Najlepsze narzędzie do każdego zadania
Bezpłatne i open source oprogramowanie do analizy obrazów mikroskopowych
Wszystkie te narzędzia są bezpłatne. Fiji i QuPath odczytują formaty własnościowe, takie jak CZI, ND2, LIF i SVS, przez bibliotekę Bio-Formats (QuPath korzysta też z OpenSlide); ilastik oczekuje plików TIFF, HDF5 lub OME-Zarr, więc najpierw trzeba je przekonwertować.
Komercyjne oprogramowanie do analizy obrazów mikroskopowych
Żaden z poniższych producentów nie publikuje cen; wszyscy sprzedają na podstawie indywidualnej wyceny, zwykle z modułami, subskrypcjami lub licencjami instytucjonalnymi, a większość oferuje wersję próbną. Imaris 11.1 dodał natywny czytnik ZEISS CZI; arivis Pro odczytuje ponad 30 formatów, w tym CZI, ND2, LIF i VSI; Aivia odczytuje ponad 45 formatów, w tym natywnie LIF; HALO odczytuje główne formaty obrazów całych preparatów, w tym SVS, NDPI, MRXS, CZI i iSyntax.
Co zmieniło się w latach 2023-2026
- MetaMorph został wycofany. Molecular Devices przestało oferować pakiet MetaMorph, w tym MetaFluor i MetaVue, po 7 lipca 2023 roku i nie wskazuje następcy (Molecular Devices).
- CellProfiler nie miał stabilnego wydania od wersji 4.2.8 z września 2024. Istnieje znacznik rozwojowy 5.0, ale nie wydanie.
- Aperio ImageScope nie jest już aktywnie rozwijany, według firmy Leica; pozostaje bezpłatną przeglądarką na Windows (zobacz ImageScope na Macu).
- arivis Vision4D to teraz ZEISS arivis Pro, nadal tylko na Windows.
- Imaris 11.1 natywnie odczytuje ZEISS CZI (wrzesień 2026).
- NIS-Elements AR 7 wymaga Windows 11 Pro i nie jest zgodny z Windows 10.
- Główna kompilacja Fiji przeszła na Javę 21 i obsługuje kompilacje arm64.
- Modele Cellpose są trenowane na danych CC-BY-NC, co ma znaczenie przy użyciu komercyjnym, mimo że kod ma licencję BSD.
- Leica Aivia jest nadal rozwijana: Aivia 16 ukazała się w czerwcu 2026.
Jak wybrać
Zacznij od zadania, nie od listy funkcji. Większość czasu przy obrazowaniu pochłaniają cztery zadania: obejrzenie i weryfikacja akwizycji, pomiary i dokumentowanie, kwantyfikacja obiektów oraz budowa niestandardowego potoku przetwarzania. Dwa pierwsze wymagają szybkiej przeglądarki; ostatnie wymaga programowalnej platformy.
Patologia na obrazach całych preparatów: przede wszystkim QuPath; HALO lub Visiopharm, gdy laboratorium potrzebuje zwalidowanej kwantyfikacji tkanek na dużą skalę. Mikroskopia konfokalna i 3D: Imaris lub arivis Pro, jeśli pozwala budżet, a jeśli nie, Fiji, napari lub Icy, z Huygens do dekonwolucji. Badania high-content: CellProfiler. Segmentacja z uczeniem głębokim: Cellpose lub StarDist w napari, Fiji lub QuPath albo ilastik do interaktywnego trenowania. Zarządzanie danymi i udostępnianie to osobne zadanie: OMERO (bezpłatne) przechowuje i udostępnia obrazy dla wszystkich powyższych.
Sprawdź swój format pliku, zanim się zdecydujesz. Obsługa w Bio-Formats nie gwarantuje, że otworzy się każdy wariant; własna dokumentacja QuPath ostrzega, że wymienione formaty nie zawsze otwierają się prawidłowo. Nasz benchmark formatów otworzył 792 prawdziwe pliki w 14 formatach i publikuje każde niepowodzenie.
Gdzie pasuje SlideScope
SlideScope to przeglądarka desktopowa na Windows i Maca, która bezpośrednio otwiera CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM i OME-TIFF, od wersji 1.10.0 także VSI, OIB i OIR, LSM, ZVI, Leica LOF i XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK i ND oraz lokalne OME-Zarr, a od wersji 1.20.0 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 i Olympus SIS, wraz z metadanymi akwizycji zapisanymi w każdym pliku; mierzy w skalibrowanych mikrometrach, przechowuje adnotacje i wykonuje lokalną kwantyfikację: segmentuje jądra, komórki lub cząstki na Twoim komputerze i eksportuje liczebności, morfologię i intensywność jako CSV, GeoJSON i maski TIFF, z przetwarzaniem wsadowym całego folderu. Nie ma skryptów, makr ani niestandardowych potoków, więc do niestandardowej analizy zachowaj Fiji, CellProfiler, QuPath lub napari, a SlideScope używaj przed nimi. Porównania: Fiji i ImageJ, QuPath i napari, CellProfiler.
