Alat terbaik untuk setiap pekerjaan
Perangkat lunak analisis mikroskopi gratis dan open source
Semua alat ini tidak memerlukan biaya. Fiji dan QuPath membaca format proprietary seperti CZI, ND2, LIF, dan SVS melalui pustaka Bio-Formats (QuPath juga menggunakan OpenSlide); ilastik mengharapkan TIFF, HDF5, atau OME-Zarr, jadi lakukan konversi terlebih dahulu.
Perangkat lunak analisis mikroskopi komersial
Tidak ada vendor di bawah ini yang memublikasikan harga; semuanya menjual berdasarkan penawaran harga, biasanya dengan modul, langganan, atau lisensi institusional, dan sebagian besar menawarkan uji coba. Imaris 11.1 menambahkan pembaca ZEISS CZI native; arivis Pro membaca lebih dari 30 format termasuk CZI, ND2, LIF, dan VSI; Aivia membaca lebih dari 45 format termasuk LIF secara native; HALO membaca format whole slide utama termasuk SVS, NDPI, MRXS, CZI, dan iSyntax.
Apa yang berubah pada 2023-2026
- MetaMorph telah dihentikan. Molecular Devices berhenti menawarkan suite MetaMorph, termasuk MetaFluor dan MetaVue, setelah 7 Juli 2023, dan tidak menyebutkan penggantinya (Molecular Devices).
- CellProfiler belum memiliki rilis stabil sejak 4.2.8 pada September 2024. Tag pengembangan 5.0 sudah ada, tetapi belum ada rilisnya.
- Aperio ImageScope tidak lagi dikembangkan secara aktif, menurut Leica; ImageScope tetap menjadi penampil Windows gratis (lihat ImageScope di Mac).
- arivis Vision4D kini menjadi ZEISS arivis Pro, dan masih hanya untuk Windows.
- Imaris 11.1 membaca ZEISS CZI secara native (September 2026).
- NIS-Elements AR 7 memerlukan Windows 11 Pro dan tidak kompatibel dengan Windows 10.
- Build utama Fiji beralih ke Java 21 dan mendukung build arm64.
- Model Cellpose dilatih pada data CC-BY-NC, yang penting diperhatikan jika Anda menggunakannya secara komersial, meskipun kodenya berlisensi BSD.
- Leica Aivia masih dikembangkan: Aivia 16 dirilis pada Juni 2026.
Cara memilih
Mulailah dari pekerjaannya, bukan dari daftar fitur. Sebagian besar waktu pencitraan dihabiskan untuk empat pekerjaan: melihat dan memverifikasi hasil akuisisi, mengukur dan mencatat, mengkuantifikasi objek, dan membangun pipeline khusus. Dua yang pertama membutuhkan penampil yang cepat; yang terakhir membutuhkan platform yang dapat diprogram.
Patologi whole slide: QuPath terlebih dahulu; HALO atau Visiopharm saat lab membutuhkan kuantifikasi jaringan yang tervalidasi dan berskala besar. Konfokal dan 3D: Imaris atau arivis Pro jika anggaran memungkinkan, Fiji, napari, atau Icy jika tidak, dengan Huygens untuk dekonvolusi. Skrining high-content: CellProfiler. Segmentasi deep learning: Cellpose atau StarDist, di dalam napari, Fiji, atau QuPath, atau ilastik untuk pelatihan interaktif. Manajemen dan berbagi data adalah pekerjaan tersendiri: OMERO (gratis) menyimpan dan menyajikan citra untuk semua alat di atas.
Periksa format berkas Anda sebelum memutuskan. Dukungan Bio-Formats tidak menjamin setiap varian dapat dibuka; dokumentasi QuPath sendiri memperingatkan bahwa format yang tercantum tidak selalu terbuka dengan benar. Benchmark format kami membuka 792 berkas sungguhan dalam 14 format dan memublikasikan setiap kegagalannya.
Posisi SlideScope
SlideScope adalah penampil desktop untuk Windows dan Mac yang membuka CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM, dan OME-TIFF secara langsung, dan sejak versi 1.10.0 juga VSI, OIB dan OIR, LSM, ZVI, Leica LOF dan XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK dan ND, serta OME-Zarr lokal, dan sejak versi 1.20.0 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4, dan Olympus SIS, lengkap dengan metadata akuisisi yang tercatat di setiap berkas. SlideScope mengukur dalam mikrometer terkalibrasi, menyimpan anotasi, dan menjalankan kuantifikasi lokal: menyegmentasi inti sel, sel, atau partikel di komputer Anda sendiri dan mengekspor jumlah, morfologi, dan intensitas sebagai CSV, GeoJSON, dan mask TIFF, dengan proses batch untuk satu folder. SlideScope tidak memiliki skrip, makro, atau pipeline khusus, jadi untuk analisis khusus tetap gunakan Fiji, CellProfiler, QuPath, atau napari dan gunakan SlideScope sebelum alat-alat tersebut. Perbandingan: Fiji dan ImageJ, QuPath dan napari, CellProfiler.
