호환성 참고 자료

SlideScope의 현미경 파일 호환성

SlideScope는 CZI, ND2, SVS, TIFF, DICOM 계열과 제조사별 전체 슬라이드 형식을 위한 전용 데스크톱 리더를 갖추고 있으며, 버전 1.10.0부터는 Olympus/Evident VSI, OIB 및 OIR, Zeiss ZVI 및 LSM, Leica LOF 및 XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr, 일반 이미지 파일도, 버전 1.20.0부터는 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4, Olympus SIS도 엽니다. 이 페이지는 파일 확장자가 받아들여진다는 사실과, 특정 파일이 잘 맞는지를 결정하는 차원, 메타데이터, 압축, 워크플로 세부 사항을 구분해 설명합니다.

주장보다 측정 결과를 보고 싶으신가요? 실제 현미경 및 전체 슬라이드 파일 792개를 열어 실패를 포함한 모든 결과를 공개했습니다.

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형식별 제한 사항 명시 Windows 및 macOS 최종 검토일 2026년 10월 16일

현재 호환성 매트릭스

이 매트릭스는 현재 SlideScope 애플리케이션의 라우팅과 리더 동작에서 도출했습니다. 1차 선별용 참고 자료로 사용한 다음, 팀이 사용하는 바로 그 현미경, 스캐너, 소프트웨어 버전, 압축 설정에서 나온 대표 파일로 시험해 보세요.

