 고정됩니다.
  2. 배율 계수가 아니라 마이크로미터로 축척을 맞추므로, 해상도가 다른 두 스캔도 실제로 대응합니다. 한쪽 창을 옮기거나 확대하면 다른 쪽이 따라옵니다.
  3. 적절한 쪽 창에 주석을 다세요. 메모는 각자의 슬라이드와 계정에 붙어 있어서 다음 판독자도 볼 수 있습니다.

폴더 전체를 한 번에 정량하기

8 분
  1. 먼저 이미지 한 장을 제대로 맞추세요. 대표 이미지 한 장에서 객체 유형, 엔진, 채널, 면적 한계를 오버레이가 맞아 보일 때까지 조정합니다.
  2. 그 설정을 레시피로 저장하고 석 달 뒤에도 알아볼 이름을 붙이세요.
  3. 폴더 일괄 실행을 골라 디렉터리를 지정하고 돌리세요. 이미지별 내보내기와 함께 통합 배치 요약 CSV가 나오며, 모든 이미지가 동일한 설정으로 분석됩니다.

지금 보는 화면을 그대로 공유하기

3 분
  1. 상대가 봤으면 하는 시야로 이동하고, 보여 주고 싶은 배율과 평면에 맞추세요.
  2. 공유 뷰 링크를 만드세요. 슬라이드와 함께 위치, 배율, 평면을 담고 있어 상대가 기가픽셀 스캔을 뒤질 필요가 없습니다.
  3. 보내세요. SlideScope가 설치돼 있으면 slidescope:// 스킴으로 한 번에 열리고, 없으면 웹사이트에서 링크가 가리키는 것을 먼저 보게 됩니다.

참고

작업하는 동안 탭에 열어 두세요.

자주 묻는 질문

완전히 처음입니다. 어디서 시작할까요?

시작 3단계를 순서대로 하고 측정 가이드를 하세요. 이 네 가지가 새 사용자가 첫 주에 필요로 하는 대부분을 덮습니다. 다음으로는 계수 가이드가 좋습니다. 아직 정량이 필요 없다고 생각하더라도, SlideScope가 보정을 어떻게 다루는지 이해하는 가장 빠른 길입니다.

스크립트를 배워야 하나요?

아닙니다. 이 페이지의 어떤 것도 스크립트, 매크로, 플러그인, 파이썬 환경을 요구하지 않습니다. 정량은 코드가 아니라 저장된 레시피로 돌아갑니다. 프로그래밍 가능한 플랫폼만큼 유연하지는 않은 대신 결과까지 훨씬 빠릅니다.

연구실의 다른 사람은 어떻게 교육하나요?

본인 작업의 실제 슬라이드를 가리키는 공유 뷰 링크를 이 페이지와 함께 보내세요. 인위적인 실습 파일보다 익숙한 것을 여는 편이 낫고, 링크가 있으면 스캔의 다른 구석이 아니라 당신과 같은 시야를 보게 됩니다.

자기 이미지로 익히기

14일 체험판은 전체 기능입니다. 예제 파일이 아니라 연구실이 실제로 다루는 슬라이드로 이 가이드를 따라가 보세요.

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