Ask Your Slide · SlideScope 1.23.0 ve sonrası

Slaytınıza Sorarak Hücre Sayın ve IHC Skorlayın

Açık olan görüntü hakkında bir soru yazın, örneğin “Bu bölgedeki çekirdeklerin yüzde kaçı Ki67 pozitif?” Bir yapay zekâ asistanı adımları planlar; SlideScope da kendi sayım, IHC skorlama ve ölçüm araçlarını bilgisayarınızda çalıştırır. Yanıttaki her sayı bu araçlardan birinden gelir; yanında onu kontrol etmenizi sağlayan kanıt ve adımları yapay zekâ olmadan yeniden çalıştıran bir düğme bulunur. Yalnızca araştırma amaçlıdır.

Her sayı yerel bir araçtan No images modu: görüntü bilgisayarınızda kalır Kanıt, yeniden çalıştırma ve dışa aktarma

Ask Your Slide nasıl çalışır?

  1. Görüntüyü açın: Windows veya macOS’ta SlideScope ile; tam slayt, konfokal yığın, floresan görüntü ya da SlideScope’un açtığı biçimlerden herhangi biri olabilir.
  2. Sade bir dille sorun. Soru tek bir alanla ilgiliyse önce bir bölge çizin veya o alana yakınlaştırın. Yanıtlar 14 dilden herhangi birinde alınabilir.
  3. Yapay zekâ planlar, işi yerel araçlar yapar. Asistan adımları seçer (çekirdekleri sayma, DAB skorlama, bir bölgeyi ölçme, sıcak noktaları bulma) ve SlideScope her birini bilgisayarınızda çalıştırır. Her işlemi görüntü üzerinde izlersiniz ve her biri geri alınabilir.
  4. Yanıtı kanıtıyla birlikte okuyun. Yanıt, kullandığı görünümleri [R1], [R2] gibi alıntılarla belirtir: birine tıklayınca o görünüme geri dönersiniz. Evidence bölümü her adımı piksel cinsinden alanı, düzlemi, parametreleri ve sonuçlarıyla listeler; yanıt ayrıca nelerin gönderildiğini gösterir.
  5. Kontrol edin, yeniden çalıştırın ve dışa aktarın. Re-run without AI aynı adımları yerel olarak yeniden hesaplar ve sayıların birebir aynı olduğunu doğrular. Yanıtı, analiz kaydını ve bir Yöntem paragrafını dışa aktarın ya da ölçek çubuklu bir şekil oluşturun.

Herkese açık örnek görüntüler üzerinde SlideScope 1.23’te kaydedilmiş 62 saniyelik bir demoyu izleyin (EPFL BrdU IHC, CC BY 4.0; czitools DAPI/GFP). Ses yoktur.

Sorabileceğiniz sorular ve onları yanıtlayan araçlar

Ask Your Slide, SlideScope’un kendi araçlarıyla çalışır: çekirdek, hücre veya parçacık sayımı (InstanSeg derin öğrenme segmentasyonu ya da klasik bir yöntemle), DAB için IHC skorlama, bölge istatistikleri, kalibre edilmiş ölçümler, kanal doygunluk istatistikleri, sıcak nokta bulucu, bölge dış hatları, notlar ve görünüm kontrolleri. Birkaç örnek:

