เปิดไฟล์ ZEISS CZI ใน SlideScope บน Windows หรือ macOS โดยไม่ต้องแปลงไฟล์ก่อน ตรวจสอบแชนเนลและมิติของภาพที่บันทึกไว้ การดูบนเครื่องจะไม่อัปโหลดภาพ
ไฟล์ CZI หนึ่งไฟล์อาจมีหลายซีน เช่น หลุมของเพลต ขอบเขตไทล์ หรือขอบเขตการสแกนของสไลด์ SlideScope แสดงแต่ละซีนแยกกันหรือแสดงทุกซีนพร้อมกัน และส่งออกซีนที่คุณกำลังดูหรือทุกซีนเป็น OME-TIFF วิดีโอและขั้นตอนด้านล่างใช้ไฟล์ตัวอย่างสาธารณะที่มีสองซีน
ไฟล์ CZI อาจมีหลายซีน: หลุมของเพลต ขอบเขตไทล์ หรือขอบเขตการสแกน นี่คือวิธีดูแต่ละซีน และส่งออกเป็น OME-TIFF
CZI ที่มีสองซีน เปิดได้โดยตรง ไม่ต้องแปลงไฟล์ ตัวควบคุม Scene ใช้เลื่อนจากซีนหนึ่งไปอีกซีน ซีน 2 คือหลุม D7 ซีน 1 คือหลุม D6 XY Overview วางแต่ละซีนไว้ในตำแหน่งที่บันทึกไว้ สองหลุมนี้อยู่ห่างกัน 9 mm
ผสมช่องสัญญาณเป็นภาพเดียว ปิดช่องสัญญาณเพื่อดูว่าช่องนั้นมีส่วนอะไร ซูมเข้า แถบมาตราส่วนยังคงปรับเทียบอยู่ Details แสดงขนาดพิกเซล ช่องสัญญาณ และการตั้งค่าการถ่ายภาพ
หากต้องการส่งออก ให้เลือก File แล้วเลือก Export Current Image as TIFF ขณะดูซีนเดียว จะส่งออกเฉพาะซีนนั้น ก่อนเริ่ม คุณจะเห็นขนาดพิกเซล ช่องสัญญาณ และการบีบอัดที่จะเขียน หากต้องการส่งออกทุกซีน ให้เปิด XY Overview ก่อน ทุกซีนอยู่ในไฟล์ OME-TIFF ไฟล์เดียว แต่ละซีนเป็นภาพแยกในไฟล์นั้น
เปิดผลลัพธ์ มีครบทั้งสองซีน เป็นภาพ 1 และภาพ 2 ขนาดพิกเซลและชื่อช่องสัญญาณถูกส่งต่อมาครบ
บัญชีฟรีช่วยให้คุณเปิดและดูภาพในเครื่องได้ก่อนทดลองใช้ การส่งออกต้องใช้การทดลองใช้ 3 วันหรือการสมัครสมาชิก การสแกนแบบไทล์ขนาดใหญ่ส่งออกที่ความละเอียดภาพรวม ไม่ใช่การสแกนเต็ม เป็นแอปเดียวกันทั้งบน macOS และ Windows ภาพนี้เรนเดอร์บน Windows
เลือก File › Open File… (Ctrl+O บน Windows, ⌘O บน Mac) หรือลากไฟล์ .czi ไปวางในหน้าต่าง ซีนแรกจะปรากฏทันที ไม่มีการแปลงไฟล์และไม่มีการอัปโหลดไฟล์
ไฟล์ที่มีหลายซีนจะแสดงตัวควบคุม Scene ใต้ภาพ ใช้ − และ + หรือพิมพ์หมายเลข แต่ละซีนคงขนาดของตัวเองและชื่อจากไฟล์ไว้ เช่น หลุม (D6, D7) หรือขอบเขตไทล์
คลิก XY Overview ข้างตัวควบคุม Scene หรือเลือก View › XY Overview (Ctrl+Shift+X) แต่ละซีนจะถูกวาดในตำแหน่งที่บันทึกไว้ รวมถึงช่องว่างระหว่างซีน คลิกซีนเพื่อเลือก และดับเบิลคลิกเพื่อเปิด ซีนที่อยู่ห่างกันมาก เช่น หลุมที่ห่างกัน 9 mm จะแสดงเป็นไทล์เล็ก ๆ ในตอนแรก ให้ซูมเข้าเพื่อดู
ใน Display ให้ติ๊ก Blend channels into one view เพื่อดูภาพผสมสี หรือปิดทีละช่องสัญญาณ Details แสดงขนาดพิกเซล มิติ ซีนปัจจุบัน และขนาดของซีน ความสว่าง คอนทราสต์ และสีเปลี่ยนเฉพาะสิ่งที่คุณเห็น ไม่เคยเปลี่ยนพิกเซลที่จัดเก็บไว้
เลือก File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C) เลือกโฟลเดอร์และชื่อไฟล์ SlideScope จะแนะนำชื่อที่ลงท้ายด้วย .ome.tif
ขณะที่มีซีนเดียวแสดงบนหน้าจอ จะส่งออกเฉพาะซีนนั้น โดยใช้ชื่อเช่น sample_scene-2.ome.tif หากต้องการส่งออกทุกซีน ให้เปิด XY Overview ก่อน ทุกซีนจะอยู่ในไฟล์ OME-TIFF ไฟล์เดียว แต่ละซีนเป็นภาพแยกของตัวเองตามขนาดของตัวเอง ก่อนเขียนข้อมูลใด ๆ จะมีหน้าต่างยืนยันแสดงขนาด ขนาดพิกเซล ช่องสัญญาณ และการบีบอัด
