Quantificação local

Quantifique núcleos, células e partículas sem enviar um único pixel para fora

A quantificação local transforma em números a lâmina que você já está olhando. A segmentação e a medição rodam no seu próprio computador, então imagens inéditas ou de origem clínica nunca saem da máquina e o resultado aparece na mesma janela da imagem.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Por que quantificar aqui

Seus pixels ficam na sua máquina

A segmentação e a medição rodam localmente. Só os pesos do modelo são baixados, e o SlideScope verifica o resumo SHA-256 antes de carregá-los. Nada da imagem é enviado, o que faz diferença real para dados inéditos, material de origem clínica e comitês de ética.

Dois motores, ambos explícitos

Use pesos verificados de aprendizado profundo InstanSeg para núcleos e células, ou um limiar clássico explícito com seleção automática de Otsu, detecção de polaridade, suavização e limites de área. Você sempre sabe qual motor gerou cada número, e o resumo de métodos registra isso.

Feito para ser reprodutível

Cada execução é descrita por uma receita salva: tipo de objeto, motor, canal, limiares, limites de área e canais de marcador. Recarregue a receita, rode a pasta de novo e obtenha a mesma análise. O resumo de métodos exportado é escrito para colar em um manuscrito.

O que sai

  • Contagem de objetos, com densidade calibrada por milímetro quadrado sempre que o tamanho do pixel estiver registrado
  • Área, perímetro e descritores de forma de cada objeto
  • Intensidade média em todos os canais, não só no usado para segmentar
  • Classificação opcional de objetos positivos contra um ou dois canais de marcador
  • Distribuições de tamanho e intensidade de toda a população de objetos
  • Sobreposições editáveis, para excluir antes de exportar qualquer objeto mal segmentado

Exportações que cabem em fluxos reais

  • Tabela CSV de objetos para estatística em R, Python, Prism ou planilha
  • Contornos GeoJSON que QuPath e ASAP importam diretamente
  • TIFF de máscara rotulada com a receita embutida nos metadados
  • PNG anotado para figuras e apresentações
  • JSON de resumo para uso programático posterior
  • Um resumo de métodos escrito para colar em um manuscrito

Cinco minutos, da imagem aos números

  1. Escolha a região

    Quantifique a imagem inteira ou apenas a região selecionada. Trabalhar sobre uma região mantém rápida uma lâmina de gigapixels e concentra a análise no tecido que realmente importa.

  2. Escolha objetos e motor

    Núcleos, células ou partículas. InstanSeg para núcleos e células; limiar clássico para o resto ou quando você precisa de uma regra totalmente explícita.

  3. Confira a sobreposição

    Os resultados aparecem sobrepostos à imagem. Percorra a tabela de objetos, veja os casos atípicos e exclua o que a segmentação leu errado. Nada é definitivo até você decidir.

  4. Exporte ou rode a pasta

    Exporte o pacote, ou salve as configurações como receita e aplique a mesma análise a uma pasta inteira em uma passagem só, com um resumo combinado do lote.

Perguntas frequentes

Minhas imagens saem do computador?

Não. A segmentação e a medição rodam dentro do processo do SlideScope, na sua máquina. A única requisição de rede é um download pontual dos pesos do modelo, e o SlideScope verifica o resumo SHA-256 do arquivo compactado e do modelo antes de carregar qualquer código.

Qual motor devo usar?

Use o InstanSeg para núcleos e células em campo claro ou fluorescência: separa objetos encostados muito melhor que um limiar. Use o motor clássico para partículas, para colorações incomuns ou sempre que precisar de uma regra que possa descrever exatamente na seção de métodos.

Posso confiar nos números para publicar?

Trate-os como resultado de pesquisa que exige o seu controle de qualidade. O SlideScope mostra a segmentação como sobreposição editável justamente para você conferir, e exporta um resumo de métodos descrevendo como cada número foi obtido. Os resultados não são validados para diagnóstico nem para decisões clínicas.

Apenas para pesquisa. Os resultados exigem controle de qualidade visual e não são validados para diagnóstico nem para decisões clínicas.

Quantifique suas próprias lâminas esta semana

O teste de 14 dias é de acesso completo, incluindo quantificação local e execução em lote por pasta. Experimente nas imagens em que seu laboratório está trabalhando.

Iniciar teste