Nejlepší nástroj pro každý úkol
Bezplatný a open-source software pro analýzu mikroskopických snímků
Všechny tyto nástroje jsou zdarma. Fiji a QuPath čtou proprietární formáty jako CZI, ND2, LIF a SVS prostřednictvím knihovny Bio-Formats (QuPath používá také OpenSlide); ilastik očekává TIFF, HDF5 nebo OME-Zarr, takže soubory nejprve převeďte.
Komerční software pro analýzu mikroskopických snímků
Žádný z níže uvedených výrobců nezveřejňuje cenu; všichni prodávají na základě nabídky, obvykle s moduly, předplatným nebo institucionálními licencemi, a většina nabízí zkušební verzi. Imaris 11.1 přidal nativní čtečku ZEISS CZI; arivis Pro čte více než 30 formátů včetně CZI, ND2, LIF a VSI; Aivia čte více než 45 formátů včetně nativního LIF; HALO čte hlavní formáty celoplošných snímků včetně SVS, NDPI, MRXS, CZI a iSyntax.
Co se změnilo v letech 2023–2026
- MetaMorph byl ukončen. Molecular Devices přestala balík MetaMorph, včetně MetaFluor a MetaVue, nabízet po 7. červenci 2023 a neuvádí žádnou náhradu (Molecular Devices).
- CellProfiler nemá od verze 4.2.8 ze září 2024 žádné stabilní vydání. Existuje vývojová značka 5.0, ale žádné vydání.
- Aperio ImageScope se podle společnosti Leica již aktivně nevyvíjí; zůstává bezplatným prohlížečem pro Windows (viz ImageScope na Macu).
- arivis Vision4D je nyní ZEISS arivis Pro, stále jen pro Windows.
- Imaris 11.1 čte ZEISS CZI nativně (září 2026).
- NIS-Elements AR 7 vyžaduje Windows 11 Pro a není kompatibilní s Windows 10.
- Hlavní sestavení Fiji přešlo na Javu 21 a podporuje sestavení pro arm64.
- Modely Cellpose jsou trénované na datech CC-BY-NC, což je důležité, pokud je používáte komerčně, i když kód má licenci BSD.
- Leica Aivia se stále vyvíjí: Aivia 16 vyšla v červnu 2026.
Jak vybrat
Vycházejte z úkolu, ne ze seznamu funkcí. Většina času stráveného se snímky připadá na čtyři úkoly: prohlédnout a ověřit akvizici, měřit a zaznamenávat, kvantifikovat objekty a sestavit vlastní zpracovatelský řetězec. První dva potřebují rychlý prohlížeč; poslední programovatelnou platformu.
Patologie celých preparátů: především QuPath; HALO nebo Visiopharm, když laboratoř potřebuje validovanou kvantifikaci tkání ve velkém měřítku. Konfokální mikroskopie a 3D: Imaris nebo arivis Pro, pokud to rozpočet dovolí, jinak Fiji, napari nebo Icy, s Huygens pro dekonvoluci. High-content screening: CellProfiler. Segmentace hlubokým učením: Cellpose nebo StarDist v napari, Fiji nebo QuPath, případně ilastik pro interaktivní trénování. Správa a sdílení dat je samostatný úkol: OMERO (zdarma) ukládá a zpřístupňuje snímky pro všechny výše uvedené.
Než se rozhodnete, ověřte svůj formát souborů. Podpora v Bio-Formats nezaručuje, že se otevře každá varianta; vlastní dokumentace QuPath upozorňuje, že uvedené formáty se ne vždy otevřou správně. Náš benchmark formátů otevřel 792 skutečných souborů ve 14 formátech a zveřejňuje každé selhání.
Kam SlideScope zapadá
SlideScope je desktopový prohlížeč pro Windows a Mac, který přímo otevírá CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM a OME-TIFF, od verze 1.10.0 také VSI, OIB a OIR, LSM, ZVI, Leica LOF a XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK a ND a místní OME-Zarr a od verze 1.20.0 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 a Olympus SIS, včetně metadat akvizice, která každý soubor zaznamenává. Měří v kalibrovaných mikrometrech, uchovává anotace a provádí místní kvantifikaci: segmentuje jádra, buňky nebo částice ve vašem počítači a exportuje počty, morfologii a intenzitu jako CSV, GeoJSON a maskový TIFF, s dávkovým zpracováním celé složky. Nemá skriptování, makra ani vlastní zpracovatelské řetězce, takže pro specifickou analýzu si ponechte Fiji, CellProfiler, QuPath nebo napari a SlideScope používejte před nimi. Srovnání: Fiji a ImageJ, QuPath a napari, CellProfiler.
