Her iş için en iyi araç
Ücretsiz ve açık kaynak mikroskopi analiz yazılımları
Bunların hepsi ücretsizdir. Fiji ve QuPath, CZI, ND2, LIF ve SVS gibi tescilli biçimleri Bio-Formats kütüphanesi aracılığıyla okur (QuPath ayrıca OpenSlide kullanır); ilastik TIFF, HDF5 veya OME-Zarr bekler, bu yüzden önce dönüştürün.
Ticari mikroskopi analiz yazılımları
Aşağıdaki üreticilerin hiçbiri fiyat yayımlamaz; hepsi, genellikle modüller, abonelikler veya kurumsal lisanslarla, fiyat teklifiyle satış yapar ve çoğu deneme sürümü sunar. Imaris 11.1 yerel bir ZEISS CZI okuyucu ekledi; arivis Pro CZI, ND2, LIF ve VSI dahil 30’dan fazla biçimi okur; Aivia yerel LIF dahil 45’ten fazla biçimi okur; HALO ise SVS, NDPI, MRXS, CZI ve iSyntax dahil başlıca tam slayt biçimlerini okur.
2023-2026 arasında neler değişti?
- MetaMorph’un üretimi durduruldu. Molecular Devices, MetaFluor ve MetaVue dahil MetaMorph paketini 7 Temmuz 2023’ten sonra sunmayı bıraktı ve bir yerine geçen ürün belirtmiyor (Molecular Devices).
- CellProfiler, Eylül 2024’teki 4.2.8 sürümünden bu yana kararlı bir sürüm yayımlamadı. Bir 5.0 geliştirme etiketi var, ancak sürüm yok.
- Leica’ya göre Aperio ImageScope artık etkin olarak geliştirilmiyor; ücretsiz bir Windows görüntüleyicisi olmaya devam ediyor (bkz. Mac’te ImageScope).
- arivis Vision4D artık ZEISS arivis Pro adını taşıyor ve hâlâ yalnızca Windows’ta çalışıyor.
- Imaris 11.1, ZEISS CZI’yi yerel olarak okuyor (Eylül 2026).
- NIS-Elements AR 7, Windows 11 Pro gerektiriyor ve Windows 10 ile uyumlu değil.
- Fiji’nin ana sürümü Java 21’e geçti ve arm64 sürümlerini destekliyor.
- Cellpose modelleri CC-BY-NC verilerle eğitilmiştir; kod BSD lisanslı olsa da modelleri ticari olarak kullanıyorsanız bu önemlidir.
- Leica Aivia hâlâ geliştiriliyor: Aivia 16 Haziran 2026’da yayımlandı.
Nasıl seçilir?
Özellik listesinden değil, işten yola çıkın. Görüntüleme zamanının çoğu dört işe gider: bir edinime bakmak ve doğrulamak, ölçmek ve kaydetmek, nesneleri nicelemek ve özel bir işlem hattı kurmak. İlk ikisi hızlı bir görüntüleyici gerektirir; sonuncusu programlanabilir bir platform gerektirir.
Tam slayt patoloji: önce QuPath; bir laboratuvar doğrulanmış, ölçeklenmiş doku nicelemesine ihtiyaç duyduğunda HALO veya Visiopharm. Konfokal ve 3B: bütçe izin veriyorsa Imaris veya arivis Pro, vermiyorsa Fiji, napari veya Icy; dekonvolüsyon için Huygens. Yüksek içerikli taramalar: CellProfiler. Derin öğrenme segmentasyonu: napari, Fiji veya QuPath içinde Cellpose ya da StarDist, etkileşimli eğitim için ilastik. Veri yönetimi ve paylaşımı ayrı bir iştir: OMERO (ücretsiz) yukarıdakilerin hepsi için görüntüleri saklar ve sunar.
Karar vermeden önce dosya biçiminizi kontrol edin. Bio-Formats desteği her varyantın açılacağını garanti etmez; QuPath’in kendi belgeleri listelenen biçimlerin her zaman düzgün açılmayacağı konusunda uyarır. Biçim karşılaştırma testimiz 14 biçimde 792 gerçek dosyayı açtı ve her başarısızlığı yayımlıyor.
SlideScope’un yeri
SlideScope, Windows ve Mac için bir masaüstü görüntüleyicidir; CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM ve OME-TIFF’i doğrudan, 1.10.0 sürümünden beri VSI, OIB ve OIR, LSM, ZVI, Leica LOF ve XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK ve ND ile yerel OME-Zarr dosyalarını, 1.20.0 sürümünden beri de ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 ve Olympus SIS dosyalarını, her dosyanın kaydettiği edinim meta verileriyle birlikte açar; kalibre edilmiş mikrometrelerle ölçer, açıklamaları saklar ve yerel niceleme çalıştırır: çekirdekleri, hücreleri veya parçacıkları kendi bilgisayarınızda segmente eder ve sayımları, morfolojiyi ve yoğunluğu CSV, GeoJSON ve maske TIFF olarak dışa aktarır; bir klasör üzerinde toplu çalıştırma da yapabilir. Betik yazma, makro veya özel işlem hattı içermez; bu nedenle özel analizler için Fiji, CellProfiler, QuPath veya napari’yi kullanmaya devam edin ve SlideScope’u bunların önünde kullanın. Karşılaştırmalar: Fiji ve ImageJ, QuPath ve napari, CellProfiler.
