Kalibracja
Kalkulator rozmiaru piksela mikroskopu (µm na piksel)
Sprawdź, ile mikrometrów obejmuje jeden piksel Twojego obrazu. Na trzy sposoby: na podstawie kamery i obiektywu, na podstawie zmierzonej odległości, np. na mikrometrze przedmiotowym, albo dla poziomu piramidy obrazu całego preparatu. To właśnie ta liczba sprawia, że pasek skali oraz pomiar długości lub pola powierzchni są poprawne.
Jak oblicza się rozmiar piksela w próbce
rozmiar piksela (µm/px) = piksel kamery (µm) × binning ÷ (obiektyw × adapter kamery)
Własny piksel kamery (na przykład 6,5 µm w wielu kamerach sCMOS, 3,45 µm w popularnych matrycach CMOS) jest rzutowany na preparat przez obiektyw i ewentualny adapter kamery. Binning 2 × 2 łączy cztery piksele w jeden, podwajając rozmiar piksela. Okular mikroskopu nie ma tu żadnego znaczenia.
Przykład: piksele 6,5 µm, obiektyw 60×, adapter 1×, bez binningu: 6,5 ÷ 60 = 0,108 µm na piksel, czyli 9,2 piksela na µm. Porównaj to z rozmiarem piksela wg Nyquista dla Twojego obiektywu, aby sprawdzić, czy kamera prawidłowo próbkuje obraz optyczny.
Kalibracja za pomocą mikrometru przedmiotowego
Wzór zakłada, że nominalne powiększenia są dokładne; zwykle odbiegają od rzeczywistych o kilka procent. Przy pomiarach, które zamierzasz publikować, skalibruj raz każdy obiektyw: wykonaj zdjęcie mikrometru przedmiotowego (szkiełka z naniesioną skalą, często 1 mm podzielony na 100 działek po 10 µm), narysuj linię wzdłuż jak największej liczby działek mieszczących się w kadrze i podziel rzeczywistą długość przez długość linii w pikselach.
Przykład: 100 µm mikrometru obejmuje 400 pikseli: 100 ÷ 400 = 0,25 µm na piksel. W Fiji to samo robi Analyze › Set Scale; w SlideScope polecenie View › Set Pixel Size… zapisuje tę wartość dla danego obrazu, jeśli plik jej nie zawiera.
Mikrometry na piksel (MPP) w obrazach całych preparatów
Skanery preparatów zapisują rozmiar piksela poziomu bazowego w pliku (Aperio SVS zapisuje „MPP”, inne formaty równoważny znacznik). Przyjęło się, że skan 40× to około 0,25 µm na piksel, a skan 20× około 0,5 µm na piksel; dokładna wartość zależy od skanera (preparat testowy OpenSlide CMU-1, skan Aperio w 20×, zapisuje 0,499 µm/px). Każdy poziom piramidy mnoży MPP przez swój współczynnik zmniejszenia, więc poziom 2 preparatu 40× ze współczynnikiem 16 ma 4 µm na piksel, co odpowiada mniej więcej powiększeniu 2,5×.
W Pythonie odczytasz ją za pomocą openslide.OpenSlide(path).properties["openslide.mpp-x"] (zobacz odczyt plików SVS w Pythonie). Przeglądarki desktopowe, w tym SlideScope, odczytują ją automatycznie i na jej podstawie rysują pasek skali.
Pytania
Jak obliczyć liczbę mikrometrów na piksel?
Podziel rozmiar piksela kamery przez całkowite powiększenie między preparatem a kamerą (obiektyw × adapter kamery) i pomnóż przez binning. Możesz też wykonać zdjęcie mikrometru przedmiotowego i podzielić znaną długość przez jej długość w pikselach.
Co oznacza MPP w patologii?
Mikrometry na piksel (microns per pixel): szerokość jednego piksela w preparacie na obrazie całego preparatu. Przyjęło się, że około 0,25 µm/px to 40×, a 0,5 µm/px to 20×.
Dlaczego mój obraz pokazuje nieprawidłowy pasek skali?
W pliku brakuje rozmiaru piksela albo zapisano w nim błędną wartość (niektóre eksporty TIFF zapisują 1 piksel na cal). Ustaw rozmiar piksela przez kalibrację; w Fiji użyj Analyze › Set Scale, w SlideScope View › Set Pixel Size….
Czy okular zmienia rozmiar piksela?
Nie. Kamera widzi obraz utworzony przez obiektyw (i adapter), a nie przez okular.
Czy ten kalkulator jest bezpłatny?
Tak. Działa w Twojej przeglądarce internetowej i nigdzie niczego nie wysyła. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy.
Źródła
Wyniki są teoretyczne lub arytmetyczne; zanim oprzesz się na nich w pracy klinicznej lub regulowanej, sprawdź je w dokumentacji swojego przyrządu.
Mierz na swoich prawdziwych obrazach
SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów, w tym CZI, ND2, SVS i LIF, z ich własną kalibracją, więc długości, pola powierzchni, liczby komórek i paski skali wychodzą w µm bez żadnej konfiguracji. Wypróbuj wszystkie narzędzia bezpłatnie na wbudowanych przykładach; do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.