Das beste Tool für jede Aufgabe
Kostenlose Open-Source-Software für die Mikroskopie-Bildanalyse
All diese Tools kosten nichts. Fiji und QuPath lesen proprietäre Formate wie CZI, ND2, LIF und SVS über die Bibliothek Bio-Formats (QuPath nutzt zusätzlich OpenSlide); ilastik erwartet TIFF, HDF5 oder OME-Zarr, daher müssen Sie zuerst konvertieren.
Kommerzielle Software für die Mikroskopie-Bildanalyse
Keiner der folgenden Hersteller veröffentlicht einen Preis; alle verkaufen auf Angebot, meist mit Modulen, Abonnements oder institutionellen Lizenzen, und die meisten bieten eine Testversion an. Imaris 11.1 hat einen nativen Reader für ZEISS CZI erhalten; arivis Pro liest über 30 Formate, darunter CZI, ND2, LIF und VSI; Aivia liest über 45 Formate, darunter natives LIF; HALO liest die wichtigsten Whole-Slide-Formate, darunter SVS, NDPI, MRXS, CZI und iSyntax.
Was sich 2023–2026 geändert hat
- MetaMorph wird nicht mehr angeboten. Molecular Devices hat das Angebot der MetaMorph-Suite einschließlich MetaFluor und MetaVue nach dem 7. Juli 2023 eingestellt und nennt keinen Nachfolger (Molecular Devices).
- CellProfiler hat seit 4.2.8 im September 2024 keine stabile Version mehr veröffentlicht. Es gibt ein Entwicklungs-Tag 5.0, aber keine Veröffentlichung.
- Aperio ImageScope wird laut Leica nicht mehr aktiv weiterentwickelt; es bleibt ein kostenloser Viewer für Windows (siehe ImageScope auf dem Mac).
- arivis Vision4D heißt jetzt ZEISS arivis Pro und läuft weiterhin nur unter Windows.
- Imaris 11.1 liest ZEISS CZI nativ (September 2026).
- NIS-Elements AR 7 erfordert Windows 11 Pro und ist nicht mit Windows 10 kompatibel.
- Der Haupt-Build von Fiji ist auf Java 21 umgestiegen und unterstützt arm64-Builds.
- Cellpose-Modelle sind mit CC-BY-NC-Daten trainiert; das ist bei kommerzieller Nutzung relevant, auch wenn der Code unter BSD-Lizenz steht.
- Leica Aivia wird weiterentwickelt: Aivia 16 erschien im Juni 2026.
So wählen Sie aus
Gehen Sie von der Aufgabe aus, nicht von der Funktionsliste. Die meiste Bildgebungszeit entfällt auf vier Aufgaben: eine Aufnahme ansehen und überprüfen, messen und dokumentieren, Objekte quantifizieren und eine maßgeschneiderte Pipeline aufbauen. Die ersten beiden brauchen einen schnellen Viewer, die letzte eine programmierbare Plattform.
Whole-Slide-Pathologie: zuerst QuPath; HALO oder Visiopharm, wenn ein Labor validierte Gewebequantifizierung im großen Maßstab braucht. Konfokal und 3D: Imaris oder arivis Pro, wenn das Budget es zulässt, sonst Fiji, napari oder Icy, dazu Huygens für die Dekonvolution. High-Content-Screens: CellProfiler. Segmentierung mit Deep Learning: Cellpose oder StarDist innerhalb von napari, Fiji oder QuPath, oder ilastik für interaktives Training. Datenverwaltung und Weitergabe ist eine eigene Aufgabe: OMERO (kostenlos) speichert und stellt Bilder für all das bereit.
Prüfen Sie Ihr Dateiformat, bevor Sie sich festlegen. Unterstützung durch Bio-Formats garantiert nicht, dass sich jede Variante öffnet; die Dokumentation von QuPath selbst warnt, dass aufgeführte Formate sich nicht immer korrekt öffnen. Unser Format-Benchmark hat 792 echte Dateien in 14 Formaten geöffnet und veröffentlicht jeden Fehlschlag.
Wofür sich SlideScope eignet
SlideScope ist ein Desktop-Viewer für Windows und Mac, der CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM und OME-TIFF direkt öffnet, seit Version 1.10.0 außerdem VSI, OIB und OIR, LSM, ZVI, Leica LOF und XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK und ND und lokales OME-Zarr und seit Version 1.20.0 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 und Olympus SIS, jeweils mit den Aufnahme-Metadaten, die die Datei enthält. Er misst in kalibrierten Mikrometern, behält Annotationen und führt eine lokale Quantifizierung aus: Er segmentiert Zellkerne, Zellen oder Partikel auf Ihrem eigenen Computer und exportiert Zählungen, Morphologie und Intensität als CSV, GeoJSON und Masken-TIFF, mit Stapelläufen über einen Ordner. Er bietet kein Skripting, keine Makros und keine eigenen Pipelines; für maßgeschneiderte Analysen behalten Sie also Fiji, CellProfiler, QuPath oder napari und setzen SlideScope davor ein. Vergleiche: Fiji und ImageJ, QuPath und napari, CellProfiler.