형식 계열 허용되는 확장자 리더 동작 중요한 확인 사항
ZEISS CZI .czi 시간, Z, 채널, Y, X 차원을 정규화하고, 획득 메타데이터와 공간 교정 정보가 있으면 읽습니다. 픽셀 유형과 축이 같은 장면은 각자의 크기를 가진 별도의 장면으로 넘겨 볼 수 있고, XY Overview에서 함께 보여줍니다. 화면에 보이는 장면 또는 모든 장면을 OME-TIFF로 내보냅니다. 장면, 모자이크, 흔치 않은 하위 블록 배치, 매우 큰 획득 데이터를 시험해 보세요.
Nikon ND2 .nd2 시간, Z, 채널, 이미지 크기를 매핑합니다. 여러 스테이지 위치는 자체 컨트롤을 가진 별도의 위치 축이 되며, XY Overview는 이를 기록된 스테이지 좌표에 배치합니다. 위치/시간 해석, RGB 배치, 메타데이터, 정확한 NIS-Elements 세대를 확인하세요.
Aperio SVS .svs TIFF 기반 전체 슬라이드 피라미드 레벨을 읽고, 메모리 제약 안에서 다룰 수 있는 표시 레벨을 선택합니다. JPEG/JPEG 2000 코덱, 피라미드 무결성, 스캐너 메타데이터, 원하는 해상도 레벨을 확인하세요.
TIFF 및 OME-TIFF .tif, .tiff 가능한 경우 시간, Z, 채널, Y, X를 포함한 명명된 축을 사용합니다. OME-TIFF와 ImageJ 메타데이터, 공간 스케일이 있으면 인식합니다. 일반 다중 페이지 TIFF의 모든 페이지에 접근할 수 있습니다. TIFF는 유연한 컨테이너입니다. 압축, BigTIFF 크기, 피라미드, 축, 메타데이터 보존 여부를 확인하세요.
제조사 스캐너 슬라이드 .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs OpenSlide 백엔드를 통해 스캐너 자체의 이미지 피라미드를 읽고, 화면에 보이는 영역에 맞는 레벨을 불러옵니다. 스케일 바, 측정, 주석은 모든 확대 수준에서 스캐너의 마이크론 교정 정보를 사용합니다. 1.10.0부터는 JPEG XR로 압축된 NDPI 슬라이드와, OpenSlide가 읽지 못하는 Leica SCN 및 Ventana BIF 슬라이드도 열립니다. 1.20.0부터는 NDP.view에서 그린 주석(.ndpi 옆의 .ndpa 파일)이 슬라이드 위에 표시되며, 내 측정으로 복사할 수 있습니다. MRXS, VMS, VMU는 픽셀 데이터를 색인 파일 옆의 동반 폴더에 저장하므로, 로컬 저장소에서만 열리며 원격 링크로는 열 수 없습니다. OpenSlide가 읽지 못하는 BIF 슬라이드는 아직 타일 이음매가 정합되지 않습니다. 대표 슬라이드에서 피라미드 무결성과 제조사 메타데이터를 확인하세요.
Hamamatsu NDPIS(1.10.0부터) .ndpis Hamamatsu 형광 세트를 실제 채널 이름과 색상으로 열며, 스캐너의 교정 정보로 µm 단위 측정을 제공합니다. 대표 세트에서 채널 이름, 색상, 교정 정보를 스캐너 소프트웨어와 대조해 확인하세요.
Olympus/Evident VSI(1.10.0부터) .vsi 여러 스캔 영역이 있는 슬라이드를 포함해 cellSens 전체 슬라이드 및 형광 이미지를 엽니다. 각 스캔 영역은 고유한 픽셀 크기로 측정되며, Details 패널에는 대물렌즈, 실제 채널 이름과 색상, 획득 날짜 같은 기록된 메타데이터가 표시됩니다. 팀이 사용하는 cellSens 버전에서 나온 다중 영역 슬라이드와 형광 스캔을 시험해 보세요.
Olympus FluoView(1.10.0부터) .oib, .oif, .oir FluoView 공초점 파일을 실제 채널 이름과 색상, µm 단위 초점면, 실제 초 단위 시점으로 엽니다. Details 패널에는 대물렌즈, 레이저, 검출기와 게인, 핀홀 같은 기록된 설정이 표시됩니다. 대표 획득 데이터에서 채널, Z, 시간 해석을 FluoView와 대조해 확인하세요.
Zeiss ZVI 및 LSM(1.10.0부터) .zvi, .lsm AxioVision ZVI 파일과 LSM 510부터 LSM 980까지의 LSM 공초점 파일을 실제 채널 이름과 색상, µm 단위 초점면으로 엽니다. Details 패널에는 대물렌즈, 노출, 레이저, 검출기, 핀홀 같은 기록된 설정이 표시됩니다. 팀이 보관하는 각 AxioVision 또는 ZEN 세대의 파일을 시험해 보세요.
