16-bit TIFF's converteren zonder het beeld te verliezen
PNG en JPEG zoals op het web gebruikt bevatten 8 bits per kanaal, dus een 16-bit microscoopbeeld moet op 256 niveaus worden afgebeeld. Een converter die het volledige bereik van 0–65.535 afbeeldt, maakt een typisch camerabeeld, dat een paar duizend niveaus gebruikt, bijna zwart. Hier begint het bereik van elk kanaal bij het 0,1e–99,9e percentiel (Automatisch contrast); typ een minimum en maximum om dezelfde omzetting op meerdere beelden toe te passen, zodat ze vergelijkbaar blijven, of kies Volledig bereik. Bewaar de originele TIFF voor metingen: een 8-bit export verandert de intensiteiten, en PNG en JPEG nemen de pixelgrootte niet mee.
Wat je kunt exporteren
- Eén vlak of allemaal: pagina's, Z-vlakken en tijdpunten, elk opgeslagen als een eigen bestand.
- Composiet of losse kanalen: een gekleurde overlay van de kanalen die je aan laat staan, of elk kanaal als een eigen grijswaardenbeeld.
- Whole-slide-beelden: kies een piramideniveau tot 16.384 pixels per zijde (browsers kunnen geen grotere beelden aan). Voor een export op volledige resolutie converteer je in plaats daarvan op de desktop naar OME-TIFF (zo werkt het).
- PNG is verliesvrij; JPEG is kleiner, met de kwaliteit die je instelt.
Dezelfde conversie in Fiji of op de opdrachtregel
Fiji: Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, daarna Image › Type › 8-bit (of RGB Color voor composieten) en File › Save As › PNG. ImageMagick: magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (zet [0] achter de invoernaam voor alleen de eerste pagina). Python: lees in met tifffile.imread, schaal met numpy om naar 0–255 en schrijf weg met imageio.
Wat het niet opent
- JPEG 2000-SVS (Aperio-compressie 33003/33005), JPEG XR en JPEG XL kunnen in een browser niet worden gedecodeerd zonder WebAssembly, en dat laadt deze pagina niet.
- Niet op TIFF gebaseerd: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR en DICOM hebben een desktoplezer nodig. NDPI lijkt op TIFF, maar slaat elk niveau op als één enorme JPEG, te groot voor een browsertabblad.
- OME-TIFF met meerdere series toont de eerste serie.
- Geen metingen, annotaties of analyse: het is een viewer.
Voor die formaten, en om te meten, te annoteren en cellen te tellen op je eigen beelden, opent SlideScope 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden. Gratis alternatieven: Fiji (Bio-Formats) en QuPath.
Hoe het een bestand opent zonder het te uploaden
Als je een bestand kiest, geeft de browser deze pagina een verwijzing naar het bestand op je schijf. De pagina leest alleen de bytes die nodig zijn: eerst de TIFF-directory, dan de tegels voor het deel van het beeld dat op het scherm staat, en decodeert ze op de pagina met een opensource-TIFF-lezer (geotiff). Er wordt niets naar een server gestuurd, dus ongepubliceerde data en coupes met patiëntlabels blijven op je computer, en coupes van meerdere gigabytes openen in enkele seconden omdat ze nergens naartoe worden gekopieerd. Sluit je het tabblad, dan is het bestand van de pagina verdwenen.
De pagina laadt haar eigen scripts van slidescope.science en de privacyvriendelijke paginaweergaventeller van de site; geen van beide ziet ooit je beeld. Opensourcelicenties: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Vragen
Hoe converteer ik een TIFF naar JPG zonder hem te uploaden?
Open hem op deze pagina, kies JPEG en klik op Converteren: de browser converteert het bestand op je computer en slaat het resultaat op, zonder iets naar een server te sturen.
Waarom wordt mijn 16-bit TIFF zwart na het converteren?
De converter heeft het volledige 16-bit bereik op 8 bits afgebeeld, waardoor de eigenlijke data alleen de donkerste niveaus beslaat. Gebruik hier Automatisch contrast, of stel in Fiji het weergavebereik in voordat je converteert.
Kan ik elke pagina van een TIFF met meerdere pagina's converteren?
Ja: vink Alle pagina's converteren aan; elke pagina wordt als een eigen PNG of JPEG opgeslagen.
Kan ik een SVS-coupe naar JPG converteren?
Ja, op elk piramideniveau tot 16.384 pixels per zijde; de volledige resolutie van een hele coupe is te groot voor één JPEG in een browser.
Is deze converter gratis?
Ja, het is gratis en je hebt geen account nodig. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden.
Meer nodig dan een browser kan?
SlideScope opent 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac, waaronder CZI, ND2, LIF, MRXS en JPEG 2000-SVS, met meten, annotaties, cellen tellen en OME-TIFF-export op volledige resolutie. Probeer elke tool gratis op de ingebouwde voorbeelden; voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Al besloten? Nu abonneren.