เครื่องมือที่ดีที่สุดสำหรับแต่ละงาน
ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพกล้องจุลทรรศน์แบบฟรีและโอเพนซอร์ส
เครื่องมือเหล่านี้ทั้งหมดไม่มีค่าใช้จ่าย Fiji และ QuPath อ่านรูปแบบไฟล์เฉพาะของผู้ผลิต เช่น CZI, ND2, LIF และ SVS ผ่านไลบรารี Bio-Formats (QuPath ใช้ OpenSlide ด้วย) ส่วน ilastik ต้องการ TIFF, HDF5 หรือ OME-Zarr จึงต้องแปลงไฟล์ก่อน
ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพกล้องจุลทรรศน์เชิงพาณิชย์
ผู้ผลิตด้านล่างไม่มีรายใดเปิดเผยราคา ทุกรายขายตามใบเสนอราคา โดยมักแบ่งเป็นโมดูล การสมัครสมาชิก หรือใบอนุญาตระดับสถาบัน และส่วนใหญ่มีรุ่นทดลองใช้ Imaris 11.1 เพิ่มตัวอ่าน ZEISS CZI แบบเนทีฟ arivis Pro อ่านได้มากกว่า 30 รูปแบบ รวมถึง CZI, ND2, LIF และ VSI; Aivia อ่านได้มากกว่า 45 รูปแบบ รวมถึง LIF แบบเนทีฟ; HALO อ่านรูปแบบภาพสไลด์ทั้งแผ่นหลัก ๆ รวมถึง SVS, NDPI, MRXS, CZI และ iSyntax
สิ่งที่เปลี่ยนแปลงในปี 2023-2026
- MetaMorph ยุติการจำหน่ายแล้ว Molecular Devices หยุดจำหน่ายชุดซอฟต์แวร์ MetaMorph รวมถึง MetaFluor และ MetaVue หลังวันที่ 7 กรกฎาคม 2023 และไม่ได้ระบุผลิตภัณฑ์ทดแทน (Molecular Devices)
- CellProfiler ไม่มีรุ่นเสถียรใหม่ตั้งแต่ 4.2.8 ในเดือนกันยายน 2024 มีแท็กสำหรับการพัฒนา 5.0 อยู่ แต่ยังไม่มีการออกรุ่น
- Aperio ImageScope ไม่ได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องแล้ว ตามที่ Leica ระบุ แต่ยังคงเป็นโปรแกรมดูฟรีบน Windows (ดู ImageScope บน Mac)
- arivis Vision4D เปลี่ยนเป็น ZEISS arivis Pro แล้ว และยังคงใช้ได้เฉพาะ Windows
- Imaris 11.1 อ่าน ZEISS CZI ได้แบบเนทีฟ (กันยายน 2026)
- NIS-Elements AR 7 ต้องใช้ Windows 11 Pro และใช้กับ Windows 10 ไม่ได้
- บิลด์หลักของ Fiji เปลี่ยนไปใช้ Java 21 และรองรับบิลด์ arm64
- โมเดลของ Cellpose ฝึกด้วยข้อมูล CC-BY-NC ซึ่งมีผลหากคุณใช้ในเชิงพาณิชย์ แม้ว่าโค้ดจะใช้สัญญาอนุญาต BSD
- Leica Aivia ยังคงได้รับการพัฒนา: Aivia 16 ออกในเดือนมิถุนายน 2026
วิธีเลือก
เริ่มจากงาน ไม่ใช่รายการฟีเจอร์ เวลาส่วนใหญ่ในการทำงานกับภาพหมดไปกับงานสี่อย่าง: การดูและตรวจสอบภาพที่ถ่ายมา การวัดและบันทึก การวิเคราะห์เชิงปริมาณวัตถุ และการสร้างไปป์ไลน์เฉพาะทาง สองงานแรกต้องการโปรแกรมดูที่รวดเร็ว ส่วนงานสุดท้ายต้องการแพลตฟอร์มที่เขียนโปรแกรมได้
พยาธิวิทยาภาพสไลด์ทั้งแผ่น: เริ่มที่ QuPath ใช้ HALO หรือ Visiopharm เมื่อห้องแล็บต้องการการวิเคราะห์เชิงปริมาณเนื้อเยื่อที่ผ่านการตรวจสอบความถูกต้องและขยายขนาดได้ คอนโฟคอลและ 3 มิติ: Imaris หรือ arivis Pro หากงบประมาณเอื้ออำนวย หากไม่ ใช้ Fiji, napari หรือ Icy ร่วมกับ Huygens สำหรับการทำดีคอนโวลูชัน การคัดกรองแบบ high-content: CellProfiler การแบ่งส่วนภาพด้วยการเรียนรู้เชิงลึก: Cellpose หรือ StarDist ภายใน napari, Fiji หรือ QuPath หรือ ilastik สำหรับการฝึกแบบโต้ตอบ การจัดการและแชร์ข้อมูลเป็นงานแยกต่างหาก: OMERO (ฟรี) จัดเก็บและให้บริการภาพสำหรับทุกเครื่องมือข้างต้น
