Windows veya macOS’ta ZEISS CZI dosyalarını önceden dönüştürmeden SlideScope ile açın. Dosyadaki kanalları ve görüntü boyutlarını inceleyin. Yerel görüntüleme görüntüyü sunucuya yüklemez.
Bilgisayarınıza uygun Windows veya Mac sürümünü indirip kurun. Yerleşik örnek kitaplığı tüm araçlarla ücretsizdir; kendi görüntülerinizi, ödeme sırasında PayPal veya kart onayı gerektiren ücretsiz denemeyle açarsınız.
SlideScope’u açın ve .czi dosyanızı görüntüleyiciye sürükleyin.
Varsa sahneyi veya konumu seçin; kullanılabilir kanalları, Z kesitlerini ve zaman noktalarını inceleyin.
Ölçmeden önce metaverideki piksel boyutunu kontrol edin. Dışa aktarırken özgün dosyayı koruyun.
Çok sahneli CZI dosyaları: her sahneyi görüntüleyin ve OME-TIFF olarak dışa aktarın
Bir CZI dosyası birden çok sahne içerebilir: bir plakanın kuyucukları, karo bölgeleri veya bir lamın tarama bölgeleri. SlideScope her sahneyi tek başına ya da hepsini birlikte gösterir; görüntülediğiniz sahneyi veya tüm sahneleri OME-TIFF olarak dışa aktarır. Video ve aşağıdaki adımlar, herkese açık, iki sahneli bir örnek dosya kullanır.
İş akışının tamamını izleyin (1 dk 41 sn)
İki sahneli bir CZI dosyasını açma, sahneler arasında geçiş, XY Overview, kanallar, Details, tek bir sahneyi ve tüm sahneleri dışa aktarma ve OME-TIFF dosyasını yeniden açma. Anlatım İngilizce; altyazılar sitenin tüm dillerinde. Windows üzerinde SlideScope 1.8.56 ile oluşturuldu; macOS sürümünde aynı denetimler bulunur. Altyazılar ve transkript İngilizce anlatımdan çevrilmiştir; profesyonel olarak gözden geçirilmemiştir.Transkript
Bir CZI dosyası birden çok sahne içerebilir: plaka kuyucukları, karo veya tarama bölgeleri. Her birini görüntülemenin ve OME-TIFF olarak dışa aktarmanın yolu şöyle.
Doğrudan açılmış iki sahneli bir CZI. Dönüştürme yok. Scene denetimi bir sahneden sonrakine geçer. Sahne 2, D7 kuyucuğu. Sahne 1, D6 kuyucuğu. XY Overview her sahneyi kaydedildiği yere yerleştirir. Bu iki kuyucuk arasında 9 mm var.
Kanalları tek bir görünümde birleştirin. Katkısını görmek için bir kanalı kapatın. Yakınlaştırın. Ölçek çubuğu kalibre kalır. Details piksel boyutunu, kanalları ve edinim ayarlarını listeler.
Dışa aktarmak için File, ardından Export Current Image as TIFF’i seçin. Tek bir sahneyi görüntülerken yalnızca o sahne dışa aktarılır. Başlamadan önce yazılacak piksel boyutunu, kanalları ve sıkıştırmayı görürsünüz. Tüm sahneleri dışa aktarmak için önce XY Overview’u açın. Tüm sahneler tek bir OME-TIFF dosyasına gider. Her sahne içinde ayrı bir görüntüdür.
Sonucu açın. İki sahne de orada: görüntü 1 ve görüntü 2. Piksel boyutu ve kanal adları korundu.
Ücretsiz hesapla, denemeden önce yerel görüntüleri açıp görüntüleyebilirsiniz. Dışa aktarma için 3 günlük deneme veya abonelik gerekir. Büyük bir karolu tarama tam çözünürlükte değil, genel görünüm çözünürlüğünde aktarılır. macOS ve Windows’ta aynı uygulama. Bu görüntüler Windows’ta oluşturuldu.
