Počítejte buňky a hodnoťte IHC otázkou položenou vašemu preparátu
Napište otázku k otevřenému snímku, třeba „Kolik procent jader je v této oblasti Ki67-pozitivních?“ AI asistent naplánuje kroky a SlideScope ve vašem počítači spustí vlastní nástroje pro počítání, hodnocení IHC a měření. Každé číslo v odpovědi pochází z jednoho z těchto nástrojů, s doklady k ověření a s tlačítkem, které kroky zopakuje bez AI. Pouze pro výzkumné účely.
Každé číslo z místního nástrojeRežim Bez obrázků (No images): snímek zůstává ve vašem počítačiDoklady, opakovaný výpočet a export
Jak Ask Your Slide funguje
Otevřete snímek ve SlideScope ve Windows nebo macOS: celoplošný snímek, konfokální stack, fluorescenční snímek nebo soubor v kterémkoli z formátů, které SlideScope otevírá.
Zeptejte se běžným jazykem. Pokud se otázka týká jedné oblasti, nejprve ji vyznačte nebo přibližte příslušné pole. Odpovědi mohou přijít ve kterémkoli ze 14 jazyků.
AI plánuje, místní nástroje pracují. Asistent zvolí kroky (spočítat jádra, ohodnotit DAB, změřit oblast, najít hotspoty) a SlideScope každý z nich provede ve vašem počítači. Každou akci vidíte na snímku a každou lze vrátit zpět.
Přečtěte si odpověď i s doklady. Odpověď cituje přesná zobrazení, z nichž vycházela, jako [R1], [R2] atd.: kliknutím na citaci se do daného zobrazení vrátíte. Doklady uvádějí každý krok s plochou v pixelech, rovinou, parametry a výsledky a odpověď ukazuje, co bylo odesláno.
Ověřte, zopakujte a exportujte. Funkce Spustit znovu bez AI přepočítá stejné kroky místně a zkontroluje, že čísla vyjdou shodně. Exportujte odpověď, záznam analýzy a odstavec do metodiky, nebo vytvořte obrázek s měřítkem.
Podívejte se na 62sekundovou ukázku nahranou ve SlideScope 1.23 na veřejných ukázkových snímcích (IHC BrdU z EPFL, CC BY 4.0; czitools DAPI/GFP). Bez zvuku.
Na co se můžete zeptat a které nástroje odpovídají
Ask Your Slide pracuje s vlastními nástroji SlideScope: počítání jader, buněk nebo částic (segmentace hlubokým učením InstanSeg nebo klasická metoda), hodnocení IHC pro DAB, statistiky oblastí, kalibrovaná měření, statistiky saturace kanálů, vyhledávání hotspotů, obrysy oblastí, poznámky a ovládání zobrazení. Několik příkladů:
Zeptáte se
Nástroje, které SlideScope spustí
Co získáte
„Kolik procent jader je v této oblasti Ki67-pozitivních?“
Počítání jader (InstanSeg), pak hodnocení IHC pro DAB
Procento pozitivních jader s počtem spočítaných jader a obrysy na snímku
„Spočítej H-score a skóre Allred pro vyznačenou oblast.“
Počítání jader, hodnocení IHC s definicemi kompatibilními s QuPath
H-score, skóre Allred a procento pozitivních jader pro danou oblast
„Najdi tři nejhustší oblasti a v každé ohodnoť Ki67.“
Vyhledání hotspotů, obrysy oblastí, počítání a hodnocení v každé oblasti
Tři ohraničené hotspoty, u každého hustota na mm², z-skóre a procento Ki67
„Kolik buněk je v tomto poli a jak jsou velké?“
Počítání buněk (InstanSeg nebo klasická metoda)
Počet a plochy objektů s exportem do CSV a GeoJSON
„Porovnej hustotu DAPI v těchto dvou oblastech.“
Statistiky oblastí a počty jader v každé oblasti
Plocha, počet a hustota na mm² vedle sebe
„Který kanál je tu nejjasnější a je něco saturované?“
Statistiky oblastí, statistiky saturace kanálů
Průměrná intenzita v každém kanálu a podíl saturovaných pixelů v každém z nich
„Přesuň mě na nejjasnější oblast GFP.“
Vyhledání hotspotů v kanálu GFP, pak posun zobrazení
Zobrazení přiblížené na danou oblast s vyznačeným obrysem
„Jaká je plocha této oblasti v µm² a jaká její část je DAB-pozitivní?“
Kalibrované měření, statistiky oblastí
Plocha v µm² a procento DAB-pozitivní plochy
„Přejdi na Z-rovinu 12 a spočítej jádra.“
Posun zobrazení (Z), počítání jader
Počet v dané rovině; rovina je zaznamenaná v dokladech
„Přidej poznámku s těmito čísly.“
Přidání poznámky
Poznámka na preparátu, která zůstává u snímku
Ask Your Slide zatím odpovídá na otázky k otevřenému snímku. Chcete-li porovnat skupiny ošetření napříč mnoha snímky, použijte experimenty ve SlideScope Plus: jeden recept na počítání pro každý snímek a porovnání vhodným statistickým testem. Otázky k celému experimentu přibudou později.