ตรวจสอบรูปแบบไฟล์ของคุณก่อนตัดสินใจ การรองรับของ Bio-Formats ไม่ได้รับประกันว่าทุกรูปแบบย่อยจะเปิดได้ เอกสารของ QuPath เองเตือนว่ารูปแบบที่ระบุไว้อาจไม่ได้เปิดได้อย่างถูกต้องเสมอไป การทดสอบรูปแบบไฟล์ของเราเปิดไฟล์จริง 792 ไฟล์ใน 14 รูปแบบ และเผยแพร่ทุกกรณีที่ล้มเหลว
SlideScope อยู่ตรงไหน
SlideScope เป็นโปรแกรมดูบนเดสก์ท็อปสำหรับ Windows และ Mac ที่เปิด CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM และ OME-TIFF ได้โดยตรง และตั้งแต่เวอร์ชัน 1.10.0 ยังเปิด VSI, OIB และ OIR, LSM, ZVI, Leica LOF และ XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK และ ND และ OME-Zarr ในเครื่อง และตั้งแต่เวอร์ชัน 1.20.0 เปิด ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 และ Olympus SIS ได้ พร้อมเมทาดาทาการถ่ายภาพที่แต่ละไฟล์บันทึกไว้ วัดเป็นไมโครเมตรที่ปรับเทียบแล้ว เก็บคำอธิบายประกอบ และรันการวิเคราะห์เชิงปริมาณในเครื่อง: แบ่งส่วนนิวเคลียส เซลล์ หรืออนุภาคบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง และส่งออกจำนวน สัณฐานวิทยา และความเข้มเป็น CSV, GeoJSON และ mask TIFF พร้อมการรันแบบกลุ่มกับทั้งโฟลเดอร์ SlideScope ไม่มีการเขียนสคริปต์ มาโคร หรือไปป์ไลน์แบบกำหนดเอง ดังนั้นสำหรับการวิเคราะห์เฉพาะทาง ให้ใช้ Fiji, CellProfiler, QuPath หรือ napari ต่อไป และใช้ SlideScope เป็นด่านแรกก่อนเครื่องมือเหล่านั้น การเปรียบเทียบ: Fiji และ ImageJ, QuPath และ napari, CellProfiler
คำถามเกี่ยวกับซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพจากกล้องจุลทรรศน์
ซอฟต์แวร์ฟรีที่ดีที่สุดสำหรับวิเคราะห์ภาพจากกล้องจุลทรรศน์คืออะไร?
สำหรับการวิเคราะห์อเนกประสงค์ Fiji (ImageJ) เป็นตัวเลือกฟรีมาตรฐาน: ทำงานบน Windows, macOS และ Linux เปิดรูปแบบไฟล์กล้องจุลทรรศน์ส่วนใหญ่ผ่าน Bio-Formats และมีปลั๊กอินหลายพันรายการ สำหรับภาพพยาธิวิทยาแบบสไลด์ทั้งแผ่น QuPath เป็นตัวเลือกฟรีที่นิยมใช้ สำหรับไปป์ไลน์แบบกลุ่มกับภาพจำนวนมาก ใช้ CellProfiler สำหรับการแบ่งส่วนภาพด้วยการเรียนรู้ของเครื่องโดยไม่ต้องเขียนโค้ด ใช้ ilastik สำหรับเวิร์กโฟลว์ Python และการเรียนรู้เชิงลึก ใช้ napari ร่วมกับ Cellpose หรือ StarDist
Fiji หรือ QuPath ดีกว่ากันสำหรับภาพสไลด์ทั้งแผ่น?
QuPath เพราะสร้างขึ้นโดยมีภาพสไลด์ทั้งแผ่นเป็นศูนย์กลาง: สตรีมพีระมิดภาพ และคำอธิบายประกอบ การตรวจจับเซลล์ และการเขียนสคริปต์ออกแบบมาสำหรับสไลด์ระดับกิกะพิกเซล Fiji เป็นชุดเครื่องมือที่ใช้งานทั่วไปมากกว่า แต่ไม่ได้ออกแบบมาสำหรับภาพสไลด์ทั้งแผ่นที่ใหญ่มาก
ซอฟต์แวร์ใดเปิดไฟล์ CZI, ND2 และ LIF ได้?
