A melhor ferramenta para cada tarefa
Software gratuito e de código aberto para análise de microscopia
Todos estes são gratuitos. O Fiji e o QuPath leem formatos proprietários como CZI, ND2, LIF e SVS através da biblioteca Bio-Formats (o QuPath usa também o OpenSlide); o ilastik espera TIFF, HDF5 ou OME-Zarr, por isso converta primeiro.
Software comercial de análise de microscopia
Nenhum dos fabricantes abaixo publica preços; todos vendem sob orçamento, normalmente com módulos, subscrições ou licenças institucionais, e a maioria oferece uma avaliação. O Imaris 11.1 acrescentou um leitor nativo de ZEISS CZI; o arivis Pro lê mais de 30 formatos, incluindo CZI, ND2, LIF e VSI; o Aivia lê mais de 45 formatos, incluindo LIF nativo; o HALO lê os principais formatos de lâmina inteira, incluindo SVS, NDPI, MRXS, CZI e iSyntax.
O que mudou em 2023-2026
- O MetaMorph foi descontinuado. A Molecular Devices deixou de oferecer o pacote MetaMorph, incluindo o MetaFluor e o MetaVue, após 7 de julho de 2023, e não indica nenhum substituto (Molecular Devices).
- O CellProfiler não tem uma versão estável desde a 4.2.8, em setembro de 2024. Existe uma tag de desenvolvimento 5.0, mas nenhuma versão publicada.
- O Aperio ImageScope já não está em desenvolvimento ativo, segundo a Leica; continua a ser um visualizador gratuito para Windows (veja o ImageScope num Mac).
- O arivis Vision4D é agora o ZEISS arivis Pro, ainda só para Windows.
- O Imaris 11.1 lê ZEISS CZI de forma nativa (setembro de 2026).
- O NIS-Elements AR 7 requer o Windows 11 Pro e não é compatível com o Windows 10.
- A versão principal do Fiji passou para o Java 21 e suporta versões arm64.
- Os modelos do Cellpose são treinados com dados CC-BY-NC, o que importa se os usar comercialmente, mesmo que o código tenha licença BSD.
- O Leica Aivia continua a ser desenvolvido: o Aivia 16 foi lançado em junho de 2026.
Como escolher
Comece pela tarefa, não pela lista de funcionalidades. A maior parte do tempo de imagiologia vai para quatro tarefas: ver e verificar uma aquisição, medir e registar, quantificar objetos e construir um pipeline à medida. As duas primeiras precisam de um visualizador rápido; a última precisa de uma plataforma programável.
Patologia de lâmina inteira: primeiro o QuPath; o HALO ou o Visiopharm quando um laboratório precisa de quantificação de tecidos validada e em grande escala. Confocal e 3D: o Imaris ou o arivis Pro se o orçamento o permitir, o Fiji, o napari ou o Icy se não, com o Huygens para desconvolução. Rastreios de alto conteúdo: o CellProfiler. Segmentação por aprendizagem profunda: o Cellpose ou o StarDist, dentro do napari, do Fiji ou do QuPath, ou o ilastik para treino interativo. A gestão e partilha de dados é uma tarefa à parte: o OMERO (gratuito) armazena e disponibiliza imagens para todos os anteriores.
Verifique o formato dos seus ficheiros antes de se comprometer. O suporte do Bio-Formats não garante que todas as variantes abram; a própria documentação do QuPath avisa que os formatos listados nem sempre abrem corretamente. O nosso benchmark de formatos abriu 792 ficheiros reais em 14 formatos e publica todas as falhas.
Onde o SlideScope se enquadra
O SlideScope é um visualizador para computador para Windows e Mac que abre diretamente CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM e OME-TIFF e, desde a versão 1.10.0, também VSI, OIB e OIR, LSM, ZVI, Leica LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK e ND e OME-Zarr local e, desde a versão 1.20.0, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS, com os metadados de aquisição que cada ficheiro regista; mede em micrómetros calibrados, mantém as anotações e executa quantificação local: segmenta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador e exporta contagens, morfologia e intensidade em CSV, GeoJSON e TIFF de máscara, com execuções em lote sobre uma pasta. Não tem scripting, macros nem pipelines personalizados, por isso, para análises à medida, mantenha o Fiji, o CellProfiler, o QuPath ou o napari e use o SlideScope antes deles. Comparações: Fiji e ImageJ, QuPath e napari, CellProfiler.