Každé číslo pochází z nástroje
Obecné modely AI nebyly vytvořeny k tomu, aby počítaly objekty pohledem na obrázek (Haase, ChatGPT for Image Analysis, 2024), proto Ask Your Slide modelu nikdy nedovolí číslo odhadovat. Asistent jen rozhoduje, které nástroje spustit; každý počet, skóre, plochu i intenzitu v odpovědi vypočítá SlideScope ve vašem počítači a každou hodnotu si můžete ověřit:
Citace zobrazení. Každé tvrzení odkazuje na zobrazení, ze kterého pochází ([R1], [R2]). Klikněte na citaci a SlideScope se vrátí přesně na danou pozici, přiblížení a rovinu.
Doklady. Každý krok s analyzovanou plochou v pixelech, rovinou, použitými parametry a výsledky.
Spustit znovu bez AI (Re-run without AI). Zaznamenané kroky přepočítá místně, bez účasti AI, a ověří, že čísla vyjdou shodně.
Co bylo odesláno. Odpověď přesně ukazuje, co kvůli dané otázce opustilo váš počítač.
Viditelné a vratné. Obrysy, poznámky a změny zobrazení se na snímku objevují průběžně a každou z nich lze vrátit zpět.
Skutečná odpověď Ask Your Slide ve SlideScope 1.23 na otázku „Kolik % jader je tu DAB-pozitivních?“ (15,4 %) na řezu duodenem myši s IHC BrdU (EPFL, CC BY 4.0). Jádra jsou ohraničena podle stupně DAB, odpověď cituje použité zobrazení jako [R1] a doklady ukazují místní krok, z něhož pochází každé číslo, s volbami Spustit znovu bez AI, Export a Vytvořit obrázek.
Soukromí v základu: co přesně se odesílá
Analýza probíhá ve vašem počítači. Plánování kroků a sepsání odpovědi zajišťuje cloudový model AI a přepínač v panelu Ask Your Slide, Odesílat obrázky zobrazení (Send view images), rozhoduje, zda vůbec nějaký obrázek uvidí.
Odesílat obrázky zobrazení
Co se odesílá cloudové AI
Co nikdy neopustí váš počítač
Vypnuto („Bez obrázků“)
Vaše otázka, omezené technické údaje (formát, rozměry, kanály, velikost pixelu) a čísla vypočtená místními nástroji
Snímek a soubor
Zapnuto
Totéž a navíc zobrazení, na která se AI dívá, každé nejprve ukázané na vaší obrazovce a komprimované
Soubor a každá část snímku, na kterou se AI nedívá
Vaše otázky a snímky se nepoužívají k trénování modelů AI. Lékařské snímky, jako jsou CT a MR, jsou odmítnuty. Poskytovatele AI a úplné podmínky najdete v zásadách ochrany soukromí a stránka o nakládání s daty vysvětluje, co zbytek SlideScope uchovává ve vašem počítači.