คลิก Open Exported TIFF เมื่อส่งออกเสร็จ SlideScope แสดงแต่ละซีนที่ส่งออกเป็นภาพหนึ่งภาพ ไล่ดูได้ด้วยตัวควบคุม Image โปรแกรมอ่าน OME-TIFF ที่รองรับหลายภาพต่อไฟล์ เช่น Bio-Formats ใน Fiji จะแสดงภาพเหล่านี้เป็นซีรีส์แยกกัน
Windows 10 หรือ 11 หรือ macOS 14 ขึ้นไปบน Apple Silicon หรือ Intel สำรวจคลังภาพตัวอย่างในตัวได้ฟรี พร้อมเครื่องมือทุกอย่าง เปิดภาพของคุณเองได้ด้วยการทดลองใช้ฟรี 3 วัน การส่งออกต้องใช้การทดลองใช้ 3 วันหรือการสมัครสมาชิก (US$25.00 ต่อเดือนหลังสิ้นสุดการทดลองใช้)
ซีนจะไล่ดูทีละซีนได้เมื่อมีชนิดพิกเซลเดียวกัน และมีช่องสัญญาณ ระนาบ Z และจุดเวลาเหมือนกัน หากไม่เป็นเช่นนั้น SlideScope จะแสดงซีนแรกและบอกเหตุผลใน Details หากไม่เป็นไปตามที่คุณคาดไว้ โปรดส่งไฟล์มาให้เรา
สีของช่องสัญญาณมาจากไฟล์หากไฟล์บันทึกไว้ เปลี่ยนสีได้ใน Display › Channel colour… ไฟล์ที่ส่งออกจะบันทึกสีที่คุณตั้งไว้
การสแกนแบบไทล์ขนาดใหญ่จะส่งออกที่ความละเอียดภาพรวม และหน้าต่างยืนยันจะแจ้งไว้ก่อนเขียนข้อมูลใด ๆ การสแกนความละเอียดเต็มยังดูได้ใน SlideScope
การดูภาพใช้งานได้ด้วยบัญชีฟรี การส่งออกต้องใช้การทดลองใช้ฟรีหรือการสมัครสมาชิก
ตัวอย่างในวิดีโอและภาพหน้าจอ: S2_3x3_CH2.czi จากข้อมูลตัวอย่างของ czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0) สองซีนของโมเสก 3 × 3 ที่มี DAPI และ EGFP ไม่มีข้อมูลลูกค้า
| เครื่องมือ | ค่าใช้จ่าย | แพลตฟอร์ม | เหมาะสำหรับ |
|---|---|---|---|
| ZEISS ZEN lite | ฟรี (ต้องมี ZEISS ID เพื่อดาวน์โหลด) | Windows | โปรแกรมดูภาพของผู้ผลิตเอง ใกล้เคียงกับซอฟต์แวร์ถ่ายภาพมากที่สุด |
| Fiji / ImageJ พร้อม Bio-Formats | ฟรี โอเพนซอร์ส | Windows, macOS, Linux | วิเคราะห์ด้วยปลั๊กอินและมาโคร; แต่ละซีนนำเข้าเป็นหนึ่งซีรีส์ |
| QuPath | ฟรี โอเพนซอร์ส | Windows, macOS, Linux | โปรเจกต์วิเคราะห์ภาพสไลด์ทั้งแผ่นและการเขียนสคริปต์ |
| SlideScope | ภาพตัวอย่างฟรีพร้อมเครื่องมือทุกอย่าง ทดลองใช้ฟรี 3 วันเพื่อเปิดภาพของคุณเอง จากนั้นสมัครสมาชิกเริ่มต้น $25/เดือน | Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon และ Intel) | ดู วัด และใส่คำอธิบายประกอบ CZI ควบคู่กับ CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM และ TIFF โดยไฟล์ยังคงอยู่ในคอมพิวเตอร์ของคุณ |
คุณเปิดไฟล์ ZEISS CZI ได้ด้วย ZEN lite โปรแกรมดูภาพฟรีของ ZEISS สำหรับ Windows ด้วย Fiji หรือ QuPath ซึ่งใช้ได้ฟรีและอ่าน CZI ผ่าน Bio-Formats บน Windows, Mac และ Linux หรือด้วย SlideScope โปรแกรมดูภาพบนเดสก์ท็อปสำหรับ Windows และ Mac ที่มีช่วงทดลองใช้ฟรี สำหรับ Mac ที่ใช้ Apple silicon นั้น Bio-Formats ไม่สามารถอ่านไฟล์ CZI ที่บีบอัดแบบ JPEG-XR ได้ ขั้นตอนด้านล่างใช้ SlideScope
แหล่งที่มา: เปรียบเทียบโปรแกรมดูภาพสไลด์ทั้งแผ่น (WSI): แพลตฟอร์มและราคา พร้อมลิงก์แหล่งที่มาทุกรายการ (ภาษาอังกฤษ).