SorduğunuzSlideScope’un çalıştırdığı araçlarElde ettiğiniz
“Bu bölgedeki çekirdeklerin yüzde kaçı Ki67 pozitif?”Çekirdek sayımı (InstanSeg), ardından DAB için IHC skorlamaSayılan çekirdek sayısıyla birlikte pozitif yüzdesi ve görüntü üzerinde dış hatlar
“Çizdiğim alan için H-score ve Allred skorunu ver.”Çekirdek sayımı, QuPath uyumlu tanımlarla IHC skorlamaO bölge için H-score, Allred skoru ve pozitif yüzdesi
“En kalabalık üç alanı bul ve her birinde Ki67 skorla.”Sıcak nokta bulucu, bölgelerin dış hatlarını çizme, bölge başına sayım ve skorlamaHer biri için mm² başına yoğunluk, z-skoru ve Ki67 yüzdesiyle dış hatları çizilmiş üç sıcak nokta
“Bu alanda kaç hücre var ve ne büyüklükteler?”Hücre sayımı (InstanSeg veya klasik)CSV ve GeoJSON olarak dışa aktarılabilen bir sayım ve nesne alanları
“Bu iki bölgedeki DAPI yoğunluğunu karşılaştır.”Her bölge için bölge istatistikleri ve çekirdek sayımlarıYan yana alan, sayım ve mm² başına yoğunluk
“Burada en parlak kanal hangisi ve doygun bir şey var mı?”Bölge istatistikleri, kanal doygunluk istatistikleriKanal başına ortalama yoğunluk ve her birinin doygun oranı
“Beni en parlak GFP alanına götür.”GFP kanalında sıcak nokta bulucu, ardından görünümü taşımaO alana yakınlaştırılmış görünüm ve dış hattı çizilmiş bölge
“Bu bölgenin alanı kaç µm² ve ne kadarı DAB pozitif?”Kalibre edilmiş ölçüm, bölge istatistikleriµm² cinsinden alan ve DAB pozitif alan yüzdesi
“Z düzlemi 12’ye git ve çekirdekleri say.”Görünümü taşıma (Z), çekirdek sayımıO düzlemdeki sayım; düzlem kanıtta kayıtlı
“Bu sayılarla bir not ekle.”Not eklemeSlaytta, görüntüyle birlikte kalan bir not

Ask Your Slide bugün açık olan görüntü hakkında yanıt verir. Tedavileri çok sayıda görüntü boyunca karşılaştırmak için SlideScope Plus’taki Deneyler özelliğini kullanın: her görüntüde aynı sayım tarifi, doğru istatistiksel testle karşılaştırılır. Bir deneyin tamamı hakkında soru sormak ileride planlanıyor.

Her sayı bir araçtan gelir

Genel yapay zekâ modelleri bir resme bakarak nesne saymak için geliştirilmedi (Haase, ChatGPT for Image Analysis, 2024); bu yüzden Ask Your Slide modelin bir sayıyı tahmin etmesine asla izin vermez. Asistan yalnızca hangi araçların çalışacağına karar verir; yanıttaki her sayım, skor, alan ve yoğunluk SlideScope tarafından bilgisayarınızda hesaplanır ve her birini kontrol edebilirsiniz:

  • Görünümlere alıntılar. Her ifade geldiği görünümü gösterir ([R1], [R2]). Tıkladığınızda SlideScope tam olarak o konuma, yakınlaştırmaya ve düzleme döner.
  • Kanıt (Evidence). Her adım; analiz edilen alan piksel cinsinden, düzlem, kullanılan parametreler ve sonuçlarla.
  • Re-run without AI. Kaydedilen adımları yapay zekâ olmadan yerel olarak yeniden hesaplar ve sayıların birebir aynı çıktığını doğrular.
  • Ne gönderildi? Yanıt, o soru için bilgisayarınızdan tam olarak neyin çıktığını gösterir.
  • Görünür ve geri alınabilir. Dış hatlar, notlar ve görünüm değişiklikleri gerçekleştikçe görüntü üzerinde belirir ve her biri geri alınabilir.
DAB ile boyanmış bir kesitte SlideScope Ask Your Slide yanıtı: 577 çekirdeğin %15.4’ü DAB pozitif, H-score 20.1, Allred 4, [R1] alıntısıyla milimetrekare başına 910 pozitif çekirdek; skorlanan çekirdeklerin dış hatları görüntü üzerinde çizilmiş ve kanıt, yerel Quantify adımını Re-run without AI, Export ve Make figure bağlantılarıyla listeliyor.
SlideScope 1.23’te “Burada çekirdeklerin yüzde kaçı DAB pozitif?” sorusuna fare duodenumunun BrdU IHC kesiti üzerinde verilen gerçek bir Ask Your Slide yanıtı (%15.4) (EPFL, CC BY 4.0). Çekirdeklerin dış hatları DAB derecelerine göre çizilmiş, yanıt kullandığı görünümü [R1] olarak alıntılıyor ve kanıt, her sayıyı üreten yerel adımı Re-run without AI, Export ve Make figure ile birlikte gösteriyor.

