A melhor ferramenta para cada tarefa
Softwares gratuitos e de código aberto para análise de microscopia
Todos estes são gratuitos. O Fiji e o QuPath leem formatos proprietários como CZI, ND2, LIF e SVS pela biblioteca Bio-Formats (o QuPath também usa o OpenSlide); o ilastik espera TIFF, HDF5 ou OME-Zarr, então converta primeiro.
Softwares comerciais para análise de microscopia
Nenhum dos fabricantes abaixo publica preço; todos vendem sob orçamento, geralmente com módulos, assinaturas ou licenças institucionais, e a maioria oferece um período de teste. O Imaris 11.1 ganhou um leitor nativo de ZEISS CZI; o arivis Pro lê mais de 30 formatos, incluindo CZI, ND2, LIF e VSI; o Aivia lê mais de 45 formatos, incluindo LIF nativo; o HALO lê os principais formatos de lâminas inteiras, incluindo SVS, NDPI, MRXS, CZI e iSyntax.
O que mudou em 2023-2026
- O MetaMorph foi descontinuado. A Molecular Devices deixou de oferecer o pacote MetaMorph, incluindo MetaFluor e MetaVue, após 7 de julho de 2023, e não indica um substituto (Molecular Devices).
- O CellProfiler não tem uma versão estável desde a 4.2.8, de setembro de 2024. Existe uma tag de desenvolvimento 5.0, mas nenhuma versão lançada.
- O Aperio ImageScope não está mais em desenvolvimento ativo, segundo a Leica; ele continua sendo um visualizador gratuito para Windows (veja ImageScope no Mac).
- O arivis Vision4D agora é o ZEISS arivis Pro, ainda só para Windows.
- O Imaris 11.1 lê ZEISS CZI de forma nativa (setembro de 2026).
- O NIS-Elements AR 7 exige Windows 11 Pro e não é compatível com o Windows 10.
- A versão principal do Fiji passou para o Java 21 e tem compilações para arm64.
- Os modelos do Cellpose são treinados com dados CC-BY-NC, o que importa se você os usa comercialmente, mesmo que o código tenha licença BSD.
- O Leica Aivia continua em desenvolvimento: o Aivia 16 foi lançado em junho de 2026.
Como escolher
Comece pela tarefa, não pela lista de recursos. A maior parte do tempo com imagens vai para quatro tarefas: olhar e verificar uma aquisição, medir e registrar, quantificar objetos e montar um pipeline sob medida. As duas primeiras precisam de um visualizador rápido; a última, de uma plataforma programável.
Patologia de lâminas inteiras: QuPath em primeiro lugar; HALO ou Visiopharm quando um laboratório precisa de quantificação de tecidos validada e em escala. Confocal e 3D: Imaris ou arivis Pro se o orçamento permitir, Fiji, napari ou Icy se não, com o Huygens para deconvolução. Triagens de alto conteúdo: CellProfiler. Segmentação por deep learning: Cellpose ou StarDist, dentro do napari, do Fiji ou do QuPath, ou o ilastik para treinamento interativo. Gestão e compartilhamento de dados é outra tarefa: o OMERO (gratuito) armazena e disponibiliza imagens para todos os anteriores.
Verifique o formato dos seus arquivos antes de se comprometer. O suporte do Bio-Formats não garante que todas as variantes abram; a própria documentação do QuPath avisa que os formatos listados nem sempre abrirão corretamente. O nosso benchmark de formatos abriu 792 arquivos reais em 14 formatos e publica todas as falhas.
Onde o SlideScope se encaixa
O SlideScope é um visualizador para desktop para Windows e Mac que abre CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM e OME-TIFF diretamente, e desde a versão 1.10.0 também VSI, OIB e OIR, LSM, ZVI, Leica LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK e ND e OME-Zarr local, e desde a versão 1.20.0 ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS, com os metadados de aquisição que cada arquivo registra; ele mede em micrômetros calibrados, mantém anotações e executa a quantificação local: segmenta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador e exporta contagens, morfologia e intensidade em CSV, GeoJSON e TIFF de máscara, com execuções em lote em uma pasta. Ele não tem scripts, macros nem pipelines personalizados; então, para análises sob medida, mantenha o Fiji, o CellProfiler, o QuPath ou o napari e use o SlideScope antes deles. Comparações: Fiji e ImageJ, QuPath e napari, CellProfiler.