Mikroskopi görüntü analizi yazılımları hakkında sorular
Mikroskopi görüntü analizi için en iyi ücretsiz yazılım hangisidir?
Genel amaçlı analiz için standart ücretsiz seçim Fiji’dir (ImageJ): Windows, macOS ve Linux’ta çalışır, mikroskop biçimlerinin çoğunu Bio-Formats aracılığıyla açar ve binlerce eklentisi vardır. Tam slayt patoloji görüntüleri için olağan ücretsiz seçim QuPath’tir; çok sayıda görüntüde toplu işlem hatları için CellProfiler; kod yazmadan makine öğrenimiyle segmentasyon için ilastik; Python ve derin öğrenme iş akışları için Cellpose veya StarDist ile napari.
Tam slayt görüntüleri için Fiji mi yoksa QuPath mi daha iyi?
QuPath. Tam slayt görüntüleri etrafında tasarlanmıştır: görüntü piramidini akış hâlinde okur; açıklamaları, hücre tespiti ve betik yazma özellikleri gigapiksel slaytlar için tasarlanmıştır. Fiji daha genel bir araç kutusudur, ancak çok büyük tam slayt görüntüleri için tasarlanmamıştır.
CZI, ND2 ve LIF dosyalarını hangi yazılım açar?
Üretici araçları (CZI için ZEISS ZEN veya ücretsiz ZEN lite, ND2 için Nikon NIS-Elements veya ücretsiz NIS-Elements Viewer, LIF için Leica LAS X), Bio-Formats aracılığıyla Fiji ve QuPath ile arivis Pro, Imaris (11.1’den beri yerel CZI), Aivia ve HALO gibi ticari paketler. SlideScope üçünü de Windows ve Mac’te doğrudan açar. ilastik bunları doğrudan okumaz; önce TIFF veya HDF5’e dönüştürün.
Konfokal ve 3B görüntü analizi için en iyi yazılım hangisidir?
Etkileşimli 3B ve 4B görselleştirme, yüzeyler ve izleme için başlıca ticari seçenekler Imaris (Oxford Instruments) ve ZEISS arivis Pro’dur; arivis Pro yalnızca Windows’ta, Imaris ise Windows ve macOS’ta çalışır. Ücretsiz seçenekler 3B eklentileriyle Fiji, napari ve Icy’dir. Analiz öncesi dekonvolüsyon için uzman ticari araç SVI Huygens’tir.
Kod yazmadan derin öğrenmeyle hücre segmentasyonu yapabilir miyim?
Evet. ilastik piksel ve nesne sınıflandırıcılarını etkileşimli olarak eğitir; Cellpose’un grafik arayüzü vardır (Python ile kurulur); StarDist, Fiji, QuPath ve napari içinde eklenti olarak çalışır. Ticari seçenekler arasında Leica Aivia (örnekle segmentasyon), Evident cellSens TruAI ve arivis Pro bulunur. SlideScope ise çekirdekleri, hücreleri veya parçacıkları, eğitim gerektirmeden yerleşik ya da kaydedilmiş tariflerle kendi bilgisayarınızda segmente eder.
SlideScope bir görüntü analizi yazılımı mıdır?
Kısmen. SlideScope, kalibre edilmiş birimlerle de ölçen, açıklamaları saklayan ve çekirdekleri, hücreleri veya parçacıkları kendi bilgisayarınızda segmente edip sayan bir masaüstü görüntüleyicidir; bir klasör üzerinde toplu çalıştırma ile CSV, GeoJSON ve maske dışa aktarımı sunar. Betik yazma, makro veya özel işlem hattı içermez; bunlar için Fiji, CellProfiler, QuPath veya napari doğru araçlar olmaya devam eder.
Kaynaklar
Platformlar, lisanslar ve sürüm numaraları her projenin veya üreticinin kendi sitesinden ve sürüm sayfalarından alınmış, 8 Ekim 2026’da kontrol edilmiş ve yukarıdaki tablolarda bağlantılanmıştır. Bir üretici bir bilgiyi kamuya açık olarak belirtmiyorsa (örneğin HALO’nun veya Visiopharm’ın işletim sistemleri), tablo tahmin yürütmek yerine bunu belirtir. Düzeltmeler için: support@slidescope.science.
Önce dosyaları açıp ölçmeniz mi gerekiyor?
SlideScope’u kendi CZI, ND2, LIF veya tam slayt dosyalarınızda deneyin. Yerleşik örnek kitaplığı tüm araçlarla ücretsizdir; kendi görüntüleriniz için abonelik gerekir (PayPal veya kart).
SlideScope’u indirin