Tasarımı gereği gizli: tam olarak ne gönderilir?

Analiz bilgisayarınızda çalışır. Adımları planlamak ve yanıtı yazmak bir bulut yapay zekâ modeli tarafından yapılır; Ask Your Slide panelindeki Send view images anahtarı ise modelin bir resmi hiç görüp görmeyeceğine karar verir.

Send view imagesBulut yapay zekâsına gönderilenlerBilgisayarınızdan asla çıkmayanlar
Kapalı (“No images”)Sorunuz, sınırlı teknik ayrıntılar (biçim, boyutlar, kanallar, piksel boyutu) ve yerel araçların hesapladığı sayılarGörüntü ve dosya
AçıkAynıları, ayrıca yapay zekânın baktığı görünümler; her biri önce ekranınızda gösterilir ve sıkıştırılarak gönderilirDosya ve görüntünün yapay zekânın bakmadığı her bölümü

Sorularınız ve görüntüleriniz yapay zekâ modellerini eğitmek için kullanılmaz. BT ve MR gibi tıbbi taramalar reddedilir. Yapay zekâ sağlayıcısı ve tüm koşullar gizlilik bildiriminde yer alır; veri işleme sayfası ise SlideScope’un geri kalanının bilgisayarınızda neleri tuttuğunu açıklar.

Laboratuvar defteriniz, şekilleriniz ve Yöntem bölümünüz için dışa aktarımlar

  • answer.md: alıntılarıyla birlikte yanıt; bir laboratuvar defterine yapıştırmaya hazır.
  • analysis_record.json: adımların, parametrelerin ve sonuçların eksiksiz kaydı; Re-run without AI’ın kullandığı kaydın aynısı.
  • Yöntem metni: neyin nasıl ölçüldüğünü anlatan, bir makale için uyarlanabilecek bir paragraf.
  • Quantify çıktıları: CSV olarak nesne tablosu, GeoJSON olarak dış hatlar (QuPath’te açılır), maskeler ve işaretlenmiş bir görüntü.
  • Make figure: kalibre edilmiş ölçek çubuğuyla görünümün bir şekli.

QUAREP-LiMi topluluğunun raporlama kontrol listeleri, yazarlardan görüntü analizi iş akışlarını ve ölçek çubukları gibi şekil ayrıntılarını raporlamalarını ister (Schmied et al., Nature Methods 2023). Kayıt ve Yöntem metni, raporlamanız gereken parametreleri size verir.

Otomatik Ki67 ve IHC skorlaması ne kadar doğru?

Ki67’yi gözle skorlamanın tekrarlanabilirliği düşüktür; sayımı bir araca bırakmanın asıl nedeni de budur:

  • International Ki67 in Breast Cancer Working Group aynı 30 meme kanserini 12 ülkeden 23 patoloğa gönderdiğinde uyum (ICC) global sayım yöntemiyle 0.87, sıcak nokta skorlamasıyla 0.83 oldu ve bu sonuç çalışmanın başarı ölçütünü karşılamadı. Okuyucular bir slaytta her zaman aynı sıcak noktayı seçmedi (Leung et al., Histopathology 2019).
  • 57 Ki-67 slaytını skorlayan altı uzman meme patoloğu %20 eşik değerinde yalnızca orta düzeyde uyuma ulaştı (iki turda 0.44 ve 0.48 katsayıları); yazarlar uyumu artırmak için dijital görüntü analizinin gerektiği sonucuna vardı (Ai et al., Breast Cancer Research and Treatment 2024).
  • Dijital görüntü analizi daha tutarlıdır: dört patoloğun çalışma grubunun kılavuzunu izleyerek birbirinden bağımsız oluşturduğu dört QuPath algoritması, 157 ER pozitif meme kanserinde bir referans algoritmayla 0.938 ICC düzeyinde uyum gösterdi (Boyaci et al., Biomolecules 2021).