เครื่องมือของผู้ผลิต (ZEISS ZEN หรือ ZEN lite ที่ใช้ฟรีสำหรับ CZI, Nikon NIS-Elements หรือ NIS-Elements Viewer ที่ใช้ฟรีสำหรับ ND2, Leica LAS X สำหรับ LIF), Fiji และ QuPath ผ่าน Bio-Formats และชุดซอฟต์แวร์เชิงพาณิชย์ เช่น arivis Pro, Imaris (CZI แบบเนทีฟตั้งแต่ 11.1), Aivia และ HALO SlideScope เปิดทั้งสามรูปแบบได้โดยตรงบน Windows และ Mac ส่วน ilastik อ่านไฟล์เหล่านี้โดยตรงไม่ได้ ต้องแปลงเป็น TIFF หรือ HDF5 ก่อน
ซอฟต์แวร์ที่ดีที่สุดสำหรับวิเคราะห์ภาพคอนโฟคอลและภาพ 3 มิติคืออะไร?
Imaris (Oxford Instruments) และ ZEISS arivis Pro เป็นตัวเลือกเชิงพาณิชย์หลักสำหรับการเรนเดอร์ 3 มิติและ 4 มิติแบบโต้ตอบ พื้นผิว และการติดตาม arivis Pro ทำงานบน Windows เท่านั้น ส่วน Imaris ทำงานบน Windows และ macOS ตัวเลือกฟรีคือ Fiji พร้อมปลั๊กอิน 3 มิติ, napari และ Icy สำหรับการทำดีคอนโวลูชันก่อนการวิเคราะห์ SVI Huygens เป็นเครื่องมือเชิงพาณิชย์เฉพาะทาง
แบ่งส่วนเซลล์ด้วยการเรียนรู้เชิงลึกโดยไม่ต้องเขียนโค้ดได้หรือไม่?
ได้ ilastik ฝึกตัวจำแนกพิกเซลและวัตถุแบบโต้ตอบ Cellpose มีอินเทอร์เฟซแบบกราฟิก (ติดตั้งพร้อม Python) StarDist ทำงานเป็นปลั๊กอินภายใน Fiji, QuPath และ napari ตัวเลือกเชิงพาณิชย์ได้แก่ Leica Aivia (แบ่งส่วนจากตัวอย่าง), Evident cellSens TruAI และ arivis Pro ส่วน SlideScope แบ่งส่วนนิวเคลียส เซลล์ หรืออนุภาคบนคอมพิวเตอร์ของคุณเองด้วยสูตรในตัวหรือสูตรที่บันทึกไว้ โดยไม่ต้องฝึกโมเดล
SlideScope เป็นซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพหรือไม่?
เป็นบางส่วน SlideScope เป็นโปรแกรมดูบนเดสก์ท็อปที่วัดเป็นหน่วยที่ปรับเทียบแล้วได้ด้วย เก็บคำอธิบายประกอบ และแบ่งส่วนและนับนิวเคลียส เซลล์ หรืออนุภาคบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง พร้อมการรันแบบกลุ่มกับทั้งโฟลเดอร์และการส่งออก CSV, GeoJSON และ mask SlideScope ไม่มีการเขียนสคริปต์ มาโคร หรือไปป์ไลน์แบบกำหนดเอง สำหรับงานเหล่านั้น Fiji, CellProfiler, QuPath หรือ napari ยังคงเป็นเครื่องมือที่เหมาะสม
แหล่งอ้างอิง
แพลตฟอร์ม สัญญาอนุญาต และเวอร์ชันที่ออก มาจากเว็บไซต์และหน้ารุ่นที่ออกของแต่ละโครงการหรือผู้ผลิตเอง ตรวจสอบเมื่อ 8 ตุลาคม 2026 และมีลิงก์อยู่ในตารางด้านบน ในกรณีที่ผู้ผลิตไม่ได้ระบุบางอย่างต่อสาธารณะ (เช่น ระบบปฏิบัติการของ HALO หรือ Visiopharm) ตารางจะระบุเช่นนั้นแทนการคาดเดา แจ้งแก้ไข: support@slidescope.science
ต้องการเปิดและวัดไฟล์ก่อนหรือไม่?
ลองใช้ SlideScope กับไฟล์ CZI, ND2, LIF หรือภาพสไลด์ทั้งแผ่นของคุณเอง คลังภาพตัวอย่างในตัวใช้ได้ฟรีพร้อมทุกเครื่องมือ ส่วนภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก (PayPal หรือบัตร)
ดาวน์โหลด SlideScope