Лучший инструмент для каждой задачи
Бесплатные программы с открытым исходным кодом для анализа микроскопических изображений
Все они бесплатны. Fiji и QuPath читают проприетарные форматы, такие как CZI, ND2, LIF и SVS, через библиотеку Bio-Formats (QuPath также использует OpenSlide); ilastik ожидает TIFF, HDF5 или OME-Zarr, поэтому сначала выполните конвертацию.
Коммерческие программы для анализа микроскопических изображений
Ни один из перечисленных ниже производителей не публикует цены; все продают по запросу, обычно с модулями, подписками или лицензиями для учреждений, и большинство предлагает пробную версию. В Imaris 11.1 появился нативный модуль чтения ZEISS CZI; arivis Pro читает более 30 форматов, включая CZI, ND2, LIF и VSI; Aivia читает более 45 форматов, включая нативный LIF; HALO читает основные форматы полнослайдовых изображений, включая SVS, NDPI, MRXS, CZI и iSyntax.
Что изменилось в 2023–2026 гг.
- MetaMorph снят с продажи. Molecular Devices прекратила предлагать пакет MetaMorph, включая MetaFluor и MetaVue, после 7 июля 2023 г. и не называет замены (Molecular Devices).
- У CellProfiler не было стабильных выпусков после 4.2.8 в сентябре 2024 г. Существует тег разработки 5.0, но не выпуск.
- Aperio ImageScope больше активно не разрабатывается, по данным Leica; он остаётся бесплатным просмотрщиком для Windows (см. ImageScope на Mac).
- arivis Vision4D теперь называется ZEISS arivis Pro и по-прежнему работает только в Windows.
- Imaris 11.1 нативно читает ZEISS CZI (сентябрь 2026 г.).
- NIS-Elements AR 7 требует Windows 11 Pro и несовместим с Windows 10.
- Основная сборка Fiji перешла на Java 21 и поддерживает сборки для arm64.
- Модели Cellpose обучены на данных под лицензией CC-BY-NC, что важно при коммерческом использовании, хотя код распространяется под лицензией BSD.
- Leica Aivia по-прежнему развивается: Aivia 16 вышла в июне 2026 г.
Как выбрать
Начинайте с задачи, а не со списка функций. Большая часть времени работы с изображениями уходит на четыре задачи: просмотр и проверку результата съёмки, измерение и документирование, количественный анализ объектов и построение собственного конвейера. Для первых двух нужен быстрый просмотрщик; для последней — программируемая платформа.
Патология на полнослайдовых изображениях: в первую очередь QuPath; HALO или Visiopharm, когда лаборатории нужен валидированный масштабный количественный анализ тканей. Конфокальная микроскопия и 3D: Imaris или arivis Pro, если позволяет бюджет, иначе Fiji, napari или Icy, а для деконволюции — Huygens. Высококонтентный скрининг: CellProfiler. Сегментация глубоким обучением: Cellpose или StarDist внутри napari, Fiji или QuPath либо ilastik для интерактивного обучения. Управление данными и обмен — отдельная задача: OMERO (бесплатно) хранит и выдаёт изображения для всех перечисленных инструментов.
Проверьте формат своих файлов, прежде чем делать выбор. Поддержка в Bio-Formats не гарантирует, что откроется любой вариант формата; собственная документация QuPath предупреждает, что перечисленные форматы не всегда открываются корректно. Наш тест форматов открыл 792 реальных файла в 14 форматах и публикует каждую неудачу.
Место SlideScope
SlideScope — настольный просмотрщик для Windows и Mac, который напрямую открывает CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM и OME-TIFF, начиная с версии 1.10.0 также VSI, OIB и OIR, LSM, ZVI, Leica LOF и XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK и ND и локальные OME-Zarr, а начиная с версии 1.20.0 — ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 и Olympus SIS, вместе с метаданными съёмки, записанными в каждом файле; он измеряет в калиброванных микрометрах, хранит аннотации и выполняет локальный количественный анализ: сегментирует ядра, клетки или частицы на вашем компьютере и экспортирует подсчёты, морфологию и интенсивность в CSV, GeoJSON и TIFF-маски, с пакетной обработкой папки. В нём нет скриптов, макросов и собственных конвейеров, поэтому для нестандартного анализа оставьте Fiji, CellProfiler, QuPath или napari и используйте SlideScope перед ними. Сравнения: Fiji и ImageJ, QuPath и napari, CellProfiler.