Bu çalışmalar genel olarak elle ve otomatik Ki67 skorlamasını anlatır; SlideScope’u test etmemiştir. SlideScope’un IHC skorlaması QuPath’in tanımlarını izler (1+, 2+ ve 3+ için 0.2, 0.4 ve 0.6 DAB optik yoğunluk eşikleri) ve yerel nicelleştirmesi aynı slaytlarda QuPath 0.7.0 ile karşılaştırılarak kontrol edilmiştir. Sıcak nokta bulucu bir yargı değil, z-skoruyla yapılan bir nesne yoğunluğu hesabıdır; bu nedenle aynı bölge ve ayarlar aynı sıcak noktaları verir.

Bir yanıt nasıl kontrol edilir?

  1. Görüntüdeki dış hatlara bakın: kaçırılan çekirdekler, birleşmiş komşular ve boyanmış kalıntılar ilk bakışta fark edilir.
  2. Tam görünüme dönmek için [R1]’e tıklayın, yakınlaştırın ve küçük bir alanı elle sayarak bildirilen sayıyla karşılaştırın.
  3. Evidence bölümünü açın ve düzlemin, bölge alanının ve parametrelerin kastettiğiniz değerler olduğunu doğrulayın.
  4. Yoğunluklara güvenmeden önce doygunluğu kontrol edin: aynı bölgede hangi kanalların doygun olduğunu sorun.
  5. Re-run without AI’a basın ve analiz kaydını verilerinizle birlikte saklayın.

Ask Your Slide, genel bir sohbet botu, betik yazma veya kurumsal bir yardımcı

Ask Your SlideGenel bir sohbet botuna görüntü yüklemekQuPath veya Fiji betikleri yazmakKurumsal patoloji yardımcıları
Sayılar nereden gelir?Parametreleri gösterilen SlideScope yerel araçlarındanModelden ya da onun sohbet sırasında yazdığı koddanQuPath veya Fiji’nin çalıştırdığı kendi betiğinizdenSatıcının kendi sistemindeki modellerinden
Görüntü nereye gider?No images modunda bilgisayarınızda kalır; aksi hâlde önce sizin gördüğünüz sıkıştırılmış görünümler gönderilirSohbet botunun sunucularına yüklenirBilgisayarınızda kalırSatıcının sisteminde tutulur
Bir sonucu kontrol etmek ve tekrarlamakAdım başına kanıt; Re-run without AI sayıların birebir aynı olduğunu doğrularAynı soruyu yeniden sormak farklı bir yanıt verebilirBetiği ve sürümleri saklarsanız tekrarlanabilirSatıcıya göre değişir
KurulumSlideScope’u kurun ve sorunYok, ama önce sohbet botunun okuyabileceği bir görüntü dışa aktarırsınızBetik API’sini öğrenmek ve kodda hata ayıklamak; bir sohbet botunun sizin için yazdığı kod da dahilKurumsal bir sözleşme ve kurulum
Tam slayt ve mikroskop biçimleriCZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, DICOM ve toplamda yaklaşık 39 biçimGenellikle yalnızca yaygın görüntü biçimleriGeniş, Bio-Formats ve OpenSlide aracılığıylaSatıcının sisteminin kabul ettiği biçimler
En uygun olduğu kullanımKod yazmadan standart sayımlar, IHC skorları ve bölge değerleri; gösterebileceğiniz bir kayıtlaBir resmin hızlı bir tanımıÖzel iş hatları ve eğitilmiş sınıflandırıcılarBüyük klinik araştırma programları

QuPath ve Fiji ücretsizdir ve özel ya da betikli analizler için doğru seçim olmayı sürdürür; bkz. ImageJ, QuPath veya CellProfiler’da hücre sayma. Bir görünümü ölçmek yerine sözcüklerle tanımlamak için AI Analysis’i kullanın.

