Wat zit er in een SVS-bestand
Een SVS-bestand is een TIFF met meerdere beelden: de scan op volledige resolutie (in tegels, meestal JPEG-gecomprimeerd), een miniatuur, twee of drie niveaus met lagere resolutie, een foto van het label van de coupe en een macrobeeld met lage vergroting van het hele glaasje. De beschrijving van het eerste beeld bevat de scangegevens, waaronder MPP (micrometer per pixel, ongeveer 0,25 bij een 40×-scan en 0,5 bij 20×) en AppMag. De viewer leest ze allemaal: de piramide stuurt het zoomen, MPP de schaalbalk, en het label en het macrobeeld open je met de knoppen naast het beeld.
JPEG 2000-SVS-bestanden
Sommige Aperio-scanners comprimeren coupes met JPEG 2000 (TIFF-compressie 33003 of 33005). Browsers kunnen JPEG 2000 niet decoderen zonder WebAssembly, dus deze pagina meldt dat in plaats van een leeg beeld te tonen. Aperio ImageScope (Windows), QuPath en SlideScope openen ze wel. Wil je een bestand eerst controleren, open het dan in de TIFF-metadataviewer en kijk bij Compression.
Het labelbeeld en patiëntgegevens
Het labelbeeld is een foto van het papieren label op het glaasje en kan een barcode, casusnummer of de naam van een patiënt tonen. Als je het hier bekijkt, blijft het op je computer; als je het bestand deelt, niet. Lees hoe je labels en patiëntgegevens verwijdert voordat je een coupe buiten je instelling verstuurt.
Wat het niet opent
- JPEG 2000-SVS (Aperio-compressie 33003/33005), JPEG XR en JPEG XL kunnen in een browser niet worden gedecodeerd zonder WebAssembly, en dat laadt deze pagina niet.
- Niet op TIFF gebaseerd: CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR en DICOM hebben een desktoplezer nodig. NDPI lijkt op TIFF, maar slaat elk niveau op als één enorme JPEG, te groot voor een browsertabblad.
- OME-TIFF met meerdere series toont de eerste serie.
- Geen metingen, annotaties of analyse: het is een viewer.
Voor die formaten, en om te meten, te annoteren en cellen te tellen op je eigen beelden, opent SlideScope 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden. Gratis alternatieven: Fiji (Bio-Formats) en QuPath.
Hoe het een bestand opent zonder het te uploaden
Als je een bestand kiest, geeft de browser deze pagina een verwijzing naar het bestand op je schijf. De pagina leest alleen de bytes die nodig zijn: eerst de TIFF-directory, dan de tegels voor het deel van het beeld dat op het scherm staat, en decodeert ze op de pagina met een opensource-TIFF-lezer (geotiff). Er wordt niets naar een server gestuurd, dus ongepubliceerde data en coupes met patiëntlabels blijven op je computer, en coupes van meerdere gigabytes openen in enkele seconden omdat ze nergens naartoe worden gekopieerd. Sluit je het tabblad, dan is het bestand van de pagina verdwenen.
De pagina laadt haar eigen scripts van slidescope.science en de privacyvriendelijke paginaweergaventeller van de site; geen van beide ziet ooit je beeld. Opensourcelicenties: image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Vragen
Hoe open ik een SVS-bestand online?
Open het op deze pagina: de browser leest de coupe van je schijf en toont die met zoom, de miniatuur, het label en het macrobeeld, en de scangegevens. Er wordt niets geüpload.
Waarom opent mijn SVS-bestand niet?
Waarschijnlijk is het gecomprimeerd met JPEG 2000 (compressie 33003 of 33005), dat browsers niet kunnen decoderen. Open het in plaats daarvan in Aperio ImageScope, QuPath of SlideScope.
Hoe groot mag een SVS-bestand zijn?
Elke grootte die de browser kan adresseren: alleen de tegels op het scherm worden gelezen, dus een coupe van 3 GB opent ongeveer even snel als een kleine.
Toont hij het label van de coupe?
Ja, als apart beeld. Houd er rekening mee dat labels patiëntgegevens kunnen bevatten.
Is deze SVS-viewer gratis?
Ja, het is gratis en je hebt geen account nodig. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden.
Meer nodig dan een browser kan?
SlideScope opent 34 formaten van microscopen en slidescanners op Windows en Mac, waaronder CZI, ND2, LIF, MRXS en JPEG 2000-SVS, met meten, annotaties, cellen tellen en OME-TIFF-export op volledige resolutie. Probeer elke tool gratis op de ingebouwde voorbeelden; voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Al besloten? Nu abonneren.