Вопросы о программах для анализа микроскопических изображений
Какая бесплатная программа лучше всего подходит для анализа микроскопических изображений?
Для анализа общего назначения стандартный бесплатный выбор — Fiji (ImageJ): он работает в Windows, macOS и Linux, открывает большинство форматов микроскопов через Bio-Formats и имеет тысячи плагинов. Для полнослайдовых изображений в патологии обычный бесплатный выбор — QuPath; для пакетных конвейеров на множестве изображений — CellProfiler; для сегментации машинным обучением без программирования — ilastik; для Python и глубокого обучения — napari с Cellpose или StarDist.
Что лучше для полнослайдовых изображений: Fiji или QuPath?
QuPath. Он построен вокруг полнослайдовых изображений: потоково загружает пирамиду изображения, а его аннотации, обнаружение клеток и скрипты рассчитаны на гигапиксельные слайды. Fiji — более универсальный набор инструментов, но он не предназначен для очень больших полнослайдовых изображений.
Какие программы открывают файлы CZI, ND2 и LIF?
Инструменты производителей (ZEISS ZEN или бесплатный ZEN lite для CZI, Nikon NIS-Elements или бесплатный NIS-Elements Viewer для ND2, Leica LAS X для LIF), Fiji и QuPath через Bio-Formats, а также коммерческие пакеты, такие как arivis Pro, Imaris (нативная поддержка CZI начиная с 11.1), Aivia и HALO. SlideScope открывает все три формата напрямую в Windows и на Mac. ilastik не читает их напрямую; сначала конвертируйте в TIFF или HDF5.
Какая программа лучше всего подходит для анализа конфокальных и 3D-изображений?
Imaris (Oxford Instruments) и ZEISS arivis Pro — основные коммерческие варианты для интерактивного 3D- и 4D-рендеринга, поверхностей и трекинга; arivis Pro работает только в Windows, Imaris — в Windows и macOS. Бесплатные варианты — Fiji с 3D-плагинами, napari и Icy. Для деконволюции перед анализом специализированный коммерческий инструмент — SVI Huygens.
Можно ли выполнять сегментацию клеток глубоким обучением без программирования?
Да. ilastik интерактивно обучает классификаторы пикселей и объектов; у Cellpose есть графический интерфейс (устанавливается вместе с Python); StarDist работает как плагин внутри Fiji, QuPath и napari. Среди коммерческих вариантов — Leica Aivia (сегментация по примерам), Evident cellSens TruAI и arivis Pro. SlideScope сегментирует ядра, клетки или частицы на вашем компьютере по встроенным или сохранённым рецептам, без обучения.
Является ли SlideScope программой для анализа изображений?
Отчасти. SlideScope — настольный просмотрщик, который также измеряет в калиброванных единицах, хранит аннотации, сегментирует и подсчитывает ядра, клетки или частицы на вашем компьютере, с пакетной обработкой папки и экспортом в CSV, GeoJSON и маски. В нём нет скриптов, макросов и собственных конвейеров; для этого правильными инструментами остаются Fiji, CellProfiler, QuPath или napari.
Источники
Платформы, лицензии и версии выпусков взяты с собственных сайтов и страниц выпусков каждого проекта или производителя, проверены 8 октября 2026 г. и приведены ссылками в таблицах выше. Если производитель что-то публично не указывает (например, операционные системы HALO или Visiopharm), таблица так и говорит, а не гадает. Исправления: support@slidescope.science.
Сначала нужно открыть и измерить файлы?
Попробуйте SlideScope на собственных файлах CZI, ND2, LIF или полнослайдовых изображениях. Встроенная библиотека образцов бесплатна со всеми инструментами; для собственных изображений нужна подписка (PayPal или карта).
Скачать SlideScope