Otázky k softwaru pro analýzu mikroskopických snímků
Jaký je nejlepší bezplatný software pro analýzu mikroskopických snímků?
Pro obecnou analýzu je standardní bezplatnou volbou Fiji (ImageJ): běží ve Windows, macOS a Linuxu, otevírá většinu mikroskopických formátů prostřednictvím Bio-Formats a má tisíce pluginů. Pro snímky celých patologických preparátů je obvyklou bezplatnou volbou QuPath; pro dávkové zpracovatelské řetězce napříč mnoha snímky CellProfiler; pro segmentaci strojovým učením bez kódu ilastik; pro postupy v Pythonu a s hlubokým učením napari s Cellpose nebo StarDist.
Je pro celoplošné snímky lepší Fiji, nebo QuPath?
QuPath. Je postaven kolem celoplošných snímků: streamuje obrazovou pyramidu a jeho anotace, detekce buněk a skriptování jsou navrženy pro gigapixelové preparáty. Fiji je obecnější sada nástrojů, ale pro velmi velké celoplošné snímky navržena není.
Jaký software otevře soubory CZI, ND2 a LIF?
Nástroje výrobců (ZEISS ZEN nebo bezplatný ZEN lite pro CZI, Nikon NIS-Elements nebo bezplatný NIS-Elements Viewer pro ND2, Leica LAS X pro LIF), Fiji a QuPath prostřednictvím Bio-Formats a komerční balíky jako arivis Pro, Imaris (nativní CZI od verze 11.1), Aivia a HALO. SlideScope otevře všechny tři přímo ve Windows i na Macu. ilastik je přímo nečte; nejprve je převeďte do TIFF nebo HDF5.
Jaký je nejlepší software pro analýzu konfokálních a 3D snímků?
Imaris (Oxford Instruments) a ZEISS arivis Pro jsou hlavní komerční volby pro interaktivní 3D a 4D vykreslování, povrchy a sledování; arivis Pro běží jen ve Windows, Imaris ve Windows i macOS. Bezplatnými možnostmi jsou Fiji s 3D pluginy, napari a Icy. Pro dekonvoluci před analýzou je specializovaným komerčním nástrojem SVI Huygens.
Lze provádět segmentaci buněk hlubokým učením bez programování?
Ano. ilastik trénuje klasifikátory pixelů a objektů interaktivně; Cellpose má grafické rozhraní (instaluje se s Pythonem); StarDist běží jako plugin ve Fiji, QuPath a napari. Komerční možnosti zahrnují Leica Aivia (segmentace podle příkladu), Evident cellSens TruAI a arivis Pro. SlideScope segmentuje jádra, buňky nebo částice ve vašem počítači pomocí vestavěných nebo uložených receptů, bez trénování.
Je SlideScope software pro analýzu snímků?
Zčásti. SlideScope je desktopový prohlížeč, který také měří v kalibrovaných jednotkách, uchovává anotace a segmentuje a počítá jádra, buňky nebo částice ve vašem počítači, s dávkovým zpracováním celé složky a exportem do CSV, GeoJSON a masek. Nemá skriptování, makra ani vlastní zpracovatelské řetězce; pro ně zůstávají správnými nástroji Fiji, CellProfiler, QuPath nebo napari.
Zdroje
Platformy, licence a verze vydání pocházejí z vlastních webů a stránek s vydáními jednotlivých projektů či výrobců, ověřeno 8. října 2026 a odkázáno v tabulkách výše. Pokud výrobce něco veřejně neuvádí (například operační systémy pro HALO nebo Visiopharm), tabulka to uvádí, místo aby hádala. Opravy: support@slidescope.science.
Potřebujete soubory nejprve otevřít a změřit?
Vyzkoušejte SlideScope na vlastních souborech CZI, ND2, LIF nebo celoplošných snímcích. Vestavěná knihovna ukázek je zdarma se všemi nástroji; pro vlastní snímky potřebujete předplatné (PayPal nebo karta).
Stáhnout SlideScope