Perguntas sobre software de análise de imagens de microscopia
Qual é o melhor software gratuito para análise de imagens de microscopia?
Para análise de uso geral, o Fiji (ImageJ) é a escolha gratuita de referência: funciona no Windows, no macOS e no Linux, abre a maioria dos formatos de microscópio através do Bio-Formats e tem milhares de plugins. Para imagens de patologia de lâmina inteira, o QuPath é a escolha gratuita habitual; para pipelines em lote em muitas imagens, o CellProfiler; para segmentação por aprendizagem automática sem código, o ilastik; para fluxos de trabalho em Python e de aprendizagem profunda, o napari com o Cellpose ou o StarDist.
O Fiji ou o QuPath: qual é melhor para imagens de lâmina inteira?
O QuPath. Foi construído em torno das imagens de lâmina inteira: lê a pirâmide de imagem por partes, e as suas anotações, deteção de células e scripting foram concebidos para lâminas de gigapíxeis. O Fiji é a caixa de ferramentas mais geral, mas não foi concebido para imagens de lâmina inteira muito grandes.
Que software abre ficheiros CZI, ND2 e LIF?
As ferramentas dos fabricantes (ZEISS ZEN ou o ZEN lite gratuito para CZI, Nikon NIS-Elements ou o NIS-Elements Viewer gratuito para ND2, Leica LAS X para LIF), o Fiji e o QuPath através do Bio-Formats, e pacotes comerciais como o arivis Pro, o Imaris (CZI nativo desde a 11.1), o Aivia e o HALO. O SlideScope abre os três diretamente no Windows e no Mac. O ilastik não os lê diretamente; converta primeiro para TIFF ou HDF5.
Qual é o melhor software para análise de imagens confocais e 3D?
O Imaris (Oxford Instruments) e o ZEISS arivis Pro são as principais escolhas comerciais para renderização interativa 3D e 4D, superfícies e rastreamento; o arivis Pro só funciona no Windows, o Imaris no Windows e no macOS. As opções gratuitas são o Fiji com plugins 3D, o napari e o Icy. Para desconvolução antes da análise, o SVI Huygens é a ferramenta comercial especializada.
Posso fazer segmentação celular por aprendizagem profunda sem programar?
Sim. O ilastik treina classificadores de píxeis e de objetos de forma interativa; o Cellpose tem uma interface gráfica (instalada com Python); o StarDist funciona como plugin dentro do Fiji, do QuPath e do napari. As opções comerciais incluem o Leica Aivia (segmentação a partir de exemplos), o Evident cellSens TruAI e o arivis Pro. O SlideScope segmenta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador com receitas incluídas ou guardadas, sem treino.
O SlideScope é software de análise de imagem?
Em parte. O SlideScope é um visualizador para computador que também mede em unidades calibradas, mantém anotações e segmenta e conta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador, com execuções em lote sobre uma pasta e exportações em CSV, GeoJSON e máscara. Não tem scripting, macros nem pipelines personalizados; para isso, o Fiji, o CellProfiler, o QuPath ou o napari continuam a ser as ferramentas certas.
Fontes
As plataformas, licenças e versões vêm do site e das páginas de versões de cada projeto ou fabricante, verificados a 8 de outubro de 2026 e com ligação nas tabelas acima. Quando um fabricante não indica algo publicamente (por exemplo, os sistemas operativos do HALO ou do Visiopharm), a tabela di-lo em vez de adivinhar. Correções: support@slidescope.science.
Precisa primeiro de abrir e medir os ficheiros?
Experimente o SlideScope nos seus próprios ficheiros CZI, ND2, LIF ou de lâmina inteira. A biblioteca de amostras incluída é gratuita com todas as ferramentas; as suas próprias imagens precisam de uma subscrição (PayPal ou cartão).
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