Exporty pro laboratorní deník, obrázky a metodiku
answer.md: odpověď s citacemi, připravená k vložení do laboratorního deníku.
analysis_record.json: úplný záznam kroků, parametrů a výsledků, tentýž, který používá Spustit znovu bez AI.
Text metodiky: odstavec popisující, co a jak bylo měřeno, k úpravě pro rukopis.
Výstupy Quantify: tabulka objektů v CSV, obrysy v GeoJSON (otevřou se v QuPath), masky a anotovaný snímek.
Vytvořit obrázek (Make figure): obrázek zobrazení s kalibrovaným měřítkem.
Kontrolní seznamy pro publikování od komunity QUAREP-LiMi žádají po autorech, aby uváděli postupy analýzy obrazu a detaily obrázků, například měřítka (Schmied et al., Nature Methods 2023). Záznam analýzy a text metodiky vám dají parametry, které je třeba uvést.
Jak přesné je automatické hodnocení Ki67 a IHC?
Hodnocení Ki67 okem se špatně reprodukuje, a to je hlavní důvod nechat počítání na nástroji:
Když International Ki67 in Breast Cancer Working Group rozeslala stejných 30 karcinomů prsu 23 patologům ve 12 zemích, shoda (ICC) dosáhla 0,87 u globální metody počítání a 0,83 u hodnocení hotspotů, které tak nesplnilo kritérium úspěšnosti studie. Hodnotitelé si na preparátu ne vždy zvolili stejný hotspot (Leung et al., Histopathology 2019).
Šest patologů specializovaných na prs, kteří hodnotili 57 preparátů Ki-67, dosáhlo při hranici 20 % jen střední shody (koeficienty 0,44 a 0,48 ve dvou kolech) a autoři dospěli k závěru, že ke zlepšení je potřeba digitální analýza obrazu (Ai et al., Breast Cancer Research and Treatment 2024).
Digitální analýza obrazu je konzistentnější: čtyři algoritmy v QuPath, které podle doporučení pracovní skupiny nezávisle sestavili čtyři patologové, se s referenčním algoritmem shodovaly s ICC 0,938 na 157 ER-pozitivních karcinomech prsu (Boyaci et al., Biomolecules 2021).
Tyto studie popisují ruční a automatické hodnocení Ki67 obecně; SlideScope netestovaly. Hodnocení IHC ve SlideScope se řídí definicemi QuPath (prahy optické denzity DAB 0,2, 0,4 a 0,6 pro 1+, 2+ a 3+) a jeho místní kvantifikace byla na stejných preparátech porovnána s QuPath 0.7.0. Vyhledávání hotspotů je výpočet hustoty objektů se z-skóre, nikoli subjektivní úsudek, takže stejná oblast se stejným nastavením dá stejné hotspoty.
Jak odpověď namátkově ověřit
Podívejte se na obrysy na snímku: vynechaná jádra, splynulí sousedé a obarvené nečistoty jsou vidět na první pohled.
Klikněte na [R1], vraťte se přesně do daného zobrazení, přibližte ho a malé pole spočítejte ručně, abyste ho porovnali s uvedeným číslem.
Otevřete doklady a ověřte, že rovina, plocha oblasti a parametry jsou ty, které jste mysleli.
Než budete věřit intenzitám, zkontrolujte saturaci: zeptejte se, které kanály jsou ve stejné oblasti saturované.
Stiskněte Spustit znovu bez AI a záznam analýzy uchovávejte spolu s daty.