ดูเพิ่มเติม: ZEISS ZEN lite: แหล่งดาวน์โหลด การใช้งานบน Mac และทางเลือกอื่น (ภาษาอังกฤษ).
เอกสารของ QuPath ระบุว่าขณะนี้ Bio-Formats ยังไม่รองรับการบีบอัดแบบ JPEG-XR บน Apple silicon และไฟล์ CZI จำนวนมากบีบอัดแบบ JPEG-XR วิธีแก้ที่เอกสารแนะนำคือแปลงไฟล์บนคอมพิวเตอร์เครื่องอื่น หรือเปลี่ยนไปใช้ QuPath รุ่นสำหรับ Intel ส่วน SlideScope ไม่ได้ใช้ Bio-Formats กับ CZI แต่อ่าน CZI ด้วยตัวถอดรหัส JPEG XR ที่รวมมาในตัวเอง ทั้งในรุ่น Windows และรุ่น Mac
แหล่งที่มา: เอกสาร QuPath: รูปแบบภาพที่รองรับ (ภาษาอังกฤษ).
พิจารณา SlideScope เมื่อต้องการโปรแกรมเดสก์ท็อปหนึ่งเดียวที่เปิดไฟล์จากกล้องจุลทรรศน์หลายรูปแบบ และวัดเชิงปริมาณวัตถุมาตรฐานได้บนเครื่องของคุณเอง ใช้เครื่องมือเดิมเมื่อจำเป็นต้องควบคุมกล้อง ประมวลผลแบบเขียนโปรแกรม สร้างสายงานวิเคราะห์ด้วยสคริปต์ หรือจัดการคลังภาพระดับองค์กร
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: ประมวลผลแบบขยายได้ มาโคร ปลั๊กอิน สคริปต์ การแบ่งส่วน วิเคราะห์พยาธิวิทยา และขั้นตอนงาน Python
OMERO: คลังภาพส่วนกลาง สิทธิ์การเข้าถึง การทำงานร่วมกัน และการจัดการข้อมูลขององค์กร
มี ZEN lite (Windows) และ Fiji หรือ QuPath พร้อม Bio-Formats ใช้ได้ฟรี ดาวน์โหลด SlideScope ได้ฟรี คลังภาพตัวอย่างในตัวใช้ได้ฟรีพร้อมเครื่องมือทุกอย่าง ส่วนภาพของคุณเองเปิดได้ด้วยการทดลองใช้ฟรี 3 วัน (ต้องใช้ PayPal หรือบัตร) หลังสิ้นสุดช่วงทดลองใช้จะเป็นแบบสมัครสมาชิก
ใช้ macOS 14 ขึ้นไป เลือกดาวน์โหลดรุ่น Apple Silicon หรือ Intel ที่ตรงกับ Mac และคัดลอกไฟล์ลงที่เก็บข้อมูลในเครื่องก่อนเปิด
ตรวจสอบว่าคัดลอกไฟล์เสร็จแล้ว หากยังเกิดปัญหา ให้แจ้งรุ่นแอป รูปแบบไฟล์ และข้อความผิดพลาดแก่ฝ่ายสนับสนุนเพื่อช่วยตรวจสอบ
เหมาะกับห้องปฏิบัติการวิจัย ศูนย์กล้องจุลทรรศน์ ผู้สอน นักศึกษา และทีมตรวจทานภาพพยาธิวิทยา
อ่านเอกสารต้นฉบับของรูปแบบไฟล์
SlideScope เป็นผลิตภัณฑ์อิสระและไม่เกี่ยวข้องกับ Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari หรือ OMERO ชื่อผลิตภัณฑ์ใช้เพื่อการเปรียบเทียบตามข้อเท็จจริงเท่านั้น
สำรวจสไลด์ทั้งแผ่น ช่องสัญญาณฟลูออเรสเซนซ์ และชุดภาพซ้อนในพื้นที่ทำงานเดียวที่ช่วยให้จดจ่อกับงาน บน Windows และ macOS
มีไฟล์ที่เปิดไม่ได้ หรือรูปแบบที่ยังไม่อยู่ในรายการหรือไม่ รายงานไฟล์หรือรูปแบบ