Adım 1
CZI dosyasını açın
File › Open File… komutunu seçin (Windows’ta Ctrl+O, Mac’te ⌘O) veya .czi dosyasını pencereye sürükleyin. İlk sahne hemen görünür. Hiçbir şey dönüştürülmez ve dosya karşıya yüklenmez.
Adım 2
Sahneler arasında gezinin
Birden çok sahne içeren bir dosyada görüntünün altında Scene denetimi görünür. − ve + düğmelerini kullanın veya bir numara yazın. Her sahne, dosyadaki kendi boyutunu ve adını korur; örneğin bir kuyucuk (D6, D7) veya bir karo bölgesi.
Adım 3
Tüm sahneleri XY Overview’da görün
Scene denetiminin yanındaki XY Overview düğmesine tıklayın veya View › XY Overview komutunu seçin (Ctrl+Shift+X). Her sahne, aradaki boşluklar dahil, kaydedildiği yerde çizilir. Bir sahneyi seçmek için tıklayın, açmak için çift tıklayın. Birbirinden uzak sahneler, örneğin aralarında 9 mm bulunan kuyucuklar, başta küçük karolar olarak görünür: görmek için yakınlaştırın.
Adım 4
Kanalları, piksel boyutunu ve meta verileri kontrol edin
Display panelinde renkli bir bileşik görüntü için Blend channels into one view seçeneğini işaretleyin veya tek tek kanalları kapatın. Details; piksel boyutunu, boyutları, geçerli sahneyi ve onun boyutunu listeler. Parlaklık, kontrast ve renkler yalnızca gördüğünüzü değiştirir, kayıtlı pikselleri asla değiştirmez.
Adım 5
File › Export Current Image as TIFF komutunu seçin
File › Export Current Image as TIFF… komutunu seçin (Ctrl+Shift+C). Bir klasör ve ad seçin; SlideScope .ome.tif ile biten bir ad önerir.
Adım 6
Tek bir sahneyi veya tüm sahneleri dışa aktarın
Ekranda tek bir sahne varken yalnızca o sahne, sample_scene-2.ome.tif gibi bir adla dışa aktarılır. Tüm sahneleri dışa aktarmak için önce XY Overview görünümünü açın: tüm sahneler, her biri kendi boyutunda ayrı bir görüntü olarak tek bir OME-TIFF dosyasına gider. Herhangi bir şey yazılmadan önce bir onay penceresi boyutu, piksel boyutunu, kanalları ve sıkıştırmayı gösterir.
Adım 7
Sonucu açın
Dışa aktarma bittiğinde Open Exported TIFF düğmesine tıklayın. SlideScope dışa aktarılan her sahneyi bir görüntü olarak gösterir; Image denetimiyle aralarında gezinin. Dosya başına birden çok görüntüyü destekleyen OME-TIFF okuyucuları, örneğin Fiji’deki Bio-Formats, bunları ayrı seriler olarak listeler.
Dışa aktarılan OME-TIFF neleri içerir
Tek dosya. Ekrandaki sahneyi dışa aktarmak tek bir görüntü yazar; XY Overview’dan dışa aktarmak her sahneyi aynı dosya içinde, her biri kendi boyutunda ayrı bir görüntü olarak yazar. Her sahne için ayrı bir dosya oluşturmaz.
Pikseller değiştirilmeden, kayıpsız sıkıştırmayla (Deflate) yazılır. Parlaklık, kontrast ve gama görüntüleme ayarlarıdır ve dışa aktarmaya uygulanmaz.
Mikrometre cinsinden piksel boyutu, Z yığını varsa Z adımı, CZI’da kayıtlı kanal adları ve görüntüleyicide o anda ayarlı kanal renkleri. Kayıtlı piksel boyutu olmayan bir dosya piksel boyutu olmadan dışa aktarılır; SlideScope kalibrasyon uydurmaz.