Ask Your Slide, obecný chatbot, skriptování nebo podnikový copilot
Ask Your Slide
Nahrání snímku do obecného chatbota
Psaní skriptů pro QuPath nebo Fiji
Podnikoví copiloti pro patologii
Odkud čísla pocházejí
Z místních nástrojů SlideScope, s uvedenými parametry
Z modelu nebo z kódu, který během chatu napíše
Z vašeho skriptu, který spustí QuPath nebo Fiji
Z modelů dodavatele na jeho platformě
Kam snímek putuje
V režimu Bez obrázků zůstává ve vašem počítači; jinak komprimovaná zobrazení, která nejprve uvidíte vy
Nahrává se na servery chatbota
Zůstává ve vašem počítači
Uložený na platformě dodavatele
Ověření a zopakování výsledku
Doklady ke každému kroku; Spustit znovu bez AI ověří, že čísla jsou shodná
Nová otázka může dát jinou odpověď
Opakovatelné, pokud si uchováte skript a verze
Záleží na platformě
Nastavení
Nainstalovat SlideScope a zeptat se
Žádné, ale nejdřív exportujete obrázek, který chatbot přečte
Naučit se skriptovací API a ladit kód, včetně kódu, který za vás napíše chatbot
Institucionální smlouva a nasazení
Celoplošné a mikroskopické formáty
CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, DICOM a celkem asi 39 formátů
Obvykle jen běžné obrazové formáty
Široká podpora díky Bio-Formats a OpenSlide
Formáty, které platforma přijímá
Nejvhodnější pro
Standardní počty, skóre IHC a hodnoty oblastí bez kódu, se záznamem, který můžete doložit
Ask Your Slide pracuje se snímky, které SlideScope otevírá: CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, celoplošné snímky DICOM a celkem asi 39 formátů, od celoplošných snímků ve světlém poli po vícekanálovou fluorescenci se Z, časem a scénami. Úplný seznam najdete na stránce o kompatibilitě souborů. Odpovědi jsou ve 14 jazycích a rozhraní aplikace v 10.
Kdo má Ask Your Slide k dispozici
Ask Your Slide je součástí SlideScope od verze 1.23.0 ve Windows a macOS. Je zahrnut v placených plánech SlideScope v rámci limitů přiměřeného užívání AI; plány Plus mají vyšší limity. Porovnání skupin ošetření v rámci experimentu nabízí SlideScope Plus už dnes, a to prostřednictvím experimentů; otázky k celému experimentu přibudou později. S bezplatným účtem SlideScope si Ask Your Slide můžete vyzkoušet na bezplatných ukázkových preparátech, tři otázky denně; otázky k vlastním snímkům vyžadují předplatné. Aktuální ceny najdete na stránce s plány.
Otázky k Ask Your Slide
Umí ChatGPT spočítat buňky v mikroskopickém snímku?
Sám o sobě ne spolehlivě. Obecný chatbot odpovídá podle obrázku, který nahrajete, nebo podle kódu, který v daném chatu napíše, takže se metoda může chat od chatu měnit, a snímek obrazovky nenese velikost pixelu. Workshopová přednáška z roku 2024 o chatbotech pro analýzu obrazu upozorňuje, že jazykové modely nebyly vytvořeny k počítání objektů v obrázcích. Ask Your Slide funguje jinak: AI pouze plánuje kroky, každé číslo ve vašem počítači vytvoří vlastní nástroje SlideScope pro počítání a Spustit znovu bez AI je přepočítá.
Odesílají se moje snímky do cloudu?
Ne, pokud je přepínač Odesílat obrázky zobrazení vypnutý (Bez obrázků): snímek nikdy neopustí váš počítač a cloudové AI se odešle jen vaše otázka, omezené technické údaje (formát, rozměry, kanály, velikost pixelu) a vypočtená čísla. Se zapnutým přepínačem se odesílají i zobrazení, na která se AI dívá, komprimovaná a každé nejprve ukázané na vaší obrazovce. Vaše data se nepoužívají k trénování modelů AI.
Je Ask Your Slide diagnostický nástroj?
Ne. Ask Your Slide slouží pouze k výzkumu a nejde o lékařskou diagnózu. Lékařské snímky, jako jsou CT a MR, odmítá a jeho odpovědi uvádějí měření, nikoli diagnózy ani grading.
Jak přesné je automatické hodnocení Ki67 ve srovnání s ručním?
Ruční hodnocení Ki67 se mezi hodnotiteli liší: v mezinárodní studii dosáhlo 23 patologů ICC 0,87 u globálního hodnocení a 0,83 u hodnocení hotspotů. Digitální analýza obrazu je konzistentnější: čtyři nezávisle sestavené algoritmy v QuPath se s referencí shodovaly s ICC 0,938. Automatické počty je přesto třeba kontrolovat, takže se dívejte na obrysy, porovnejte malé pole s ručním počtem a uchovejte záznam dokladů.