Leica LIF, LOF 및 XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf LAS X 파일을 엽니다. LOF 파일과, XLIF 및 XLCF 구성 파일을 포함한 XLEF 프로젝트는 1.10.0부터 열리며, 같은 릴리스에서 LIF 지원도 강화되었습니다. 타일 스캔과 다중 위치 획득은 위치별로 열려 하나씩 넘겨 보거나, 기록된 스테이지 좌표에 배치된 XY Overview에서 함께 볼 수 있습니다. XLEF 프로젝트가 참조하는 파일들을 함께 두고, 대표 타일 스캔에서 스테이지 배치를 확인하세요.
DeltaVision(1.10.0부터) .dv, .r3d 디컨볼루션된 D3D 이미지를 포함한 DeltaVision 파일을 채널, µm 단위 초점면, 초 단위 시점과 함께 엽니다. Details 패널에는 대물렌즈, 노출, 필터 같은 기록된 설정이 표시됩니다. 이후 단계에서 원본과 디컨볼루션 파일을 모두 쓴다면, 같은 획득에서 나온 두 파일을 비교해 보세요.
MetaMorph(1.10.0부터) .stk, .nd, MetaSeries .tif STK 스택, MetaSeries TIFF 파일, 다차원 획득 .nd 세트를 엽니다. .nd 세트는 하나의 이미지로 열리며, 파장은 채널이 되고, 시점은 시계열이 되며, 스테이지 위치는 하나씩 넘겨 보거나 XY Overview에서 함께 볼 수 있습니다. .nd 세트가 나열하는 TIFF 또는 STK 파일을 그 옆에 함께 두세요.
OME-Zarr(1.10.0부터) .zarr 폴더 모든 웰과 시야를 포함한 HCS 플레이트, OME-XML 메타데이터가 있는 bioformats2raw 출력을 포함해 OME-NGFF 0.4 및 0.5 이미지를 엽니다. 플레이트 웰은 하나씩 넘겨 보거나 XY Overview에서 함께 볼 수 있습니다. 로컬 폴더만 가능: OME-Zarr는 원격 https 링크로 열 수 없습니다.
일반 이미지(1.10.0부터) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF, WebP 이미지를 현미경 파일과 같은 뷰어에서 엽니다. µm 단위 측정에 의존하기 전에 파일에 교정 정보가 기록되어 있는지 확인하세요.
Philips iSyntax(1.20.0부터) .isyntax Philips iSyntax 전체 슬라이드 스캔을 피라미드, 픽셀 크기, 라벨, 매크로 이미지와 함께 엽니다. SlideScope는 디코딩된 픽셀을 그대로 보여주며, Philips 자체의 선명화, 대비 향상, 색 프로파일은 적용하지 않고, Details 패널에 그 사실을 표시합니다. 정확한 외관이 중요하다면 대표 슬라이드를 Philips 뷰어와 비교해 보세요. 손상되었거나 잘린 파일은 일부만 여는 대신 거부합니다.
KFBio KFB(1.20.0부터) .kfb KFBio 명시야 전체 슬라이드 스캔을 피라미드와 픽셀 크기와 함께 엽니다. 손상된 타일은 한 단계 낮은 해상도 레벨에서 가져와 그리며, SlideScope가 그 사실을 알려줍니다. KFBF 형광 슬라이드는 열리지 않습니다. 스캐너가 촬영하지 않은 영역은 흰색으로 표시됩니다.
ICS/IDS(1.20.0부터) .ics, .ids SVI Huygens 및 DIPlib 출력 같은 Image Cytometry Standard 이미지를 엽니다. 버전 1의 .ics/.ids 쌍과 버전 2의 단일 파일을, gzip 압축 데이터를 포함해 스케일 및 축과 함께 엽니다. 픽셀은 Huygens 파일의 방향 처리를 포함해 Bio-Formats와 일치합니다. .ids 파일을 .ics 헤더 옆에 함께 두세요. 캘린더 .ics 파일은 인식되며 이미지로 열리지 않습니다.
Gatan DM3 및 DM4(1.20.0부터) .dm3, .dm4 Gatan Digital Micrograph 이미지를 교정 정보와 현미경 메타데이터와 함께 엽니다. EELS 및 EDS 스펙트럼 이미지는 Energy 슬라이더로 에너지를 넘겨 볼 수 있고, 회절 패턴과 FFT에는 측정 대신 nm⁻¹ 단위의 역공간 스케일 바가 표시됩니다. 1D 스펙트럼과 4D-STEM 데이터 세트는 열리지 않습니다.
Olympus SIS(1.20.0부터) .sis, SIS 태그가 있는 .tif Olympus analySIS 이미지를 픽셀 크기 및 기록된 메타데이터와 함께 엽니다. .sis는 Symbian 설치 파일의 확장자이기도 하므로, 실제로 TIFF 이미지인 파일만 열립니다.
표준 DICOM .dcm, .dicom 표준 단일 및 다중 프레임 데이터 세트를 처리하며, 시간, Z, 채널, 프레임, 일부 메타데이터를 매핑합니다. 타일형 전체 슬라이드 DICOM은 네이티브 타일 접근을 지원하는 별도의 피라미드 경로로 읽습니다. 전송 구문/코덱, SOP 클래스, 비식별화 정책, 연구 용도 요건을 확인하세요.

