TIFF-metadataviewer

Waar een TIFF zijn pixelgrootte bewaart

De viewer meldt welke hiervan hij heeft gevonden. Is er geen aanwezig, stel dan zelf de schaal in (de pixelgroottecalculator legt uit hoe) voordat je meet.

Velden die een patiënt of een lab kunnen identificeren

Whole-slide-bestanden bevatten vaak meer dan pixels: een foto van het label op het glaasje (barcode, casusnummer, soms een naam), een macrobeeld van de hele coupe, scandatum en -tijd, het serienummer van de scanner, de gebruikersnaam en de oorspronkelijke bestandsnaam. De tool vermeldt de velden die hij in de hoofdtags vindt. Verwijder ze voordat je een coupe buiten je instelling deelt: lees hoe je labels en patiëntgegevens uit coupebeelden verwijdert.

Dezelfde informatie via de opdrachtregel

tiffinfo file.tif (libtiff) toont elke directory; exiftool -a -G1 file.tif voegt fabrikanttags toe; in Python geeft tifffile.TiffFile(path) toegang tot .pages[i].tags, .ome_metadata en .imagej_metadata. Voor SVS levert openslide.OpenSlide(path).properties de geparste velden (zie SVS-bestanden lezen in Python).

Hoe het een bestand opent zonder het te uploaden

Als je een bestand kiest, geeft de browser deze pagina een verwijzing naar het bestand op je schijf. De pagina leest alleen de bytes die nodig zijn: eerst de TIFF-directory, dan de tegels voor het deel van het beeld dat op het scherm staat, en decodeert ze op de pagina met een opensource-TIFF-lezer (geotiff). Er wordt niets naar een server gestuurd, dus ongepubliceerde data en coupes met patiëntlabels blijven op je computer, en coupes van meerdere gigabytes openen in enkele seconden omdat ze nergens naartoe worden gekopieerd. Sluit je het tabblad, dan is het bestand van de pagina verdwenen.

De pagina laadt haar eigen scripts van slidescope.science en de privacyvriendelijke paginaweergaventeller van de site; geen van beide ziet ooit je beeld. Opensourcelicenties: image-tools-vendor.LICENSE.txt.

Vragen