簡短回答：免費的一般分析，請用 Fiji；全玻片病理，請用 QuPath；批次處理流程，請用 CellProfiler；不寫程式碼的機器學習分割，請用 ilastik；Python 與深度學習，請用 napari 搭配 Cellpose 或 StarDist。在大型 3D 資料集與大規模全玻片定量方面，Imaris、ZEISS arivis Pro、HALO 與 Visiopharm 等商業套件居於領先。以下每一項事實都來自廠商或專案本身的頁面，查證日期為 2026 年 10 月 8 日。
| 工作 | 工具 | 價格與平台 |
|---|---|---|
| 一般分析，免費 | Fiji (ImageJ) | 免費、開源；Windows、macOS、Linux |
| 全玻片病理，免費 | QuPath | 免費、開源；Windows、macOS、Linux |
| 跨大量影像的批次處理流程 | CellProfiler | 免費、開源；Windows、macOS、Linux |
| 不寫程式碼的機器學習分割 | ilastik | 免費、開源；Windows、macOS、Linux |
| Python 與深度學習工作流程 | napari 搭配 Cellpose 或 StarDist | 免費、開源 |
| 互動式 3D 與 4D 算繪 | Imaris 或 ZEISS arivis Pro | 商業軟體，需報價 |
| 大規模全玻片組織定量 | Indica Labs HALO 或 Visiopharm | 商業軟體，需報價 |
| 反摺積 | SVI Huygens | 商業軟體，需報價 |
| 檢視、量測與計數多種格式 | SlideScope | 付費，免費範例庫；Windows、macOS |
以下工具全部免費。Fiji 與 QuPath 透過 Bio-Formats 函式庫讀取 CZI、ND2、LIF 與 SVS 等專有格式（QuPath 也使用 OpenSlide）；ilastik 需要 TIFF、HDF5 或 OME-Zarr，因此請先轉換。
| 工具 | 授權 | 平台 | 最適合 | 最新版本 |
|---|---|---|---|---|
| Fiji (ImageJ) | GPL（ImageJ2 為 BSD-2） | Windows、macOS、Linux（x86-64 與 arm64） | 一般處理與量測；數千個外掛程式與巨集 | 2.18.0（2026 年 6 月） |
| QuPath | GPL | Windows、macOS（Intel 與 Apple silicon）、Linux | 全玻片病理：標註、細胞偵測、腳本 | 0.7.0（2026 年 3 月） |
| CellProfiler | BSD-3 | Windows 10/11、macOS 13+、Linux（Flatpak） | 以處理流程為基礎、跨大量影像的高通量量測 | 4.2.8（2024 年 9 月） |
| napari | BSD-3 | Python 套件或獨立安裝程式 | Python 原生的 n 維檢視與標註，適用於腳本化與深度學習工作 | 0.9.2（2026 年 9 月） |
| ilastik | GPL | Windows 10+、macOS（Intel 與 Apple silicon）、Linux | 互動式機器學習像素與物件分類、追蹤 | 1.4.2（2026 年 5 月） |
| Icy | GPLv3 / LGPL-3.0 | Windows、macOS、Linux（Java） | 以圖形化流程進行 3D 視覺化、追蹤與光點偵測 | 持續維護中 |
| Cellpose | BSD-3（模型以 CC-BY-NC 資料訓練） | Windows, macOS, Linux | 通用型深度學習細胞分割 | 4.2.1.1（2026 年 6 月） |
| StarDist | BSD-3 | Windows, macOS, Linux | 細胞核偵測；提供 Fiji、QuPath、napari、Icy 外掛程式 | 0.9.2（2025 年 12 月） |
以下廠商均未公開價格；全部採報價銷售，通常搭配模組、訂閱或機構授權，大多數提供試用。Imaris 11.1 新增原生 ZEISS CZI 讀取器；arivis Pro 可讀取 30 種以上格式，包括 CZI、ND2、LIF 與 VSI；Aivia 可讀取 45 種以上格式，包括原生 LIF；HALO 可讀取主要的全玻片格式，包括 SVS、NDPI、MRXS、CZI 與 iSyntax。
| 工具 | 廠商 | 平台 | 最適合 | 最新版本 |
|---|---|---|---|---|
| Imaris | Oxford Instruments Andor | Windows 10/11, macOS | 互動式 3D/4D 算繪、表面、追蹤；免費的 Imaris Viewer | 11.1（2026 年 9 月） |
| ZEISS arivis Pro | ZEISS（前身為 arivis Vision4D） | 僅限 Windows | 超大型 3D/4D 資料集、AI 分割、神經元追蹤 | 4.6（2026 年 9 月） |
| Leica Aivia | Leica Microsystems | Windows 10/11 Pro；網頁版 | 以範例進行免寫程式碼的 AI 分割、多孔盤分析 | Aivia 16（2026 年 6 月） |
| HALO | Indica Labs | 請洽廠商 | 定量全玻片組織分析、多重標記表型分析 | 4.3 |
| Visiopharm | Visiopharm | 請洽廠商 | AI 病理、研究用與 CE-IVD 診斷應用程式 | 2026.08.4（2026 年 8 月） |
| NIS-Elements | Nikon | AR 7: Windows 11 Pro | 在 Nikon 系統上進行擷取與分析；免費的 Windows 與 macOS 版 Viewer | AR 7.00.00（2026 年 9 月） |