Pertanyaan seputar perangkat lunak analisis citra mikroskopi
Apa perangkat lunak gratis terbaik untuk analisis citra mikroskopi?
Untuk analisis serbaguna, Fiji (ImageJ) adalah pilihan gratis yang standar: berjalan di Windows, macOS, dan Linux, membuka sebagian besar format mikroskop melalui Bio-Formats, dan memiliki ribuan plugin. Untuk citra patologi whole slide, QuPath adalah pilihan gratis yang umum; untuk pipeline batch pada banyak citra, CellProfiler; untuk segmentasi machine learning tanpa kode, ilastik; untuk alur kerja Python dan deep learning, napari dengan Cellpose atau StarDist.
Mana yang lebih baik untuk whole slide image, Fiji atau QuPath?
QuPath. QuPath dibangun di seputar whole slide image: QuPath melakukan streaming piramida citra, dan anotasi, deteksi sel, serta skripnya dirancang untuk slide gigapiksel. Fiji adalah perangkat yang lebih umum tetapi tidak dirancang untuk whole slide image yang sangat besar.
Perangkat lunak apa yang dapat membuka berkas CZI, ND2, dan LIF?
Alat dari vendor (ZEISS ZEN atau ZEN lite yang gratis untuk CZI, Nikon NIS-Elements atau NIS-Elements Viewer yang gratis untuk ND2, Leica LAS X untuk LIF), Fiji dan QuPath melalui Bio-Formats, serta suite komersial seperti arivis Pro, Imaris (CZI native sejak 11.1), Aivia, dan HALO. SlideScope membuka ketiganya secara langsung di Windows dan Mac. ilastik tidak membacanya secara langsung; konversikan dulu ke TIFF atau HDF5.
Apa perangkat lunak terbaik untuk analisis citra konfokal dan 3D?
Imaris (Oxford Instruments) dan ZEISS arivis Pro adalah pilihan komersial utama untuk rendering 3D dan 4D interaktif, surface, dan pelacakan; arivis Pro hanya berjalan di Windows, Imaris di Windows dan macOS. Opsi gratisnya adalah Fiji dengan plugin 3D, napari, dan Icy. Untuk dekonvolusi sebelum analisis, SVI Huygens adalah alat komersial yang khusus untuk itu.
Bisakah saya melakukan segmentasi sel deep learning tanpa coding?
Bisa. ilastik melatih klasifikator piksel dan objek secara interaktif; Cellpose memiliki antarmuka grafis (diinstal bersama Python); StarDist berjalan sebagai plugin di dalam Fiji, QuPath, dan napari. Opsi komersial mencakup Leica Aivia (segmentasi berdasarkan contoh), Evident cellSens TruAI, dan arivis Pro. SlideScope menyegmentasi inti sel, sel, atau partikel di komputer Anda sendiri dengan resep bawaan atau resep tersimpan, tanpa pelatihan.
Apakah SlideScope merupakan perangkat lunak analisis citra?
Sebagian. SlideScope adalah penampil desktop yang juga mengukur dalam satuan terkalibrasi, menyimpan anotasi, serta menyegmentasi dan menghitung inti sel, sel, atau partikel di komputer Anda sendiri, dengan proses batch untuk satu folder serta ekspor CSV, GeoJSON, dan mask. SlideScope tidak memiliki skrip, makro, atau pipeline khusus; untuk itu, Fiji, CellProfiler, QuPath, atau napari tetap menjadi alat yang tepat.
Sumber
Platform, lisensi, dan versi rilis diambil dari situs dan halaman rilis milik masing-masing proyek atau vendor, diperiksa pada 8 Oktober 2026 dan ditautkan di tabel di atas. Jika vendor tidak menyatakan sesuatu secara publik (misalnya sistem operasi HALO atau Visiopharm), tabel menyebutkannya alih-alih menebak. Koreksi: support@slidescope.science.
Perlu membuka dan mengukur berkasnya terlebih dahulu?
Coba SlideScope pada berkas CZI, ND2, LIF, atau whole slide Anda sendiri. Pustaka sampel bawaan gratis dengan semua alat; citra Anda sendiri memerlukan langganan (PayPal atau kartu).
Unduh SlideScope