형식별 세부 사항과 공식 참고 자료

CZI: ZEISS 인증을 암시하지 않는 다차원 검토

CZI에는 여러 장면, 채널, Z 평면, 시점, 획득 메타데이터, 타일형 하위 블록이 담길 수 있습니다. SlideScope는 검토에 흔히 쓰이는 차원과 메타데이터를 읽으며, 파일의 장면을 하나씩 넘겨 보거나 XY Overview에서 함께 보여줍니다. 픽셀 유형이나 축이 첫 번째 장면과 다른 장면은 넘겨 볼 수 없으며, 이 경우 첫 번째 장면이 그 이유를 설명하는 안내와 함께 표시됩니다. 내보내기는 무손실 압축, 픽셀 크기, 채널 이름을 담은 OME-TIFF를 만듭니다. XY Overview에서 내보내면 모든 장면이 하나의 파일에 각각 별도의 이미지로 들어가며, 큰 타일 스캔은 개요 해상도로 내보내집니다. 내보낸 각 장면은 획득 당시의 픽셀 크기를 유지합니다(SlideScope 1.8.57에서 수정됨, 이전 버전에서는 크기가 다른 비타일 장면의 교정이 잘못될 수 있었습니다). CZI 계열은 범위가 넓어 실제 파일로 시험하는 것이 중요합니다. 다중 장면 CZI 가이드에서 장면과 내보내기를 단계별로 보여줍니다. ZEISS는 공식 CZI 이미지 파일 형식 페이지에서 이 형식과 애플리케이션 생태계를 설명합니다. 이 참고 자료는 원본 형식을 정의할 뿐이며, SlideScope에 대한 보증이나 인증을 뜻하지 않습니다.

ND2: 시간, Z, 채널, 위치

SlideScope는 ND2의 주요 축을 뷰어의 차원 구조에 매핑합니다. 버전 1.8.41부터 다중 위치 획득은 위치를 시간 축에 합치지 않고 독립된 축으로 유지하며, XY Overview는 각 위치를 기록된 스테이지 좌표에 배치합니다. 스테이지 방향은 제한된 수의 장비에서만 검증되었으므로, 팀이 이를 표준으로 삼기 전에 대표적인 다중 위치 실험을 확인하세요. Nikon의 공식 NIS-Elements 소프트웨어 자료는 Nikon 생태계 안의 무료 독립 실행형 뷰어, 다차원 데이터 세트 보기, TIFF 내보내기를 설명합니다.

SVS: 전체 슬라이드 피라미드와 압축

SVS 파일은 피라미드 레벨과 Aperio 메타데이터를 갖춘 TIFF 기반 전체 슬라이드 이미지입니다. SlideScope는 표시 디테일과 사용 가능한 메모리 사이에서 균형을 맞춘 레벨을 선택합니다. 오픈 소스 OpenSlide 프로젝트는 타일형 이미지, 피라미드 레벨, 연관 이미지, 메타데이터 속성을 포함한 Aperio 형식 구조를 문서화하고 있습니다.

TIFF 및 OME-TIFF: 하나의 정해진 구조가 아닌 컨테이너

.tif로 끝나는 파일은 단순한 2D 이미지, RGB 이미지, ImageJ 스택, OME-TIFF 데이터 세트, BigTIFF, 또는 압축 방식이 다른 피라미드형 이미지일 수 있습니다. SlideScope의 리더는 OME 및 ImageJ 메타데이터가 있으면 인식하지만, 모든 변형을 똑같이 취급해서는 안 됩니다. OME-TIFF 사양은 TIFF 평면과 OME-XML 메타데이터가 차원과 피라미드를 어떻게 인코딩하는지 설명합니다.

