Lokální kvantifikace

Počítejte jádra, buňky a částice, aniž by ven odešel jediný pixel

Lokální kvantifikace promění preparát, na který se stejně díváte, v čísla. Segmentace a měření běží na vašem počítači, takže nepublikované snímky i materiál od pacientů nikdy neopustí stroj a výsledek se objeví ve stejném okně jako obraz.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Proč kvantifikovat tady

Vaše pixely zůstávají na vašem stroji

Segmentace i měření běží lokálně. Stahují se pouze váhy modelu a SlideScope před načtením ověří jejich otisk SHA-256. Z obrazu se neodesílá nic, a právě to rozhoduje u nepublikovaných dat, materiálu od pacientů a etických komisí.

Dva enginy, oba explicitní

Použijte ověřené váhy hlubokého učení InstanSeg pro jádra a buňky, nebo explicitní klasický práh s automatickou volbou podle Otsua, detekcí polarity, vyhlazením a mezemi plochy. Vždy víte, který engine dané číslo vytvořil, a souhrn metod to zaznamená.

Postaveno pro reprodukovatelnost

Každý běh popisuje uložený recept: typ objektu, engine, kanál, prahy, meze plochy, kanály markerů. Načtěte recept, spusťte složku znovu a dostanete stejnou analýzu. Exportovaný souhrn metod je napsaný tak, aby se vložil do rukopisu.

Co z toho vyjde

  • Počty objektů a kalibrovaná hustota na milimetr čtvereční všude, kde je zaznamenaná velikost pixelu
  • Plocha, obvod a tvarové deskriptory pro každý objekt
  • Průměrná intenzita ve všech kanálech, nejen v segmentačním
  • Volitelná klasifikace marker-pozitivních objektů proti jednomu či dvěma kanálům markerů
  • Rozdělení velikostí a intenzit napříč celou populací objektů
  • Editovatelné překryvy, takže špatně segmentovaný objekt lze před exportem vyloučit

Exporty, které sedí skutečné práci

  • Tabulka objektů CSV pro statistiku v R, Pythonu, Prism nebo tabulkovém procesoru
  • Obrysy GeoJSON, které QuPath a ASAP importují přímo
  • Označkovaná maska TIFF s receptem v metadatech souboru
  • Anotovaný PNG pro obrázky a prezentace
  • Souhrnný JSON pro programové využití dál
  • Hotový souhrn metod k vložení do rukopisu

Pět minut od obrazu k číslům

  1. Vyberte oblast

    Kvantifikujte celý obraz, nebo jen vybranou oblast. Práce nad oblastí udrží gigapixelový preparát svižný a analýzu na tkáni, o kterou vám opravdu jde.

  2. Zvolte objekty a engine

    Jádra, buňky, nebo částice. InstanSeg pro jádra a buňky, klasické prahování pro ostatní případy nebo když potřebujete zcela explicitní pravidlo.

  3. Zkontrolujte překryv

    Výsledky se zobrazí jako překryv nad obrazem. Projděte tabulku objektů, podívejte se na odlehlé případy a vylučte, co segmentace přečetla špatně. Nic není konečné, dokud to nepotvrdíte.

  4. Exportujte nebo zpracujte složku

    Exportujte balíček, nebo uložte nastavení jako recept a pusťte stejnou analýzu na celou složku v jednom průchodu se společným souhrnem dávky.

Časté otázky

Opouštějí moje snímky počítač?

Ne. Segmentace i měření běží v procesu SlideScope na vašem stroji. Jediný síťový požadavek je jednorázové stažení vah modelu a SlideScope ověří otisk SHA-256 archivu i modelu dřív, než načte jakýkoli kód.

Který engine mám použít?

InstanSeg pro jádra a buňky ve světlém poli i fluorescenci: dotýkající se objekty oddělí výrazně lépe než práh. Klasický engine pro částice, pro neobvyklá barvení nebo kdykoli potřebujete pravidlo, které lze přesně uvést v sekci metod.

Můžu těm číslům věřit do publikace?

Berte je jako výzkumný výstup, který potřebuje vaši kontrolu kvality. SlideScope ukazuje segmentaci jako editovatelný překryv právě proto, abyste ji zkontrolovali, a exportuje souhrn metod popisující, jak každé číslo vzniklo. Výsledky nejsou validované pro diagnostiku ani klinické rozhodování.

Pouze pro výzkumné účely. Výsledky vyžadují vizuální kontrolu kvality a nejsou validované pro diagnostiku ani klinické rozhodování.

Změřte si vlastní preparáty tento týden

Čtrnáctidenní zkušební verze je s plným přístupem včetně lokální kvantifikace a dávkových běhů nad složkou. Vyzkoušejte ji na snímcích, se kterými vaše laboratoř opravdu pracuje.

Spustit zkušební období