Pytania o oprogramowanie do analizy obrazów mikroskopowych
Jakie jest najlepsze bezpłatne oprogramowanie do analizy obrazów mikroskopowych?
Do analizy ogólnego przeznaczenia standardowym bezpłatnym wyborem jest Fiji (ImageJ): działa na Windows, macOS i Linuksie, otwiera większość formatów mikroskopowych przez Bio-Formats i ma tysiące wtyczek. Do obrazów całych preparatów w patologii zwykłym bezpłatnym wyborem jest QuPath; do potoków wsadowych dla wielu obrazów CellProfiler; do segmentacji z uczeniem maszynowym bez kodu ilastik; do przepływów pracy w Pythonie i z uczeniem głębokim napari z Cellpose lub StarDist.
Fiji czy QuPath: co jest lepsze do obrazów całych preparatów?
QuPath. Jest zbudowany wokół obrazów całych preparatów: strumieniuje piramidę obrazów, a jego adnotacje, wykrywanie komórek i skrypty są zaprojektowane do gigapikselowych preparatów. Fiji to bardziej uniwersalny zestaw narzędzi, ale nie jest przeznaczony do bardzo dużych obrazów całych preparatów.
Jakie oprogramowanie otwiera pliki CZI, ND2 i LIF?
Narzędzia producentów (ZEISS ZEN lub bezpłatny ZEN lite dla CZI, Nikon NIS-Elements lub bezpłatny NIS-Elements Viewer dla ND2, Leica LAS X dla LIF), Fiji i QuPath przez Bio-Formats oraz pakiety komercyjne, takie jak arivis Pro, Imaris (natywnie CZI od wersji 11.1), Aivia i HALO. SlideScope otwiera wszystkie trzy bezpośrednio na Windows i Macu. ilastik nie odczytuje ich bezpośrednio; najpierw przekonwertuj je do TIFF lub HDF5.
Jakie jest najlepsze oprogramowanie do analizy obrazów konfokalnych i 3D?
Imaris (Oxford Instruments) i ZEISS arivis Pro to główne komercyjne opcje do interaktywnego renderowania 3D i 4D, powierzchni i śledzenia; arivis Pro działa tylko na Windows, Imaris na Windows i macOS. Opcje bezpłatne to Fiji z wtyczkami 3D, napari i Icy. Do dekonwolucji przed analizą specjalistycznym narzędziem komercyjnym jest SVI Huygens.
Czy mogę wykonać segmentację komórek z uczeniem głębokim bez programowania?
Tak. ilastik interaktywnie trenuje klasyfikatory pikseli i obiektów; Cellpose ma interfejs graficzny (instalowany z Pythonem); StarDist działa jako wtyczka w Fiji, QuPath i napari. Opcje komercyjne to m.in. Leica Aivia (segmentacja na podstawie przykładów), Evident cellSens TruAI i arivis Pro. SlideScope segmentuje jądra, komórki lub cząstki na Twoim komputerze za pomocą wbudowanych lub zapisanych przepisów, bez trenowania.
Czy SlideScope to oprogramowanie do analizy obrazów?
Częściowo. SlideScope to przeglądarka desktopowa, która również mierzy w skalibrowanych jednostkach, przechowuje adnotacje oraz segmentuje i liczy jądra, komórki lub cząstki na Twoim komputerze, z przetwarzaniem wsadowym całego folderu i eksportem do CSV, GeoJSON i masek. Nie ma skryptów, makr ani niestandardowych potoków; do tego właściwymi narzędziami pozostają Fiji, CellProfiler, QuPath lub napari.
Źródła
Platformy, licencje i wersje wydań pochodzą z własnych stron projektów lub producentów oraz ich stron z wydaniami, sprawdzonych 8 października 2026 i podlinkowanych w tabelach powyżej. Tam, gdzie producent czegoś publicznie nie podaje (na przykład systemów operacyjnych HALO lub Visiopharm), tabela to zaznacza, zamiast zgadywać. Poprawki: support@slidescope.science.
Najpierw musisz otworzyć i zmierzyć pliki?
Wypróbuj SlideScope na własnych plikach CZI, ND2, LIF lub obrazach całych preparatów. Wbudowana biblioteka przykładów jest bezpłatna ze wszystkimi narzędziami; do własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja (PayPal lub karta).
Pobierz SlideScope