Fragen zu Software für die Mikroskopie-Bildanalyse
Was ist die beste kostenlose Software für die Mikroskopie-Bildanalyse?
Für allgemeine Analysen ist Fiji (ImageJ) die kostenlose Standardwahl: Es läuft unter Windows, macOS und Linux, öffnet über Bio-Formats die meisten Mikroskopformate und hat Tausende Plugins. Für Whole-Slide-Pathologiebilder ist QuPath die übliche kostenlose Wahl; für Stapel-Pipelines über viele Bilder CellProfiler; für Segmentierung mit maschinellem Lernen ohne Code ilastik; für Python- und Deep-Learning-Workflows napari mit Cellpose oder StarDist.
Ist Fiji oder QuPath besser für Whole-Slide-Bilder?
QuPath. Es ist um Whole-Slide-Bilder herum gebaut: Es streamt die Bildpyramide, und seine Annotationen, Zellerkennung und sein Skripting sind für Gigapixel-Präparate ausgelegt. Fiji ist der allgemeinere Werkzeugkasten, ist aber nicht für sehr große Whole-Slide-Bilder ausgelegt.
Welche Software öffnet CZI-, ND2- und LIF-Dateien?
Die Herstellertools (ZEISS ZEN oder das kostenlose ZEN lite für CZI, Nikon NIS-Elements oder der kostenlose NIS-Elements Viewer für ND2, Leica LAS X für LIF), Fiji und QuPath über Bio-Formats sowie kommerzielle Suiten wie arivis Pro, Imaris (natives CZI seit 11.1), Aivia und HALO. SlideScope öffnet alle drei direkt unter Windows und auf dem Mac. ilastik liest sie nicht direkt; konvertieren Sie zuerst in TIFF oder HDF5.
Was ist die beste Software für die Analyse von Konfokal- und 3D-Bildern?
Imaris (Oxford Instruments) und ZEISS arivis Pro sind die wichtigsten kommerziellen Optionen für interaktives 3D- und 4D-Rendering, Oberflächen und Tracking; arivis Pro läuft nur unter Windows, Imaris unter Windows und macOS. Kostenlose Optionen sind Fiji mit 3D-Plugins, napari und Icy. Für die Dekonvolution vor der Analyse ist SVI Huygens das spezialisierte kommerzielle Tool.
Kann ich Zellen ohne Programmieren mit Deep Learning segmentieren?
Ja. ilastik trainiert Pixel- und Objektklassifikatoren interaktiv; Cellpose hat eine grafische Oberfläche (wird mit Python installiert); StarDist läuft als Plugin in Fiji, QuPath und napari. Zu den kommerziellen Optionen gehören Leica Aivia (Segmentierung anhand von Beispielen), Evident cellSens TruAI und arivis Pro. SlideScope segmentiert Zellkerne, Zellen oder Partikel auf Ihrem eigenen Computer mit integrierten oder gespeicherten Rezepten, ohne Training.
Ist SlideScope eine Bildanalyse-Software?
Teilweise. SlideScope ist ein Desktop-Viewer, der auch in kalibrierten Einheiten misst, Annotationen behält und Zellkerne, Zellen oder Partikel auf Ihrem eigenen Computer segmentiert und zählt, mit Stapelläufen über einen Ordner und Exporten als CSV, GeoJSON und Maske. Er bietet kein Skripting, keine Makros und keine eigenen Pipelines; dafür bleiben Fiji, CellProfiler, QuPath oder napari die richtigen Werkzeuge.
Quellen
Plattformen, Lizenzen und Versionsnummern stammen von der jeweiligen Website und den Release-Seiten des Projekts oder Herstellers, geprüft am 8. Oktober 2026 und in den Tabellen oben verlinkt. Wo ein Hersteller etwas nicht öffentlich angibt (etwa die Betriebssysteme von HALO oder Visiopharm), sagt die Tabelle das, statt zu raten. Korrekturen: support@slidescope.science.
Müssen Sie die Dateien zuerst öffnen und vermessen?
Probieren Sie SlideScope mit Ihren eigenen CZI-, ND2-, LIF- oder Whole-Slide-Dateien aus. Die mitgelieferte Beispielbibliothek ist mit allen Werkzeugen kostenlos; für Ihre eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement (PayPal oder Karte).
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