| ZEISS ZEN | ZEISS | Windows | 在 ZEISS 系統上進行擷取與分析；免費的 ZEN lite | ZEN 3.14 |
| cellSens | Evident (Olympus) | Windows 10/11 Pro | 擷取、TruAI 深度學習分割、反摺積 | 4.5 |
| Huygens | Scientific Volume Imaging | 請見廠商網站 | 2D 至 4D 的反摺積與影像復原 | 26.04 |
從工作需求出發，而不是從功能清單出發。大部分的影像處理時間都花在四項工作上：查看並確認擷取結果、量測與記錄、定量物件，以及建立客製化處理流程。前兩項需要快速的檢視器；最後一項則需要可程式化的平台。
全玻片病理：首選 QuPath；實驗室需要經驗證的大規模組織定量時，選擇 HALO 或 Visiopharm。共軛焦與 3D：預算允許時選 Imaris 或 arivis Pro，否則選 Fiji、napari 或 Icy，反摺積則用 Huygens。高內涵篩選：CellProfiler。深度學習分割：在 napari、Fiji 或 QuPath 中使用 Cellpose 或 StarDist，或以 ilastik 進行互動式訓練。資料管理與分享是另一項獨立的工作：OMERO（免費）可為上述所有工具儲存並提供影像。
做決定前先確認您的檔案格式。支援 Bio-Formats 並不保證每種變體都能開啟；QuPath 自己的說明文件也警告，列出的格式不一定都能正確開啟。我們的格式基準測試開啟了 14 種格式的 792 個真實檔案，並公開每一個失敗案例。
SlideScope 是一款適用於 Windows 與 Mac 的桌面檢視器，可直接開啟 CZI、ND2、LIF、SVS、NDPI、MRXS、DICOM 與 OME-TIFF，自 1.10.0 版起還支援 VSI、OIB 與 OIR、LSM、ZVI、Leica LOF 與 XLEF、DeltaVision、MetaMorph STK 與 ND 以及本機 OME-Zarr，自 1.20.0 版起支援 ICS/IDS、Gatan DM3/DM4 與 Olympus SIS，並保留每個檔案記錄的擷取中繼資料。它能以校正後的微米為單位量測、保存標註，並執行本機定量分析：在您自己的電腦上分割細胞核、細胞或顆粒，並將計數、形態與強度匯出為 CSV、GeoJSON 與遮罩 TIFF，還能對整個資料夾批次執行。它沒有腳本、巨集或自訂處理流程，因此若要進行客製化分析，請保留 Fiji、CellProfiler、QuPath 或 napari，並將 SlideScope 用在它們之前的步驟。比較頁面：Fiji 與 ImageJ、QuPath 與 napari、CellProfiler。
就一般用途的分析而言，Fiji（ImageJ）是標準的免費選擇：它可在 Windows、macOS 與 Linux 上執行，透過 Bio-Formats 開啟大多數顯微鏡格式，並有數千個外掛程式。全玻片病理影像通常選擇免費的 QuPath；跨大量影像的批次處理流程選擇 CellProfiler；不寫程式碼的機器學習分割選擇 ilastik；Python 與深度學習工作流程則選擇 napari 搭配 Cellpose 或 StarDist。
QuPath。它是圍繞全玻片影像打造的：會串流讀取影像金字塔，而它的標註、細胞偵測與腳本功能都是為十億像素級切片設計的。Fiji 是更通用的工具箱，但並非為非常大的全玻片影像而設計。
廠商工具（CZI 用 ZEISS ZEN 或免費的 ZEN lite，ND2 用 Nikon NIS-Elements 或免費的 NIS-Elements Viewer，LIF 用 Leica LAS X）、透過 Bio-Formats 的 Fiji 與 QuPath，以及 arivis Pro、Imaris（自 11.1 起原生支援 CZI）、Aivia 與 HALO 等商業套件。SlideScope 可在 Windows 與 Mac 上直接開啟這三種格式。ilastik 無法直接讀取它們；請先轉換為 TIFF 或 HDF5。
Imaris（Oxford Instruments）與 ZEISS arivis Pro 是互動式 3D 與 4D 算繪、表面與追蹤的主要商業選擇；arivis Pro 僅能在 Windows 上執行，Imaris 則支援 Windows 與 macOS。免費選項有搭配 3D 外掛程式的 Fiji、napari 與 Icy。若要在分析前進行反摺積，SVI Huygens 是專門的商業工具。
可以。ilastik 可互動式訓練像素與物件分類器；Cellpose 有圖形介面（隨 Python 安裝）；StarDist 則以外掛程式的形式在 Fiji、QuPath 與 napari 中執行。商業選項包括 Leica Aivia（以範例分割）、Evident cellSens TruAI 與 arivis Pro。SlideScope 可使用內建或已儲存的流程，在您自己的電腦上分割細胞核、細胞或顆粒，不需要訓練。
部分是。SlideScope 是一款桌面檢視器，也能以校正單位量測、保存標註，並在您自己的電腦上分割與計數細胞核、細胞或顆粒，支援對整個資料夾批次執行，以及匯出 CSV、GeoJSON 與遮罩。它沒有腳本、巨集或自訂處理流程；這些需求仍以 Fiji、CellProfiler、QuPath 或 napari 為合適的工具。
平台、授權與版本資訊皆來自各專案或廠商自己的網站與版本發布頁面，查證日期為 2026 年 10 月 8 日，並已在上方表格中附上連結。若廠商未公開說明某項資訊（例如 HALO 或 Visiopharm 支援的作業系統），表格會如實註明，而不會臆測。更正請寄至：support@slidescope.science。
用您自己的 CZI、ND2、LIF 或全玻片檔案試用 SlideScope。內建範例庫可免費使用所有工具；開啟您自己的影像需要訂閱（PayPal 或信用卡）。