Yerel ölçümleme

Tek bir piksel dışarı çıkmadan çekirdek, hücre ve partikül sayın

Yerel ölçümleme, zaten baktığınız preparatı sayıya çevirir. Bölütleme ve ölçüm kendi bilgisayarınızda çalışır; yayımlanmamış ve hastadan gelen görüntüler makineden hiç çıkmaz ve sonuç görüntüyle aynı pencerede belirir.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Neden burada ölçümlemeli

Pikselleriniz makinenizde kalır

Bölütleme ve ölçüm yerelde çalışır. Yalnızca model ağırlıkları indirilir ve SlideScope bunların SHA-256 özetini yüklemeden önce doğrular. Görüntüden hiçbir şey yüklenmez; yayımlanmamış veri, hastadan gelen materyal ve etik kurul süreçlerinde asıl fark budur.

İki motor, ikisi de açık

Çekirdek ve hücreler için doğrulanmış InstanSeg derin öğrenme ağırlıklarını ya da Otsu otomatik seçimi, polarite algılama, yumuşatma ve alan sınırları olan açık bir klasik eşiği kullanın. Bir sayıyı hangi motorun ürettiğini her zaman bilirsiniz ve yöntem özeti bunu kaydeder.

Yinelenebilir olsun diye tasarlandı

Her çalıştırma kayıtlı bir tarifle tanımlanır: nesne türü, motor, kanal, eşikler, alan sınırları, işaretleyici kanalları. Tarifi yeniden yükleyin, klasörü tekrar çalıştırın, aynı analizi alın. Dışa aktarılan yöntem özeti bir makaleye yapıştırılmak üzere yazılmıştır.

Ne elde edersiniz

  • Nesne sayıları ve piksel boyutu kayıtlıysa milimetrekare başına kalibre edilmiş yoğunluk
  • Her nesne için alan, çevre ve şekil tanımlayıcıları
  • Yalnızca bölütleme kanalında değil, her kanalda ortalama şiddet
  • Bir veya iki işaretleyici kanalına göre isteğe bağlı pozitif nesne sınıflandırması
  • Tüm nesne popülasyonu boyunca boyut ve şiddet dağılımları
  • Düzenlenebilir katmanlar; yanlış bölütlenen bir nesneyi dışa aktarmadan önce çıkarabilirsiniz

Gerçek iş akışlarına uyan çıktılar

  • R, Python, Prism veya bir hesap tablosunda istatistik için CSV nesne tablosu
  • QuPath ve ASAP’ın doğrudan içe aktardığı GeoJSON sınırları
  • Tarifi dosya üst verisine gömülü etiketli maske TIFF
  • Şekiller ve sunumlar için işaretlenmiş PNG
  • Program aracılığıyla kullanım için özet JSON
  • Makaleye yapıştırabileceğiniz yazılı bir yöntem özeti

Görüntüden sayıya beş dakika

  1. Bölgeyi seçin

    Görüntünün tamamını ya da yalnızca seçtiğiniz bölgeyi ölçümleyin. Bölge üzerinde çalışmak gigapiksel bir preparatı hızlı tutar ve analizi gerçekten önemsediğiniz dokuda tutar.

  2. Nesne ve motoru belirleyin

    Çekirdek, hücre veya partikül. Çekirdek ve hücreler için InstanSeg; diğerleri için ya da tümüyle açık bir kurala ihtiyacınız olduğunda klasik eşikleme.

  3. Katmanı denetleyin

    Sonuçlar görüntü üzerinde katman olarak gelir. Nesne tablosunu gezin, aykırı değerleri inceleyin ve bölütlemenin yanlış okuduğunu çıkarın. Siz onaylayana kadar hiçbir şey kesin değildir.

  4. Dışa aktarın ya da klasörü toplu işleyin

    Paketi dışa aktarın ya da ayarları tarif olarak kaydedip aynı analizi tek geçişte bütün bir klasöre uygulayın; birleşik bir toplu özet alırsınız.

Sık sorulan sorular

Görüntülerim bilgisayarımdan çıkıyor mu?

Hayır. Bölütleme ve ölçüm kendi makinenizde, SlideScope süreci içinde çalışır. Tek ağ isteği model ağırlıklarının bir kereye mahsus indirilmesidir ve SlideScope herhangi bir kodu yüklemeden önce hem arşivin hem modelin SHA-256 özetini doğrular.

Hangi motoru kullanmalıyım?

Aydınlık alan veya floresansta çekirdek ve hücreler için InstanSeg: birbirine değen nesneleri bir eşikten çok daha iyi ayırır. Partiküller, alışılmadık boyamalar ya da yöntem bölümünde tam olarak ifade edebileceğiniz bir kural gerektiğinde klasik motor.

Yayın için bu sayılara güvenebilir miyim?

Onları sizin kalite kontrolünüzü gerektiren araştırma çıktısı olarak görün. SlideScope bölütlemeyi tam da denetleyebilesiniz diye düzenlenebilir katman olarak gösterir ve her sayının nasıl üretildiğini anlatan bir yöntem özeti dışa aktarır. Sonuçlar tanı veya klinik karar için doğrulanmamıştır.

Yalnızca araştırma amaçlıdır. Sonuçlar görsel kalite kontrolü gerektirir ve tanı ya da klinik karar için doğrulanmamıştır.

Bu hafta kendi preparatlarınızı ölçümleyin

14 günlük deneme tam erişimlidir; yerel ölçümleme ve klasör toplu çalıştırmaları dahildir. Laboratuvarınızın gerçekten üzerinde çalıştığı görüntülerle deneyin.

Denemeyi başlat