简要回答：免费的通用分析用 Fiji；全切片病理用 QuPath；批处理流程用 CellProfiler；无需代码的机器学习分割用 ilastik；Python 和深度学习用 napari 配合 Cellpose 或 StarDist。Imaris、ZEISS arivis Pro、HALO 和 Visiopharm 等商业套件在大型 3D 数据集和大规模全切片定量方面处于领先地位。下文所有信息均来自厂商或项目自己的页面，核实于 2026 年 10 月 8 日。
| 任务 | 工具 | 价格和平台 |
|---|---|---|
| 通用分析，免费 | Fiji (ImageJ) | 免费，开源；Windows、macOS、Linux |
| 全切片病理，免费 | QuPath | 免费，开源；Windows、macOS、Linux |
| 跨大量图像的批处理流程 | CellProfiler | 免费，开源；Windows、macOS、Linux |
| 无需代码的机器学习分割 | ilastik | 免费，开源；Windows、macOS、Linux |
| Python 和深度学习工作流程 | napari 配合 Cellpose 或 StarDist | 免费，开源 |
| 交互式 3D 和 4D 渲染 | Imaris 或 ZEISS arivis Pro | 商业软件，需询价 |
| 大规模全切片组织定量 | Indica Labs HALO 或 Visiopharm | 商业软件，需询价 |
| 去卷积 | SVI Huygens | 商业软件，需询价 |
| 查看、测量和计数多种格式 | SlideScope | 付费，免费示例库；Windows、macOS |
以下工具全部免费。Fiji 和 QuPath 通过 Bio-Formats 库读取 CZI、ND2、LIF 和 SVS 等专有格式（QuPath 还使用 OpenSlide）；ilastik 需要 TIFF、HDF5 或 OME-Zarr，因此请先转换。
| 工具 | 许可证 | 平台 | 最适合 | 最新版本 |
|---|---|---|---|---|
| Fiji (ImageJ) | GPL（ImageJ2 为 BSD-2） | Windows、macOS、Linux（x86-64 和 arm64） | 通用处理和测量；数千个插件和宏 | 2.18.0（2026 年 6 月） |
| QuPath | GPL | Windows、macOS（Intel 和 Apple silicon）、Linux | 全切片病理：标注、细胞检测、脚本编写 | 0.7.0（2026 年 3 月） |
| CellProfiler | BSD-3 | Windows 10/11、macOS 13+、Linux（Flatpak） | 基于流程的高通量测量，可跨大量图像 | 4.2.8（2024 年 9 月） |
| napari | BSD-3 | Python 包或独立安装程序 | Python 原生的多维查看和标注，适用于脚本化和深度学习工作 | 0.9.2（2026 年 9 月） |
| ilastik | GPL | Windows 10+、macOS（Intel 和 Apple 芯片）、Linux | 交互式机器学习像素和对象分类、追踪 | 1.4.2（2026 年 5 月） |
| Icy | GPLv3 / LGPL-3.0 | Windows、macOS、Linux（Java） | 通过图形化协议进行 3D 可视化、追踪和斑点检测 | 持续维护中 |
| Cellpose | BSD-3（模型使用 CC-BY-NC 数据训练） | Windows, macOS, Linux | 通用型深度学习细胞分割 | 4.2.1.1（2026 年 6 月） |
| StarDist | BSD-3 | Windows, macOS, Linux | 细胞核检测；提供 Fiji、QuPath、napari、Icy 插件 | 0.9.2（2025 年 12 月） |
以下厂商均未公开价格；全部按报价销售，通常采用模块、订阅或机构许可方式，大多数提供试用。Imaris 11.1 新增了原生 ZEISS CZI 读取器；arivis Pro 可读取 30 多种格式，包括 CZI、ND2、LIF 和 VSI；Aivia 可读取 45 多种格式，包括原生 LIF；HALO 可读取主要的全切片格式，包括 SVS、NDPI、MRXS、CZI 和 iSyntax。
| 工具 | 厂商 | 平台 | 最适合 | 最新版本 |
|---|---|---|---|---|
| Imaris | Oxford Instruments Andor | Windows 10/11, macOS | 交互式 3D/4D 渲染、表面重建、追踪；免费的 Imaris Viewer | 11.1（2026 年 9 月） |
| ZEISS arivis Pro | ZEISS（原 arivis Vision4D） | 仅 Windows | 超大型 3D/4D 数据集、AI 分割、神经元追踪 | 4.6（2026 年 9 月） |
| Leica Aivia | Leica Microsystems | Windows 10/11 Pro；网页版 | 无需代码的示例式 AI 分割、多孔板分析 | Aivia 16（2026 年 6 月） |
| HALO | Indica Labs | 请咨询厂商 | 定量全切片组织分析、多重表型分析 | 4.3 |
| Visiopharm | Visiopharm | 请咨询厂商 | AI 病理、科研及 CE-IVD 诊断应用 | 2026.08.4（2026 年 8 月） |
| NIS-Elements | Nikon | AR 7: Windows 11 Pro | Nikon 系统上的采集和分析；免费的 Windows 和 macOS 版 Viewer | AR 7.00.00（2026 年 9 月） |