Biçimler ve diller

Ask Your Slide, SlideScope’un açtığı görüntülerde çalışır: CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, DICOM tam slayt görüntüleri ve toplamda yaklaşık 39 biçim; parlak alan tam slaytlardan Z, zaman ve sahneler içeren çok kanallı floresana kadar. Tam liste dosya uyumluluğu sayfasındadır. Yanıtlar 14 dilde alınabilir; uygulama arayüzü ise 10 dildedir.

Ask Your Slide kimlere sunulur?

Ask Your Slide, Windows ve macOS’ta SlideScope 1.23.0 sürümünden itibaren SlideScope’un bir parçasıdır. Adil kullanım yapay zekâ sınırları içinde ücretli SlideScope planlarına dahildir; Plus planlarında sınırlar daha yüksektir. Tedavileri bir deney boyunca karşılaştırmak bugün Deneyler özelliğiyle SlideScope Plus’ta mümkündür; bir deneyin tamamı hakkında soru sormak ileride planlanıyor. Ücretsiz bir SlideScope hesabıyla Ask Your Slide’ı ücretsiz örnek slaytlarda günde üç soruyla deneyebilirsiniz; kendi görüntüleriniz hakkında soru sormak abonelik gerektirir. Güncel fiyatlar planlar sayfasındadır.

Ask Your Slide hakkında sorular

ChatGPT bir mikroskopi görüntüsündeki hücreleri sayabilir mi?

Tek başına güvenilir biçimde sayamaz. Genel bir sohbet botu yüklediğiniz resimden ya da o sohbette yazdığı koddan yanıt verir; bu nedenle yöntem bir sohbetten diğerine değişebilir ve bir ekran görüntüsü piksel boyutu taşımaz. Görüntü analizi için sohbet botları üzerine 2024’te verilen bir çalıştay konuşması, dil modellerinin görüntülerde nesne saymak için geliştirilmediğini belirtir. Ask Your Slide farklı çalışır: yapay zekâ yalnızca adımları planlar, her sayıyı SlideScope’un kendi sayım araçları bilgisayarınızda üretir ve Re-run without AI bunları yeniden hesaplar.

Görüntülerim buluta gönderiliyor mu?

Send view images kapalıyken (No images) hayır: görüntü bilgisayarınızdan asla çıkmaz; bulut yapay zekâsına yalnızca sorunuz, sınırlı teknik ayrıntılar (biçim, boyutlar, kanallar, piksel boyutu) ve hesaplanan sayılar gönderilir. Anahtar açıkken yapay zekânın baktığı görünümler de sıkıştırılarak gönderilir ve her biri önce ekranınızda gösterilir. Verileriniz yapay zekâ modellerini eğitmek için kullanılmaz.

Ask Your Slide bir tanı aracı mı?

Hayır. Ask Your Slide yalnızca araştırma amaçlıdır ve tıbbi tanı değildir. BT ve MR gibi tıbbi taramaları reddeder; yanıtları tanı veya derece değil, ölçüm bildirir.

Otomatik Ki67 skorlaması elle skorlamaya göre ne kadar doğru?

Elle Ki67 skorlaması okuyucudan okuyucuya değişir: uluslararası bir çalışmada 23 patolog global skorlamayla 0.87, sıcak nokta skorlamasıyla 0.83 ICC değerine ulaştı. Dijital görüntü analizi daha tutarlıdır: bağımsız olarak oluşturulmuş dört QuPath algoritması bir referansla 0.938 ICC düzeyinde uyum gösterdi. Otomatik sayımların yine de kontrol edilmesi gerekir; dış hatlara bakın, küçük bir alanı elle sayımla karşılaştırın ve kanıt kaydını saklayın.