Çözünürlük: belleğe sığan sahneler tam çözünürlükte dışa aktarılır. Lam tarayıcı bölgesi gibi büyük bir karolu tarama, genel görünüm çözünürlüğünde dışa aktarılır. Onay penceresi oranı belirtir (örneğin 1:8) ve kayıtlı piksel boyutu buna göre ölçeklenir. Tam çözünürlüklü tarama SlideScope’ta bölge bölge görüntülenebilir kalır.
Genişliği veya yüksekliği 4.096 pikseli aşan tek bir dışa aktarılmış görüntüye ayrıca düşük çözünürlüklü piramit düzeyleri de eklenir. Birden çok görüntü içeren bir dosyaya eklenmez. 2 GiB’ı aşan dosyalar BigTIFF olarak yazılır.
Kopyalanmayanlar: CZI edinim meta verilerinin geri kalanı ve tabla koordinatları olarak sahne konumları. Orijinal CZI dosyasını arşiv dosyası olarak saklayın.
Gerekenler
Windows 10 veya 11 ya da Apple Silicon veya Intel üzerinde macOS 14 veya sonrası. Yerleşik örnek kitaplığını tüm araçlarla ücretsiz keşfedin. Kendi görüntülerinizi 3 günlük ücretsiz denemeyle açın. Dışa aktarma için 3 günlük deneme veya abonelik gerekir (denemeden sonra aylık $25,00).
Bir şey yanlış görünüyorsa
Yalnızca bir sahne görünüyor
Sahneler aynı piksel türüne ve aynı kanallara, Z düzlemlerine ve zaman noktalarına sahip olduğunda aralarında geçiş yapılabilir. Değilse SlideScope ilk sahneyi gösterir ve nedenini Details içinde açıklar. Beklediğiniz bu değilse dosyayı bize gönderin.
Renkler ZEN’dekinden farklı
Kanal renkleri, dosyada kayıtlıysa dosyadan alınır. Bunları Display › Channel colour… ile değiştirin; dışa aktarma ayarladığınız renkleri kaydeder.
Dışa aktarılan görüntü taramadan küçük
Büyük bir karolu tarama genel görünüm çözünürlüğünde dışa aktarılır ve onay penceresi bunu herhangi bir şey yazılmadan önce belirtir. Tam çözünürlüklü tarama SlideScope’ta görüntülenebilir kalır.
Dışa aktarma deneme başlatmanızı istiyor
Görüntüleme ücretsiz bir hesapla çalışır. Dışa aktarma için ücretsiz deneme veya abonelik gerekir.
Video ve ekran görüntülerindeki örnek: czitools örnek verilerinden S2_3x3_CH2.czi (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0); DAPI ve EGFP içeren 3 × 3 mozaiğin iki sahnesi. Müşteri verisi içermez.
CZI dosyası açma yöntemleri
Araç
Ücret
Platformlar
En uygun olduğu kullanım
ZEISS ZEN lite
Ücretsiz (indirmek için ZEISS ID gerekir)
Windows
Üreticinin kendi görüntüleyicisi; görüntü alma yazılımına en yakın seçenek
Fiji / ImageJ ve Bio-Formats
Ücretsiz, açık kaynak
Windows, macOS, Linux
Eklentiler ve makrolarla analiz; her sahne ayrı bir seri olarak içe aktarılır
QuPath
Ücretsiz, açık kaynak
Windows, macOS, Linux
Tam slayt görüntü analizi projeleri ve betik yazımı
SlideScope
Örnekler tüm araçlarla ücretsiz, kendi görüntüleriniz için 3 günlük ücretsiz deneme, ardından aylık $25 başlangıç fiyatlı abonelik
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon ve Intel)
CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM ve TIFF ile birlikte CZI dosyalarını görüntüleme, ölçme ve işaretleme; dosyalar bilgisayarınızda kalır
ZEISS CZI dosyalarını şu yollarla açabilirsiniz: ZEISS’in Windows için ücretsiz görüntüleyicisi ZEN lite; ücretsiz olan ve CZI dosyalarını Windows, Mac ve Linux’ta Bio-Formats aracılığıyla okuyan Fiji veya QuPath; ya da ücretsiz denemesi bulunan, Windows ve Mac için bir masaüstü görüntüleyici olan SlideScope. Apple silicon işlemcili Mac’lerde Bio-Formats, JPEG-XR ile sıkıştırılmış CZI dosyalarını okuyamaz. Aşağıdaki adımlarda SlideScope kullanılmaktadır.
