Quantificação local

Quantifique núcleos, células e partículas sem enviar um único píxel para fora

A quantificação local transforma em números a lâmina que já tem à frente. A segmentação e a medição correm no seu próprio computador, pelo que imagens inéditas ou de origem clínica nunca saem da máquina e o resultado surge na mesma janela da imagem.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Porquê quantificar aqui

Os seus píxeis ficam na sua máquina

A segmentação e a medição correm localmente. Apenas os pesos do modelo são descarregados, e o SlideScope verifica o resumo SHA-256 antes de os carregar. Nada da imagem é enviado, o que faz toda a diferença para dados inéditos, material de origem clínica e comissões de ética.

Dois motores, ambos explícitos

Use pesos verificados de aprendizagem profunda InstanSeg para núcleos e células, ou um limiar clássico explícito com seleção automática de Otsu, deteção de polaridade, suavização e limites de área. Sabe sempre que motor produziu cada valor, e o resumo de métodos regista-o.

Feito para ser reprodutível

Cada execução é descrita por uma receita guardada: tipo de objeto, motor, canal, limiares, limites de área e canais de marcador. Recarregue a receita, volte a processar a pasta e obtém a mesma análise. O resumo de métodos exportado está escrito para colar num manuscrito.

O que obtém

  • Contagem de objetos, com densidade calibrada por milímetro quadrado sempre que o tamanho de píxel esteja registado
  • Área, perímetro e descritores de forma de cada objeto
  • Intensidade média em todos os canais, não apenas no usado para segmentar
  • Classificação opcional de objetos positivos face a um ou dois canais de marcador
  • Distribuições de tamanho e intensidade de toda a população de objetos
  • Sobreposições editáveis, para excluir antes de exportar qualquer objeto mal segmentado

Exportações que encaixam em fluxos reais

  • Tabela CSV de objetos para estatística em R, Python, Prism ou folha de cálculo
  • Contornos GeoJSON que o QuPath e o ASAP importam diretamente
  • TIFF de máscara etiquetada com a receita incorporada nos metadados
  • PNG anotado para figuras e apresentações
  • JSON de resumo para uso programático posterior
  • Um resumo de métodos escrito para colar num manuscrito

Cinco minutos, da imagem aos números

  1. Escolha a região

    Quantifique a imagem inteira ou apenas a região selecionada. Trabalhar sobre uma região mantém rápida uma lâmina de gigapíxeis e concentra a análise no tecido que realmente interessa.

  2. Escolha objetos e motor

    Núcleos, células ou partículas. InstanSeg para núcleos e células; limiar clássico para o resto ou quando precisa de uma regra totalmente explícita.

  3. Verifique a sobreposição

    Os resultados surgem sobrepostos à imagem. Percorra a tabela de objetos, veja os casos atípicos e exclua o que a segmentação leu mal. Nada é definitivo até o decidir.

  4. Exporte ou processe a pasta

    Exporte o pacote, ou guarde as definições como receita e aplique a mesma análise a uma pasta inteira numa só passagem, com um resumo combinado do lote.

Perguntas frequentes

As minhas imagens saem do computador?

Não. A segmentação e a medição correm dentro do processo do SlideScope, na sua máquina. O único pedido de rede é uma transferência pontual dos pesos do modelo, e o SlideScope verifica o resumo SHA-256 do arquivo e do modelo antes de carregar qualquer código.

Que motor devo usar?

Use o InstanSeg para núcleos e células em campo claro ou fluorescência: separa objetos em contacto muito melhor do que um limiar. Use o motor clássico para partículas, para colorações pouco habituais ou sempre que precise de uma regra que possa descrever exatamente na secção de métodos.

Posso confiar nos números para publicar?

Trate-os como resultados de investigação que exigem o seu controlo de qualidade. O SlideScope mostra a segmentação como sobreposição editável precisamente para que a verifique, e exporta um resumo de métodos que descreve como cada valor foi obtido. Os resultados não estão validados para diagnóstico nem para decisões clínicas.

Apenas para investigação. Os resultados exigem controlo de qualidade visual e não estão validados para diagnóstico nem para decisões clínicas.

Quantifique as suas lâminas esta semana

A avaliação de 14 dias dá acesso completo, incluindo quantificação local e processamento por pastas. Experimente com as imagens em que o seu laboratório trabalha.

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