DICOM: 표준 프레임과 타일형 전체 슬라이드 피라미드

현재 공개된 Windows 및 macOS 설치 프로그램은 형광 Z 스택과 타임랩스 촬영을 포함해, 연구 검토용 일반 단일 및 다중 프레임 DICOM을 지원합니다. VL Whole Slide Microscopy Image Storage SOP 클래스를 가진 파일은 DICOM 피라미드와 타일 구조를 직접 사용하는 별도의 전체 슬라이드 경로로 읽으므로, 타일형 WSI DICOM이 변환 없이 열립니다. 압축된 전송 구문은 내장된 GDCM, openjpeg, imagecodecs 플러그인으로 디코딩합니다. SlideScope는 PACS가 아니며, 검증된 진단용 워크스테이션으로 소개되지도 않습니다. DICOM 표준 위원회의 Supplement 145는 전체 슬라이드 현미경 이미지 객체를 정의하며, WSI가 왜 별도의 호환성 범주인지 이해하는 데 도움이 됩니다.

1.10.0에서 추가된 장비 형식: Details 패널에 표시되는 정보

SlideScope 1.10.0에서 추가된 각 형식은 Windows와 macOS에서 열리며, 메타데이터가 Details 패널에 표시됩니다. 파일에 기록된 내용에 따라 대물렌즈(이름, 배율, 개구수, 침지 매질), 레이저와 광원, 검출기와 게인, 노출, 필터, 핀홀, 실제 채널 이름과 채널 색상, 획득 날짜, 실제 초 단위 시점, µm 단위 초점면, 플레이트 웰과 시야, 저장된 표시 창 설정이 포함됩니다. 타일 스캔과 다중 위치 스테이지 위치는 위치별로 열리며, XY Overview는 이를 기록된 스테이지 좌표에 배치합니다. 단계별 가이드: VSI, OIB 및 OIR, ZVI, LSM, LOF 및 XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK 및 ND, OME-Zarr, NDPIS.

1.20.0에서 추가된 형식

SlideScope 1.20.0은 Philips iSyntax 및 KFBio KFB 전체 슬라이드 스캔, ICS/IDS 이미지, Gatan DM3 및 DM4 전자현미경 이미지, Olympus SIS 이미지를 각각의 스케일과 기록된 메타데이터와 함께 추가로 지원합니다. 각 형식에서 무엇이 열리고 무엇이 열리지 않는지는 위의 매트릭스에 정리되어 있습니다. 단계별 가이드: iSyntax, KFB, ICS 및 IDS, DM3 및 DM4, SIS.

지원되는 확장자인데도 열리지 않는 이유

불완전하거나 이름이 바뀐 파일

일부만 다운로드되었거나, 복사가 중단되었거나, 지원되는 확장자로 이름만 바꾼 파일에는 유효한 형식 헤더나 완전한 픽셀 데이터가 없을 수 있습니다.

코덱 또는 압축 방식의 변형

전체 슬라이드 TIFF, SVS, DICOM 파일은 JPEG, JPEG 2000 또는 기타 코덱에 의존할 수 있습니다. 흔치 않은 전송 구문이나 패키지에 포함되지 않은 코덱 때문에 디코딩이 안 될 수 있습니다.

흔치 않은 차원 구성

제조사 파일은 장면, 위치, 조명, 뷰, 타일, 축을 서로 다르게 인코딩할 수 있습니다. 리더가 파일을 열더라도 특수한 구성을 예상과 다르게 매핑할 수 있습니다.

메모리와 피라미드 한계

매우 큰 이미지는 유효한 저해상도 레벨이 있거나, 선택한 평면을 위한 충분한 메모리가 필요합니다. 작은 샘플만이 아니라 평소 다루는 가장 큰 파일로 시험하세요.

도입 전 실용적인 테스트

  1. 팀이 실제로 사용하는 모든 현미경 또는 스캐너 모델에서 파일을 고르세요.
  2. 작은 파일, 일반적인 파일, 평소 다루는 가장 큰 파일, 오래된 보관 파일 하나를 포함하세요.
  3. 채널 색상, 시점, Z 평면, 위치, 피라미드 디테일, 공간 교정을 확인하세요.
  4. 주요 메타데이터를 획득 소프트웨어나 신뢰할 수 있는 다른 리더와 비교하세요.
  5. TIFF 내보내기를 시험하고, 이후 워크플로가 어떤 차원과 메타데이터를 기대하는지 확인하세요.
  6. 애플리케이션 버전, 운영체제, 하드웨어, 원본 소프트웨어, 결과를 기록하세요.