Perguntas sobre software de análise de imagens de microscopia
Qual é o melhor software gratuito para análise de imagens de microscopia?
Para análise de uso geral, o Fiji (ImageJ) é a escolha gratuita padrão: roda no Windows, no macOS e no Linux, abre a maioria dos formatos de microscópio pelo Bio-Formats e tem milhares de plugins. Para imagens de patologia de lâminas inteiras, o QuPath é a escolha gratuita habitual; para pipelines em lote com muitas imagens, o CellProfiler; para segmentação por aprendizado de máquina sem código, o ilastik; para fluxos de trabalho em Python e deep learning, o napari com Cellpose ou StarDist.
O Fiji ou o QuPath é melhor para imagens de lâminas inteiras?
O QuPath. Ele é construído em torno de imagens de lâminas inteiras: carrega a pirâmide da imagem sob demanda, e as anotações, a detecção de células e os scripts foram pensados para lâminas de gigapixels. O Fiji é a caixa de ferramentas mais geral, mas não foi projetado para imagens de lâminas inteiras muito grandes.
Que software abre arquivos CZI, ND2 e LIF?
As ferramentas dos fabricantes (ZEISS ZEN ou o ZEN lite gratuito para CZI, Nikon NIS-Elements ou o NIS-Elements Viewer gratuito para ND2, Leica LAS X para LIF), o Fiji e o QuPath pelo Bio-Formats, e pacotes comerciais como arivis Pro, Imaris (CZI nativo desde a 11.1), Aivia e HALO. O SlideScope abre os três diretamente no Windows e no Mac. O ilastik não os lê diretamente; converta antes para TIFF ou HDF5.
Qual é o melhor software para análise de imagens confocais e 3D?
O Imaris (Oxford Instruments) e o ZEISS arivis Pro são as principais opções comerciais para renderização interativa 3D e 4D, superfícies e rastreamento; o arivis Pro roda só no Windows, e o Imaris no Windows e no macOS. As opções gratuitas são o Fiji com plugins 3D, o napari e o Icy. Para deconvolução antes da análise, o SVI Huygens é a ferramenta comercial especializada.
Dá para fazer segmentação de células por deep learning sem programar?
Sim. O ilastik treina classificadores de pixels e de objetos de forma interativa; o Cellpose tem uma interface gráfica (instalada com Python); o StarDist roda como plugin dentro do Fiji, do QuPath e do napari. As opções comerciais incluem o Leica Aivia (segmentação a partir de exemplos), o Evident cellSens TruAI e o arivis Pro. O SlideScope segmenta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador com receitas integradas ou salvas, sem treinamento.
O SlideScope é um software de análise de imagens?
Em parte. O SlideScope é um visualizador para desktop que também mede em unidades calibradas, mantém anotações e segmenta e conta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador, com execuções em lote em uma pasta e exportações em CSV, GeoJSON e máscara. Ele não tem scripts, macros nem pipelines personalizados; para isso, o Fiji, o CellProfiler, o QuPath ou o napari continuam sendo as ferramentas certas.
Fontes
Plataformas, licenças e versões vêm do site e das páginas de lançamento de cada projeto ou fabricante, verificados em 8 de outubro de 2026 e com links nas tabelas acima. Quando um fabricante não informa algo publicamente (por exemplo, os sistemas operacionais do HALO ou do Visiopharm), a tabela diz isso em vez de adivinhar. Correções: support@slidescope.science.
Precisa abrir e medir os arquivos primeiro?
Experimente o SlideScope com os seus próprios arquivos CZI, ND2, LIF ou de lâminas inteiras. A biblioteca de amostras incluída é gratuita, com todas as ferramentas; as suas próprias imagens exigem uma assinatura (PayPal ou cartão).
Baixar o SlideScope