Ask Your Slide ücretsiz bir Ki67 skorlama uygulaması mı?

Hayır. Ask Your Slide, adil kullanım yapay zekâ sınırları içinde ücretli SlideScope planlarına dahildir; Plus’ta sınırlar daha yüksektir. Ücretsiz bir hesapla, tüm yerel araçların da kullanılabildiği yerleşik örnek slaytlar hakkında günde üç soru sorabilirsiniz; güncel fiyatlar planlar sayfasındadır.

Sonucu yeniden çalıştırabilir veya dışa aktarabilir miyim?

Evet. Re-run without AI kaydedilen adımları bilgisayarınızda yeniden hesaplar ve sayıların birebir aynı olduğunu doğrular. Dışa aktarma answer.md, analysis_record.json ve bir Yöntem paragrafının yanı sıra nesne CSV’sini, GeoJSON dış hatlarını, maskeleri ve işaretlenmiş bir görüntüyü kaydeder; Make figure ise bir ölçek çubuğu ekler.

Hangi dosya biçimlerinde çalışır?

SlideScope’un açtığı biçimlerde: CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, DICOM tam slayt görüntüleri ve toplamda yaklaşık 39 biçim. BT ve MR gibi tıbbi taramalar reddedilir.

Bunun QuPath veya ImageJ’den farkı nedir?

QuPath ve ImageJ ücretsizdir, betikle kullanılabilir ve özel iş hatları ile eğitilmiş sınıflandırıcılar için doğru araçlardır. Ask Your Slide ise standart sorular (sayımlar, pozitif yüzdesi, H-score, Allred, bölge istatistikleri, sıcak noktalar) içindir; betik yazmadan, görüntünün zaten açık olduğu görüntüleyicinin içinde çalışır. IHC skorlaması QuPath uyumlu tanımlar kullanır ve GeoJSON dış hatları QuPath’te açılır.

Ask Your Slide çevrimdışı çalışır mı?

Soru sormak internet bağlantısı gerektirir, çünkü adımları bir bulut yapay zekâsı planlar ve yanıtı o yazar. Sayım, skorlama ve ölçümün kendisi bilgisayarınızda çalışır.

Bir deneyin tamamı hakkında soru sorabilir miyim?

Henüz soru sorarak değil: Ask Your Slide açık olan görüntü hakkında yanıt verir. Bugün tedavileri çok sayıda görüntü boyunca karşılaştırmak için SlideScope Plus’taki Deneyler özelliğini kullanın; her görüntüde aynı sayım tarifini çalıştırır ve tedavileri doğru istatistiksel testle karşılaştırır. Bir deneyin tamamı hakkında soru sormak ileride Plus için planlanıyor.

Kaynaklar

Kısa yanıtlar

En uygun olduğu kişiler: mikroskopi ve slayt görüntülerinden betik yazmadan standart sayımlara, Ki67 veya IHC skorlarına ve bölge ölçümlerine, gösterebilecekleri bir kayıtla ihtiyaç duyan araştırmacılar, çekirdek tesisler ve öğrenciler.

Temel güçlü yanları: her sayı yerel bir araçtan, tam görünüme geri götüren alıntılar, Re-run without AI, No images modu, laboratuvar defteri ve Yöntem bölümü için dışa aktarımlar, yaklaşık 39 biçim ve 14 yanıt dili.

Önemli sınırlama: yalnızca araştırma amaçlıdır, tanı değildir; açık olan görüntü hakkında yanıt verir ve soru sormak internet bağlantısı gerektirir.

Son inceleme: 6 Kasım 2026.

Kendi slaytlarınıza sorun

SlideScope’u indirin, ücretsiz örnek kitaplığını keşfedin ve 1.23.0 sürümünden itibaren Ask Your Slide’ı kendi görüntülerinizde kullanmak için abone olun (PayPal veya kart; abone olduğunuzda faturalandırılır, hesabınızdan istediğiniz zaman iptal edebilirsiniz).

SlideScope’u indirin