Hoe een OME-TIFF kanalen, Z en tijd opslaat
Een OME-TIFF slaat elk 2D-vlak op als één TIFF-beeld en beschrijft ze in OME-XML in de beschrijving van het eerste beeld: SizeC, SizeZ, SizeT en een DimensionOrder zoals XYZCT geven aan welk vlak welk is, Channel-elementen bevatten namen en kleuren, en PhysicalSizeX de pixelgrootte. Sinds OME-TIFF 6 bewaren grote beelden hun lagere resoluties in SubIFD's. De viewer leest dit allemaal, zodat een time-lapse met 3 kanalen opent als drie gekleurde kanalen met een tijdschuifregelaar in plaats van als een stapel pagina's.
Wat het opent
Wat het niet opent
- JPEG 2000-SVS (Aperio-compressie 33003/33005), JPEG XR en JPEG XL kunnen in een browser niet worden gedecodeerd zonder WebAssembly, en dat laadt deze pagina niet.
- Niet op TIFF gebaseerd: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR en DICOM hebben een desktoplezer nodig. NDPI lijkt op TIFF, maar slaat elk niveau op als één enorme JPEG, te groot voor een browsertabblad.
- OME-TIFF met meerdere series toont de eerste serie.
- Geen metingen, annotaties of analyse: het is een viewer.
Voor die formaten, en om te meten, te annoteren en cellen te tellen op je eigen beelden, opent SlideScope 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden. Gratis alternatieven: Fiji (Bio-Formats) en QuPath.
Hoe het een bestand opent zonder het te uploaden
Als je een bestand kiest, geeft de browser deze pagina een verwijzing naar het bestand op je schijf. De pagina leest alleen de bytes die nodig zijn: eerst de TIFF-directory, dan de tegels voor het deel van het beeld dat op het scherm staat, en decodeert ze op de pagina met een opensource-TIFF-lezer (geotiff). Er wordt niets naar een server gestuurd, dus ongepubliceerde data en coupes met patiëntlabels blijven op je computer, en coupes van meerdere gigabytes openen in enkele seconden omdat ze nergens naartoe worden gekopieerd. Sluit je het tabblad, dan is het bestand van de pagina verdwenen.
De pagina laadt haar eigen scripts van slidescope.science en de privacyvriendelijke paginaweergaventeller van de site; geen van beide ziet ooit je beeld. Opensourcelicenties: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Vragen
Hoe open ik een OME-TIFF-bestand?
In de browser open je het op deze pagina. Op de desktop lezen Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari en SlideScope allemaal OME-TIFF.
Waarom worden mijn kanalen in verschillende kleuren getoond?
De viewer gebruikt de kleuren uit de OME-XML; kanalen zonder kleur krijgen rood, groen, blauw enzovoort. Je kunt elke kleur wijzigen met het kleurvak naast het kanaal.
Leest hij OME-TIFF-piramides?
Ja, lagere resoluties die in SubIFD's zijn opgeslagen (OME-TIFF 6 en later, exports uit bfconvert, QuPath en vips) worden gebruikt om te zoomen.
Wat als het bestand meerdere series heeft?
De viewer toont de eerste serie en geeft aan hoeveel er zijn. Voor de andere heb je een desktopviewer nodig.
Is deze OME-TIFF-viewer gratis?
Ja, het is gratis en je hebt geen account nodig. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden.
Meer nodig dan een browser kan?
SlideScope opent 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac, waaronder CZI, ND2, LIF, MRXS en JPEG 2000-SVS, met meten, annotaties, cellen tellen en OME-TIFF-export op volledige resolutie. Probeer elke tool gratis op de ingebouwde voorbeelden; voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Al besloten? Nu abonneren.