이렇게 하면 실험실이 나중에 검토할 수 있는 근거가 남으며, 같은 확장자의 파일이 모두 똑같다고 가정하는 것보다 훨씬 믿을 만합니다.

지원되는 형식과 지원되지 않는 형식

NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF, AVS 스캐너 슬라이드는 OpenSlide 백엔드를 통해 지원되고, Leica LIF는 자체 리더가 있으며, VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr, 일반 이미지 파일은 버전 1.10.0부터, Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4, Olympus SIS는 버전 1.20.0부터 지원됩니다. 모두 위의 호환성 매트릭스에 나와 있습니다. 지원되는 파일을 담은 .zip도 열립니다. SlideScope가 안에 든 내용을 보여주고, 압축 파일 옆에 풀어서 엽니다. SlideScope는 SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD, MRC 파일, KFBio KFBF 형광 슬라이드, Gatan 1D 스펙트럼 또는 4D-STEM 데이터 세트, 원격 https 링크의 OME-Zarr, NIfTI, 일반 동영상 형식은 열지 않습니다. 이런 파일의 이름을 지원되는 확장자로 바꾸지 마세요. 이 중 워크플로에 중요한 형식이 있다면, 구매하기 전에 형식 이름과 획득 소프트웨어를 알려 지원팀에 문의하세요.

지원되는 파일인데도 열리지 않는다면, 앱 내 지원 절차에서 민감하지 않은 슬라이드 정보를 함께 보낼 수 있습니다. 소속 기관이 공유를 승인하지 않았다면 환자를 식별할 수 있는 데이터나 독점 파일을 보내지 마세요.

호환성에 관한 질문

SlideScope는 어떤 현미경 파일 확장자를 여나요?

현재 SlideScope 릴리스는 .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif와 전체 슬라이드 스캐너 형식 .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs를 전용 리더로 연결합니다. 버전 1.10.0부터는 .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd, .ndpis 파일, 로컬 저장소의 OME-Zarr 폴더, 일반 .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp 이미지도 엽니다. 버전 1.20.0부터는 Philips .isyntax와 KFBio .kfb 슬라이드, .ics 및 .ids 이미지, Gatan .dm3 및 .dm4 파일, Olympus .sis 이미지도 열며, NDP.view .ndpa 주석 파일은 해당 NDPI 슬라이드와 함께 열리고, 슬라이드를 담은 .zip은 SlideScope가 압축 파일 옆에 풀고 나면 열립니다. 그래도 호환성은 제조사별 하위 형식, 압축, 파일 무결성, 내장 메타데이터에 따라 달라질 수 있습니다.

SlideScope는 OME-TIFF 파일을 여나요?

TIFF 리더는 OME-TIFF 메타데이터를 인식하고, 명명된 시간, Z, 채널, Y, X 축이 있으면 매핑합니다. 대표적인 압축, BigTIFF, 피라미드 변형을 시험해 보세요.

확장자가 지원되면 모든 파일이 열린다고 보장되나요?

아닙니다. 손상, 불완전한 전송, 흔치 않은 코덱, 제조사별 변형, 흔치 않은 차원 구성이 여전히 호환성에 영향을 줄 수 있습니다.

SlideScope는 진단용 DICOM 뷰어인가요?

진단 용도를 주장하지 않습니다. SlideScope는 연구, 교육, 검토 워크플로를 위한 것이며, 임상에서 사용하려면 기관 자체의 검증과 규제 평가가 필요합니다.

팀이 실제로 사용하는 파일로 시험하기

알맞은 Windows 또는 Mac 빌드를 설치한 다음, 대표적인 CZI, ND2, SVS, TIFF, DICOM 데이터 세트를 확인하세요.

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