La mejor herramienta para cada tarea
Software gratuito y de código abierto para análisis de microscopía
Todos ellos son gratuitos. Fiji y QuPath leen formatos propietarios como CZI, ND2, LIF y SVS mediante la biblioteca Bio-Formats (QuPath también usa OpenSlide); ilastik espera TIFF, HDF5 u OME-Zarr, así que conviene convertir antes.
Software comercial de análisis de microscopía
Ninguno de los fabricantes siguientes publica precios; todos venden bajo presupuesto, normalmente con módulos, suscripciones o licencias institucionales, y la mayoría ofrece una prueba. Imaris 11.1 añadió un lector nativo de ZEISS CZI; arivis Pro lee más de 30 formatos, entre ellos CZI, ND2, LIF y VSI; Aivia lee más de 45 formatos, incluido LIF de forma nativa; HALO lee los principales formatos de portaobjetos completos, como SVS, NDPI, MRXS, CZI e iSyntax.
Qué cambió en 2023-2026
- MetaMorph se ha descontinuado. Molecular Devices dejó de ofrecer la suite MetaMorph, incluidos MetaFluor y MetaVue, después del 7 de julio de 2023, y no indica ningún sustituto (Molecular Devices).
- CellProfiler no ha publicado ninguna versión estable desde la 4.2.8, en septiembre de 2024. Existe una etiqueta de desarrollo 5.0, pero ninguna versión publicada.
- Aperio ImageScope ya no se desarrolla activamente, según Leica; sigue siendo un visor gratuito para Windows (consulta ImageScope en un Mac).
- arivis Vision4D es ahora ZEISS arivis Pro, y sigue funcionando solo en Windows.
- Imaris 11.1 lee ZEISS CZI de forma nativa (septiembre de 2026).
- NIS-Elements AR 7 requiere Windows 11 Pro y no es compatible con Windows 10.
- La versión principal de Fiji ha pasado a Java 21 y admite compilaciones para arm64.
- Los modelos de Cellpose están entrenados con datos CC-BY-NC, lo que importa si los usas comercialmente, aunque el código tenga licencia BSD.
- Leica Aivia sigue en desarrollo: Aivia 16 se publicó en junio de 2026.
Cómo elegir
Parte de la tarea, no de la lista de funciones. La mayor parte del tiempo de imagen se reparte entre cuatro tareas: ver y verificar una adquisición, medir y registrar, cuantificar objetos y construir un flujo a medida. Las dos primeras necesitan un visor rápido; la última, una plataforma programable.
Patología de portaobjetos completos: primero QuPath; HALO o Visiopharm cuando un laboratorio necesita cuantificación de tejido validada y a escala. Confocal y 3D: Imaris o arivis Pro si el presupuesto lo permite, y si no Fiji, napari o Icy, con Huygens para la deconvolución. Cribados de alto contenido: CellProfiler. Segmentación con aprendizaje profundo: Cellpose o StarDist, dentro de napari, Fiji o QuPath, o ilastik para el entrenamiento interactivo. La gestión y el intercambio de datos es una tarea aparte: OMERO (gratuito) almacena y sirve imágenes para todo lo anterior.
Comprueba tu formato de archivo antes de decidirte. Que Bio-Formats admita un formato no garantiza que se abran todas sus variantes; la propia documentación de QuPath advierte de que los formatos de la lista no siempre se abrirán correctamente. Nuestro benchmark de formatos abrió 792 archivos reales en 14 formatos y publica todos los fallos.
Dónde encaja SlideScope
SlideScope es un visor de escritorio para Windows y Mac que abre directamente CZI, ND2, LIF, SVS, NDPI, MRXS, DICOM y OME-TIFF; desde la versión 1.10.0, también VSI, OIB y OIR, LSM, ZVI, Leica LOF y XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK y ND y OME-Zarr local, y desde la versión 1.20.0, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 y Olympus SIS, con los metadatos de adquisición que registra cada archivo. Mide en micrómetros calibrados, conserva las anotaciones y ejecuta cuantificación local: segmenta núcleos, células o partículas en tu propio ordenador y exporta recuentos, morfología e intensidad en CSV, GeoJSON y TIFF de máscara, con ejecuciones por lotes sobre una carpeta. No tiene scripts, macros ni flujos personalizados, así que para análisis a medida conserva Fiji, CellProfiler, QuPath o napari y usa SlideScope antes que ellos. Comparativas: Fiji e ImageJ, QuPath y napari, CellProfiler.