Je Ask Your Slide bezplatná aplikace pro hodnocení Ki67?
Ne. Ask Your Slide je zahrnut v placených plánech SlideScope v rámci limitů přiměřeného užívání AI, s vyššími limity v Plus. S bezplatným účtem se můžete denně třikrát zeptat na vestavěné ukázkové preparáty, ke kterým jsou k dispozici i všechny místní nástroje; aktuální ceny najdete na stránce s plány.
Mohu výsledek zopakovat nebo exportovat?
Ano. Spustit znovu bez AI přepočítá zaznamenané kroky ve vašem počítači a ověří, že čísla jsou shodná. Export uloží answer.md, analysis_record.json a odstavec do metodiky, dále CSV s objekty, obrysy v GeoJSON, masky a anotovaný snímek, a Vytvořit obrázek přidá měřítko.
S jakými formáty souborů funguje?
S formáty, které SlideScope otevírá: CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, celoplošné snímky DICOM a celkem asi 39 formátů. Lékařské snímky, jako jsou CT a MR, jsou odmítnuty.
Čím se to liší od QuPath nebo ImageJ?
QuPath a ImageJ jsou zdarma, skriptovatelné a jsou to správné nástroje pro vlastní pipeline a trénované klasifikátory. Ask Your Slide je určen pro standardní otázky (počty, procento pozitivních, H-score, Allred, statistiky oblastí, hotspoty) bez psaní skriptu, přímo v prohlížeči, kde je snímek už otevřený. Jeho hodnocení IHC používá definice kompatibilní s QuPath a jeho obrysy v GeoJSON se otevřou v QuPath.
Funguje Ask Your Slide offline?
Kladení otázek vyžaduje připojení k internetu, protože kroky plánuje a odpověď píše cloudová AI. Samotné počítání, hodnocení a měření probíhá ve vašem počítači.
Mohu se zeptat na celý experiment?
Otázkou zatím ne: Ask Your Slide odpovídá na otázky k otevřenému snímku. Chcete-li už dnes porovnat skupiny ošetření napříč mnoha snímky, použijte experimenty ve SlideScope Plus, které na každý snímek použijí jeden recept na počítání a skupiny porovnají vhodným statistickým testem. Otázky k celému experimentu do Plus přibudou později.
Nejvhodnější pro: výzkumníky, servisní pracoviště a studenty, kteří potřebují standardní počty, skóre Ki67 nebo IHC a měření oblastí z mikroskopických snímků a preparátů bez psaní skriptů, se záznamem, který mohou doložit.
Hlavní přednosti: každé číslo z místního nástroje, citace odkazující na přesné zobrazení, Spustit znovu bez AI, režim Bez obrázků, exporty pro laboratorní deník a metodiku, asi 39 formátů a odpovědi ve 14 jazycích.
Důležité omezení: pouze pro výzkum, nejde o diagnózu; odpovídá k otevřenému snímku a kladení otázek vyžaduje připojení k internetu.
Naposledy zkontrolováno: 6. listopadu 2026.
Ptejte se vlastních preparátů
Stáhněte si SlideScope, prozkoumejte bezplatnou knihovnu ukázek a předplaťte si ho (PayPal nebo karta, účtováno při předplacení, zrušení kdykoli ve vašem účtu), abyste mohli Ask Your Slide používat na vlastních snímcích od verze 1.23.0.
![Odpověď Ask Your Slide ve SlideScope na řezu barveném DAB: 15,4 % z 577 jader DAB-pozitivních, H-score 20,1, Allred 4, 910 pozitivních jader na čtvereční milimetr s citací [R1], hodnocená jádra ohraničená na snímku a doklady s místním krokem kvantifikace a odkazy Spustit znovu bez AI, Export a Vytvořit obrázek.](/assets/product-ask-your-slide.webp)