De beste tool voor elke taak
Gratis en opensourcesoftware voor microscopieanalyse
Deze kosten allemaal niets. Fiji en QuPath lezen propriëtaire formaten zoals CZI, ND2, LIF en SVS via de Bio-Formats-bibliotheek (QuPath gebruikt ook OpenSlide); ilastik verwacht TIFF, HDF5 of OME-Zarr, dus converteer eerst.
Commerciële software voor microscopieanalyse
Geen van de leveranciers hieronder publiceert een prijs; ze verkopen allemaal op offerte, meestal met modules, abonnementen of institutionele licenties, en de meeste bieden een proefversie. Imaris 11.1 kreeg een native lezer voor ZEISS CZI; arivis Pro leest meer dan 30 formaten, waaronder CZI, ND2, LIF en VSI; Aivia leest meer dan 45 formaten, waaronder native LIF; HALO leest de belangrijkste whole-slide-formaten, waaronder SVS, NDPI, MRXS, CZI en iSyntax.
Wat er veranderde in 2023-2026
- MetaMorph is stopgezet. Molecular Devices bood de MetaMorph-suite, inclusief MetaFluor en MetaVue, na 7 juli 2023 niet meer aan, en noemt geen opvolger (Molecular Devices).
- CellProfiler heeft sinds 4.2.8 in september 2024 geen stabiele release meer gehad. Er bestaat een ontwikkeltag 5.0, maar geen release.
- Aperio ImageScope wordt niet meer actief ontwikkeld, aldus Leica; het blijft een gratis viewer voor Windows (zie ImageScope op een Mac).
- arivis Vision4D heet nu ZEISS arivis Pro, nog steeds alleen voor Windows.
- Imaris 11.1 leest ZEISS CZI native (september 2026).
- NIS-Elements AR 7 vereist Windows 11 Pro en is niet compatibel met Windows 10.
- De hoofdbuild van Fiji is overgestapt op Java 21 en ondersteunt arm64-builds.
- Cellpose-modellen zijn getraind op CC-BY-NC-data, wat ertoe doet als je ze commercieel gebruikt, ook al heeft de code een BSD-licentie.
- Leica Aivia wordt nog steeds ontwikkeld: Aivia 16 verscheen in juni 2026.
Zo kies je
Begin bij de taak, niet bij de functielijst. De meeste beeldvormingstijd gaat naar vier taken: een acquisitie bekijken en controleren, meten en vastleggen, objecten kwantificeren, en een pipeline op maat bouwen. Voor de eerste twee heb je een snelle viewer nodig; voor de laatste een programmeerbaar platform.
Whole-slide-pathologie: eerst QuPath; HALO of Visiopharm als een lab gevalideerde weefselkwantificering op schaal nodig heeft. Confocaal en 3D: Imaris of arivis Pro als het budget het toelaat, anders Fiji, napari of Icy, met Huygens voor deconvolutie. High-content-screens: CellProfiler. Segmentatie met deep learning: Cellpose of StarDist, binnen napari, Fiji of QuPath, of ilastik voor interactief trainen. Databeheer en delen is een aparte taak: OMERO (gratis) slaat beelden op en biedt ze aan voor al het bovenstaande.
Controleer je bestandsformaat voordat je je vastlegt. Ondersteuning door Bio-Formats garandeert niet dat elke variant opent; de eigen documentatie van QuPath waarschuwt dat vermelde formaten niet altijd goed openen. Onze formaatbenchmark opende 792 echte bestanden in 14 formaten en publiceert elke mislukking.
Waar SlideScope past
SlideScope is een desktopviewer voor Windows en Mac die CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM en OME-TIFF rechtstreeks opent, sinds versie 1.10.0 ook VSI, OIB en OIR, LSM, ZVI, Leica LOF en XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK en ND en lokale OME-Zarr, en sinds versie 1.20.0 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 en Olympus SIS, met de acquisitiemetadata die elk bestand vastlegt. Het meet in gekalibreerde micrometers, bewaart annotaties en voert lokale kwantificering uit: het segmenteert kernen, cellen of deeltjes op je eigen computer en exporteert aantallen, morfologie en intensiteit als CSV, GeoJSON en masker-TIFF, met batchruns over een map. Het heeft geen scripts, macro's of aangepaste pipelines, dus houd voor analyse op maat Fiji, CellProfiler, QuPath of napari en gebruik SlideScope als viewer vóór die tools. Vergelijkingen: Fiji en ImageJ, QuPath en napari, CellProfiler.