Preguntas sobre el software de análisis de imágenes de microscopía
¿Cuál es el mejor software gratuito para el análisis de imágenes de microscopía?
Para análisis de uso general, Fiji (ImageJ) es la opción gratuita estándar: funciona en Windows, macOS y Linux, abre la mayoría de los formatos de microscopio mediante Bio-Formats y tiene miles de plugins. Para imágenes de patología de portaobjetos completos, QuPath es la opción gratuita habitual; para flujos por lotes sobre muchas imágenes, CellProfiler; para segmentación con aprendizaje automático sin código, ilastik; para flujos de trabajo con Python y aprendizaje profundo, napari con Cellpose o StarDist.
¿Es mejor Fiji o QuPath para imágenes de portaobjetos completos?
QuPath. Está construido en torno a las imágenes de portaobjetos completos: carga la pirámide de la imagen por partes, y sus anotaciones, su detección de células y sus scripts están diseñados para portaobjetos de gigapíxeles. Fiji es la caja de herramientas más general, pero no está diseñado para imágenes de portaobjetos completos muy grandes.
¿Qué software abre archivos CZI, ND2 y LIF?
Las herramientas de los fabricantes (ZEISS ZEN o el ZEN lite gratuito para CZI, Nikon NIS-Elements o el NIS-Elements Viewer gratuito para ND2, Leica LAS X para LIF), Fiji y QuPath mediante Bio-Formats, y suites comerciales como arivis Pro, Imaris (CZI nativo desde la 11.1), Aivia y HALO. SlideScope abre los tres directamente en Windows y Mac. ilastik no los lee directamente; convierte antes a TIFF o HDF5.
¿Cuál es el mejor software para el análisis de imágenes confocales y 3D?
Imaris (Oxford Instruments) y ZEISS arivis Pro son las principales opciones comerciales para el renderizado interactivo en 3D y 4D, las superficies y el seguimiento; arivis Pro solo funciona en Windows, e Imaris en Windows y macOS. Las opciones gratuitas son Fiji con plugins 3D, napari e Icy. Para la deconvolución previa al análisis, SVI Huygens es la herramienta comercial especializada.
¿Puedo hacer segmentación celular con aprendizaje profundo sin programar?
Sí. ilastik entrena clasificadores de píxeles y de objetos de forma interactiva; Cellpose tiene una interfaz gráfica (se instala con Python); StarDist funciona como plugin dentro de Fiji, QuPath y napari. Entre las opciones comerciales están Leica Aivia (segmentación a partir de ejemplos), Evident cellSens TruAI y arivis Pro. SlideScope segmenta núcleos, células o partículas en tu propio ordenador con recetas integradas o guardadas, sin entrenamiento.
¿Es SlideScope un software de análisis de imágenes?
En parte. SlideScope es un visor de escritorio que además mide en unidades calibradas, conserva las anotaciones y segmenta y cuenta núcleos, células o partículas en tu propio ordenador, con ejecuciones por lotes sobre una carpeta y exportaciones en CSV, GeoJSON y máscaras. No tiene scripts, macros ni flujos personalizados; para eso, Fiji, CellProfiler, QuPath o napari siguen siendo las herramientas adecuadas.
Fuentes
Las plataformas, licencias y versiones proceden del sitio web y de las páginas de versiones de cada proyecto o fabricante, comprobadas el 8 de octubre de 2026 y enlazadas en las tablas anteriores. Cuando un fabricante no indica algo públicamente (por ejemplo, los sistemas operativos de HALO o Visiopharm), la tabla lo dice en lugar de suponerlo. Correcciones: support@slidescope.science.
¿Necesitas abrir y medir los archivos primero?
Prueba SlideScope con tus propios archivos CZI, ND2, LIF o de portaobjetos completos. La biblioteca de muestras integrada es gratuita con todas las herramientas; para tus propias imágenes necesitas una suscripción (PayPal o tarjeta).
Descargar SlideScope