Kwantyfikacja lokalna

Zliczaj jądra, komórki i cząstki bez wysyłania choćby jednego piksela

Kwantyfikacja lokalna zamienia w liczby preparat, na który i tak patrzysz. Segmentacja i pomiar działają na twoim komputerze, więc nieopublikowane i pochodzące od pacjentów obrazy nigdy nie opuszczają maszyny, a wynik pojawia się w tym samym oknie co obraz.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Dlaczego kwantyfikować tutaj

Twoje piksele zostają na twoim komputerze

Segmentacja i pomiar działają lokalnie. Pobierane są wyłącznie wagi modelu, a SlideScope weryfikuje ich skrót SHA-256 przed załadowaniem. Nic z obrazu nie jest wysyłane — i to jest różnica, która liczy się przy danych nieopublikowanych, materiale pochodzącym od pacjentów i komisjach bioetycznych.

Dwa silniki, oba jawne

Użyj zweryfikowanych wag głębokiego uczenia InstanSeg dla jąder i komórek albo jawnego progu klasycznego z automatycznym doborem Otsu, wykrywaniem polaryzacji, wygładzaniem i granicami powierzchni. Zawsze wiesz, który silnik dał daną liczbę, a podsumowanie metod to zapisuje.

Zaprojektowane pod powtarzalność

Każdy przebieg opisuje zapisana receptura: typ obiektu, silnik, kanał, progi, granice powierzchni, kanały markerów. Wczytaj recepturę, uruchom folder ponownie i otrzymasz tę samą analizę. Wyeksportowane podsumowanie metod jest napisane tak, by wkleić je do manuskryptu.

Co otrzymujesz

  • Liczbę obiektów wraz ze skalibrowaną gęstością na milimetr kwadratowy wszędzie tam, gdzie zapisano rozmiar piksela
  • Powierzchnię, obwód i deskryptory kształtu każdego obiektu
  • Średnią intensywność w każdym kanale, nie tylko w kanale segmentacji
  • Opcjonalną klasyfikację obiektów marker-dodatnich względem jednego lub dwóch kanałów markerowych
  • Rozkłady wielkości i intensywności w całej populacji obiektów
  • Edytowalne nakładki, dzięki którym błędnie zsegmentowany obiekt można wykluczyć przed eksportem

Eksporty pasujące do realnej pracy

  • Tabela obiektów CSV do statystyki w R, Pythonie, Prism lub arkuszu
  • Kontury GeoJSON, które QuPath i ASAP importują bezpośrednio
  • Etykietowana maska TIFF z recepturą zapisaną w metadanych pliku
  • Opisany PNG do rycin i prezentacji
  • Podsumowanie JSON do dalszego użycia programistycznego
  • Gotowe podsumowanie metod do wklejenia w manuskrypcie

Pięć minut od obrazu do liczb

  1. Wybierz obszar

    Kwantyfikuj cały obraz albo tylko zaznaczony obszar. Praca na obszarze utrzymuje płynność preparatu gigapikselowego i skupia analizę na tkance, która naprawdę cię interesuje.

  2. Wybierz obiekty i silnik

    Jądra, komórki lub cząstki. InstanSeg dla jąder i komórek, progowanie klasyczne dla reszty albo gdy potrzebujesz w pełni jawnej reguły.

  3. Sprawdź nakładkę

    Wyniki pojawiają się jako nakładka na obrazie. Przejrzyj tabelę obiektów, obejrzyj wartości odstające i wyklucz to, co segmentacja odczytała źle. Nic nie jest ostateczne, dopóki tego nie potwierdzisz.

  4. Eksportuj albo przetwórz folder

    Wyeksportuj pakiet albo zapisz ustawienia jako recepturę i uruchom tę samą analizę na całym folderze w jednym przebiegu, ze wspólnym podsumowaniem wsadu.

Częste pytania

Czy moje obrazy opuszczają komputer?

Nie. Segmentacja i pomiar działają w procesie SlideScope na twojej maszynie. Jedyne żądanie sieciowe to jednorazowe pobranie wag modelu, a SlideScope weryfikuje skrót SHA-256 zarówno archiwum, jak i modelu, zanim załaduje jakikolwiek kod.

Którego silnika użyć?

InstanSeg do jąder i komórek w jasnym polu lub fluorescencji: rozdziela stykające się obiekty znacznie lepiej niż próg. Silnik klasyczny do cząstek, do nietypowych barwień albo zawsze, gdy potrzebujesz reguły, którą da się dokładnie opisać w sekcji metod.

Czy mogę zaufać tym liczbom w publikacji?

Traktuj je jako wynik badawczy wymagający twojej kontroli jakości. SlideScope pokazuje segmentację jako edytowalną nakładkę właśnie po to, byś mógł ją sprawdzić, i eksportuje podsumowanie metod opisujące, jak powstała każda liczba. Wyniki nie są walidowane do diagnostyki ani decyzji klinicznych.

Wyłącznie do zastosowań badawczych. Wyniki wymagają wizualnej kontroli jakości i nie są walidowane do diagnostyki ani decyzji klinicznych.

Zmierz własne preparaty w tym tygodniu

Czternastodniowy okres próbny to pełny dostęp, łącznie z kwantyfikacją lokalną i przetwarzaniem wsadowym folderów. Sprawdź go na obrazach, na których naprawdę pracuje twoje laboratorium.

Rozpocznij okres próbny