Локальный количественный анализ

Считайте ядра, клетки и частицы, не отправляя наружу ни одного пикселя

Локальный количественный анализ превращает препарат, который вы и так смотрите, в числа. Сегментация и измерение выполняются на вашем компьютере, поэтому неопубликованные и полученные от пациентов изображения никогда не покидают машину, а результат появляется в том же окне, что и изображение.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Почему считать здесь

Ваши пиксели остаются на вашей машине

Сегментация и измерение выполняются локально. Загружаются только веса модели, и SlideScope проверяет их хеш SHA-256 перед загрузкой. Ничего из изображения не отправляется — именно это решает дело для неопубликованных данных, материала от пациентов и этических комитетов.

Два движка, оба прозрачные

Используйте проверенные веса глубокого обучения InstanSeg для ядер и клеток либо явный классический порог с автоподбором по Оцу, определением полярности, сглаживанием и границами площади. Вы всегда знаете, каким движком получено число, и сводка по методам это фиксирует.

Сделано ради воспроизводимости

Каждый запуск описан сохранённым рецептом: тип объектов, движок, канал, пороги, границы площади, каналы маркеров. Загрузите рецепт, повторите обработку папки — получите тот же анализ. Экспортируемая сводка по методам написана так, чтобы вставить её в рукопись.

Что получается на выходе

  • Число объектов и калиброванная плотность на квадратный миллиметр везде, где записан размер пикселя
  • Площадь, периметр и дескрипторы формы для каждого объекта
  • Средняя интенсивность в каждом канале, а не только в канале сегментации
  • Необязательная классификация маркер-положительных объектов по одному или двум каналам маркеров
  • Распределения размеров и интенсивностей по всей популяции объектов
  • Редактируемые наложения: объект, распознанный неверно, можно исключить до экспорта

Экспорт под реальные рабочие процессы

  • Таблица объектов CSV для статистики в R, Python, Prism или электронной таблице
  • Контуры GeoJSON, которые QuPath и ASAP импортируют напрямую
  • Размеченная маска TIFF с рецептом в метаданных файла
  • Аннотированный PNG для рисунков и презентаций
  • Сводный JSON для программного использования далее
  • Готовая сводка по методам для вставки в рукопись

Пять минут от изображения до чисел

  1. Выберите область

    Считайте всё изображение или только выделенную область. Работа с областью сохраняет отзывчивость гигапиксельного препарата и удерживает анализ на той ткани, которая вам действительно нужна.

  2. Выберите объекты и движок

    Ядра, клетки или частицы. InstanSeg для ядер и клеток, классическая пороговая обработка для остального или когда нужно полностью явное правило.

  3. Проверьте наложение

    Результаты появляются наложением на изображение. Пролистайте таблицу объектов, просмотрите выбросы и исключите то, что сегментация прочитала неверно. Ничего не окончательно, пока вы не подтвердите.

  4. Экспортируйте или обработайте папку

    Экспортируйте пакет либо сохраните настройки как рецепт и выполните тот же анализ по всей папке за один проход со сводкой по пакету.

Частые вопросы

Мои изображения покидают компьютер?

Нет. Сегментация и измерение выполняются в процессе SlideScope на вашей машине. Единственный сетевой запрос — разовая загрузка весов модели, и SlideScope проверяет хеш SHA-256 и архива, и модели прежде, чем загрузить хоть какой-то код.

Какой движок выбрать?

InstanSeg для ядер и клеток в светлом поле или флуоресценции: он разделяет соприкасающиеся объекты заметно лучше порога. Классический движок — для частиц, для необычных окрасок или когда нужно правило, которое можно точно описать в разделе методов.

Можно ли доверять числам для публикации?

Считайте их исследовательским результатом, требующим вашего контроля качества. SlideScope показывает сегментацию редактируемым наложением именно для того, чтобы вы её проверили, и экспортирует сводку по методам с описанием получения каждого числа. Результаты не валидированы для диагностики и клинических решений.

Только для исследовательских целей. Результаты требуют визуального контроля качества и не валидированы для диагностики или клинических решений.

Посчитайте свои препараты на этой неделе

14-дневная пробная версия даёт полный доступ, включая локальный количественный анализ и пакетную обработку папок. Проверьте на тех изображениях, с которыми реально работает ваша лаборатория.

Начать пробный период