Vragen over software voor analyse van microscopiebeelden
Wat is de beste gratis software voor analyse van microscopiebeelden?
Voor algemene analyse is Fiji (ImageJ) de standaard gratis keuze: het draait op Windows, macOS en Linux, opent de meeste microscoopformaten via Bio-Formats en heeft duizenden plug-ins. Voor whole-slide-pathologiebeelden is QuPath de gebruikelijke gratis keuze; voor batchpipelines over veel beelden CellProfiler; voor segmentatie met machine learning zonder code ilastik; voor workflows met Python en deep learning napari met Cellpose of StarDist.
Is Fiji of QuPath beter voor whole-slide-beelden?
QuPath. Het is gebouwd rond whole-slide-beelden: het streamt de beeldpiramide, en de annotaties, celdetectie en scripts zijn ontworpen voor coupes van gigapixels. Fiji is de algemenere gereedschapskist, maar is niet ontworpen voor zeer grote whole-slide-beelden.
Welke software opent CZI-, ND2- en LIF-bestanden?
De tools van de leveranciers (ZEISS ZEN of het gratis ZEN lite voor CZI, Nikon NIS-Elements of de gratis NIS-Elements Viewer voor ND2, Leica LAS X voor LIF), Fiji en QuPath via Bio-Formats, en commerciële pakketten zoals arivis Pro, Imaris (native CZI sinds 11.1), Aivia en HALO. SlideScope opent alle drie rechtstreeks op Windows en Mac. ilastik leest ze niet rechtstreeks; converteer eerst naar TIFF of HDF5.
Wat is de beste software voor confocale en 3D-beeldanalyse?
Imaris (Oxford Instruments) en ZEISS arivis Pro zijn de belangrijkste commerciële keuzes voor interactieve 3D- en 4D-rendering, oppervlakken en tracking; arivis Pro werkt alleen op Windows, Imaris op Windows en macOS. Gratis opties zijn Fiji met 3D-plug-ins, napari en Icy. Voor deconvolutie vóór de analyse is SVI Huygens de gespecialiseerde commerciële tool.
Kan ik cellen segmenteren met deep learning zonder te programmeren?
Ja. ilastik traint pixel- en objectclassificatoren interactief; Cellpose heeft een grafische interface (geïnstalleerd met Python); StarDist draait als plug-in binnen Fiji, QuPath en napari. Commerciële opties zijn onder meer Leica Aivia (segmenteren op basis van voorbeelden), Evident cellSens TruAI en arivis Pro. SlideScope segmenteert kernen, cellen of deeltjes op je eigen computer met ingebouwde of opgeslagen recepten, zonder training.
Is SlideScope software voor beeldanalyse?
Gedeeltelijk. SlideScope is een desktopviewer die ook in gekalibreerde eenheden meet, annotaties bewaart, en kernen, cellen of deeltjes segmenteert en telt op je eigen computer, met batchruns over een map en export naar CSV, GeoJSON en maskers. Het heeft geen scripts, macro's of aangepaste pipelines; daarvoor blijven Fiji, CellProfiler, QuPath of napari de juiste tools.
Bronnen
Platforms, licenties en releaseversies komen van de eigen site en releasepagina's van elk project of elke leverancier, gecontroleerd op 8 oktober 2026 en gelinkt in de tabellen hierboven. Waar een leverancier iets niet openbaar vermeldt (bijvoorbeeld de besturingssystemen van HALO of Visiopharm), zegt de tabel dat in plaats van te gokken. Correcties: support@slidescope.science.
Moet je de bestanden eerst openen en meten?
Probeer SlideScope op je eigen CZI-, ND2-, LIF- of whole-slide-bestanden. De ingebouwde voorbeeldbibliotheek is gratis met elke tool; voor je eigen beelden heb je een abonnement nodig (PayPal of kaart).
SlideScope downloaden