CZI dosyası Mac’te Fiji veya QuPath’te açılmıyor mu?
QuPath belgelerine göre Bio-Formats şu anda Apple silicon üzerinde JPEG-XR sıkıştırmasını desteklemiyor ve birçok CZI dosyası JPEG-XR ile sıkıştırılmış durumda. Belgelerde önerilen geçici çözümler, dosyayı başka bir bilgisayarda dönüştürmek ya da QuPath’in Intel sürümüne geçmektir. SlideScope, CZI için Bio-Formats kullanmaz: CZI dosyalarını hem Windows hem de Mac sürümünde kendi içinde gelen JPEG XR kod çözücüsüyle okur.
İnceleme yapanlar komut dosyası veya eklenti kurulumu olmadan masaüstü arayüzü istiyor.
Dosyada varsa kanallar, Z düzlemleri, zaman noktaları ve sahneler arasında gezinin, Details içinde piksel boyutunu kontrol edin ve kalibre birimlerle ölçün.
Ölçümler, notlar ve bölgeler lama bağlı kalır ve GeoJSON veya CSV olarak dışa aktarılır.
İş akışına göre seçim
Farklı mikroskopi biçimlerini açan ve standart nesneleri kendi makinenizde ölçümleyen tek bir masaüstü uygulaması gerekiyorsa SlideScope’u değerlendirin. Mikroskop kontrolü, programlanabilir görüntü işleme, betikle kurulan analiz hatları veya kurumsal görüntü yönetimi için özgün aracı kullanın.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Genişletilebilir işleme, makrolar, eklentiler, komut dosyaları, segmentasyon, patoloji analizi ve bilimsel Python iş akışları.
OMERO: Merkezi görüntü depoları, izinler, iş birliği ve kurumsal veri yönetimi.
CZI dosyaları hakkında sorular
CZI dosyalarını açmanın ücretsiz bir yolu var mı?
Evet. ZEN lite (Windows) ile Bio-Formats destekli Fiji veya QuPath ücretsizdir. SlideScope’u indirmek ücretsizdir: yerleşik örnek kitaplığı tüm araçlarla ücretsizdir, kendi görüntülerinizi ise 3 günlük ücretsiz denemeyle (PayPal veya kart gerekir) açarsınız; deneme süresinden sonra abonelikle kullanılır.
Mac’te CZI açma
macOS 14 veya sonraki bir sürümü kullanın. Mac’inize uygun Apple Silicon veya Intel sürümünü seçin ve dosyayı açmadan önce yerel depolamaya kopyalayın.
Dosya açılmıyorsa
Dosyanın kopyalanmasının tamamlandığını kontrol edin. Sorun sürerse uygulama sürümü, dosya biçimi ve hata mesajıyla destek ekibine başvurun.
Kimler için tasarlandı?
Araştırma laboratuvarları, mikroskopi merkezleri, eğitimciler, öğrenciler ve patoloji inceleme ekipleri için tasarlandı.
SlideScope bağımsızdır; Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari veya OMERO ile bağlantılı değildir. Ürün adları yalnızca nesnel karşılaştırma için kullanılır.
SlideScope’u indirin
Windows ve macOS için tek bir odaklı çalışma alanında bütün lamları, floresan kanallarını ve görüntü yığınlarını inceleyin.