| ZEISS ZEN | ZEISS | Windows | ZEISS 系统上的采集和分析；免费的 ZEN lite | ZEN 3.14 |
| cellSens | Evident (Olympus) | Windows 10/11 Pro | 采集、TruAI 深度学习分割、去卷积 | 4.5 |
| Huygens | Scientific Volume Imaging | 请查看厂商网站 | 去卷积和图像复原，2D 至 4D | 26.04 |
从任务出发，而不是从功能列表出发。大部分成像时间都花在四类任务上：查看和核验采集结果、测量和记录、对象定量，以及搭建定制化的处理流程。前两项需要一款快速的查看器；最后一项需要可编程的平台。
全切片病理：首选 QuPath；当实验室需要经过验证的大规模组织定量时，选择 HALO 或 Visiopharm。共聚焦和 3D：预算允许时选 Imaris 或 arivis Pro，否则选 Fiji、napari 或 Icy，去卷积用 Huygens。高内涵筛选：CellProfiler。深度学习分割：在 napari、Fiji 或 QuPath 中使用 Cellpose 或 StarDist，或用 ilastik 进行交互式训练。数据管理和共享是另一项任务：OMERO（免费）可为上述所有工具存储和提供图像。
在做决定之前先检查您的文件格式。Bio-Formats 支持某种格式并不保证其每个变体都能打开；QuPath 自己的文档也提醒，列出的格式并不总能正确打开。我们的格式基准测试打开了 14 种格式的 792 个真实文件，并公开了每一个失败案例。
SlideScope 是一款适用于 Windows 和 Mac 的桌面查看器，可直接打开 CZI、ND2、LIF、SVS、NDPI、MRXS、DICOM 和 OME-TIFF，自 1.10.0 版起还支持 VSI、OIB 和 OIR、LSM、ZVI、Leica LOF 和 XLEF、DeltaVision、MetaMorph STK 和 ND 以及本地 OME-Zarr，自 1.20.0 版起支持 ICS/IDS、Gatan DM3/DM4 和 Olympus SIS，并显示每个文件记录的采集元数据；它能以校准后的微米为单位测量、保存标注，并运行本地定量分析：在您自己的电脑上分割细胞核、细胞或颗粒，并将计数、形态和强度导出为 CSV、GeoJSON 和掩膜 TIFF，还支持对整个文件夹批量运行。它没有脚本、宏或自定义处理流程，因此对于定制化分析，请继续使用 Fiji、CellProfiler、QuPath 或 napari，并把 SlideScope 用在它们之前。对比页面：Fiji 和 ImageJ、QuPath 和 napari、CellProfiler。
对于通用分析，Fiji（ImageJ）是标准的免费选择：它可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行，通过 Bio-Formats 打开大多数显微镜格式，并拥有数千个插件。对于全切片病理图像，QuPath 是常用的免费选择；跨大量图像的批处理流程用 CellProfiler；无需代码的机器学习分割用 ilastik；Python 和深度学习工作流程用 napari 配合 Cellpose 或 StarDist。
QuPath。它围绕全切片图像构建：以流式方式读取图像金字塔，其标注、细胞检测和脚本功能都是为十亿像素级切片设计的。Fiji 是更通用的工具箱，但并非为超大的全切片图像而设计。
厂商工具（CZI 用 ZEISS ZEN 或免费的 ZEN lite，ND2 用 Nikon NIS-Elements 或免费的 NIS-Elements Viewer，LIF 用 Leica LAS X），通过 Bio-Formats 的 Fiji 和 QuPath，以及 arivis Pro、Imaris（自 11.1 起原生支持 CZI）、Aivia 和 HALO 等商业套件。SlideScope 可在 Windows 和 Mac 上直接打开这三种格式。ilastik 无法直接读取它们；请先转换为 TIFF 或 HDF5。
Imaris（Oxford Instruments）和 ZEISS arivis Pro 是交互式 3D 和 4D 渲染、表面重建和追踪的主要商业选择；arivis Pro 仅能在 Windows 上运行，Imaris 支持 Windows 和 macOS。免费选择有带 3D 插件的 Fiji、napari 和 Icy。如需在分析前进行去卷积，SVI Huygens 是专业的商业工具。
可以。ilastik 可交互式训练像素和对象分类器；Cellpose 有图形界面（随 Python 安装）；StarDist 以插件形式在 Fiji、QuPath 和 napari 中运行。商业选择包括 Leica Aivia（示例式分割）、Evident cellSens TruAI 和 arivis Pro。SlideScope 使用内置或已保存的方案，在您自己的电脑上分割细胞核、细胞或颗粒，无需训练。
部分是。SlideScope 是一款桌面查看器，同时还能以校准单位进行测量、保存标注，并在您自己的电脑上分割和计数细胞核、细胞或颗粒，支持对整个文件夹批量运行，并可导出 CSV、GeoJSON 和掩膜。它没有脚本、宏或自定义处理流程；对于这些需求，Fiji、CellProfiler、QuPath 或 napari 仍是合适的工具。
平台、许可证和发布版本信息均来自各项目或厂商自己的网站和发布页面，核实于 2026 年 10 月 8 日，并在上方表格中附有链接。如果厂商没有公开说明某项信息（例如 HALO 或 Visiopharm 支持的操作系统），表格会如实注明，而不是猜测。勘误请联系：support@slidescope.science。
用您自己的 CZI、ND2、LIF 或全切片文件试用 SlideScope。内置示例库免费，可使用所有工具；打开您自己的图像需要订阅（PayPal 或银行卡）。