Güncel uyumluluk matrisi
Matris, SlideScope uygulamasının güncel yönlendirme ve okuyucu davranışından türetilmiştir. Bunu bir ön eleme başvurusu olarak kullanın, ardından ekibinizin kullandığı mikroskop, tarayıcı, yazılım sürümü ve sıkıştırma ayarlarından temsilî dosyaları test edin.
| Biçim ailesi | Kabul edilen uzantılar | Okuyucu davranışı | Önemli kontroller |
|---|---|---|---|
| ZEISS CZI | .czi |
Zaman, Z, kanal, Y ve X boyutlarını normalleştirir; sunulduğunda edinim meta verilerini ve uzamsal kalibrasyonu okur. Aynı piksel türünü ve eksenleri paylaşan sahneler, her biri kendi boyutunda, adım adım geçilebilen ayrı sahneler olur ve XY Overview bunları bir arada gösterir. Ekrandaki sahneyi veya tüm sahneleri OME-TIFF olarak dışa aktarır. | Sahneleri, mozaikleri, alışılmadık alt blok düzenlerini ve çok büyük edinimleri test edin. |
| Nikon ND2 | .nd2 |
Zamanı, Z’yi, kanalları ve görüntü boyutunu eşler. Birden çok sahne konumu, kendi kontrolü olan ayrı bir konum eksenidir ve XY Overview bunları kayıtlı sahne koordinatlarına yerleştirir. | Konum/zaman yorumunu, RGB düzenini, meta verileri ve NIS-Elements’in tam sürüm kuşağını doğrulayın. |
| Aperio SVS | .svs |
TIFF tabanlı tam slayt piramit düzeylerini okur ve bellek kısıtları altında yönetilebilir bir görüntüleme düzeyi seçer. | JPEG/JPEG 2000 kodeklerini, piramit bütünlüğünü, tarayıcı meta verilerini ve istenen çözünürlük düzeyini kontrol edin. |
| TIFF ve OME-TIFF | .tif, .tiff |
Mevcut olduğunda zaman, Z, kanal, Y ve X dahil adlandırılmış eksenleri kullanır. Varsa OME-TIFF ve ImageJ meta verilerini ve uzamsal ölçeği tanır. Düz, çok sayfalı bir TIFF’in her sayfasına erişilebilir. | TIFF esnek bir kapsayıcıdır. Sıkıştırmayı, BigTIFF boyutunu, piramitleri, eksenleri ve meta verilerin korunmasını doğrulayın. |
| Üretici tarayıcı slaytları | .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs |
Tarayıcının kendi görüntü piramidini OpenSlide arka ucu üzerinden okur ve ekrandaki bölgeye uyan düzeyi yükler. Ölçek çubuğu, ölçümler ve açıklamalar her yakınlaştırma düzeyinde tarayıcının mikron kalibrasyonunu kullanır. 1.10.0 sürümünden beri JPEG XR ile sıkıştırılmış NDPI slaytları ve OpenSlide’ın okuyamadığı Leica SCN ve Ventana BIF slaytları da açılır. 1.20.0 sürümünden beri NDP.view’da çizilen açıklamalar (.ndpi dosyasının yanındaki bir .ndpa dosyası) slaytın üzerinde görünür ve ölçümlerinize kopyalanabilir. |
MRXS, VMS ve VMU, piksel verilerini dizin dosyasının yanındaki eşlik eden bir klasörde saklar; bu nedenle yalnızca yerel depolamadan açılır ve uzak bağlantılar için reddedilir. OpenSlide’ın okuyamadığı BIF slaytlarında karo birleşim yerleri henüz birleştirilmez. Temsilî slaytlarda piramit bütünlüğünü ve üretici meta verilerini kontrol edin. |
| Hamamatsu NDPIS (1.10.0 sürümünden beri) | .ndpis |
Hamamatsu floresan setlerini gerçek kanal adları ve renkleriyle, tarayıcının kalibrasyonundan µm cinsinden ölçümlerle açar. | Temsilî bir sette kanal adlarını, renkleri ve kalibrasyonu tarayıcı yazılımıyla karşılaştırarak doğrulayın. |
| Olympus/Evident VSI (1.10.0 sürümünden beri) | .vsi |
Birden çok tarama bölgesi içeren slaytlar dahil cellSens tam slayt ve floresan görüntülerini açar. Her tarama bölgesi kendi piksel boyutuyla ölçülür ve Details paneli objektif, gerçek kanal adları ve renkleri ile edinim tarihi gibi kayıtlı meta verileri gösterir. | Ekibinizin kullandığı cellSens sürümünden çok bölgeli slaytları ve floresan taramaları test edin. |
| Olympus FluoView (1.10.0 sürümünden beri) | .oib, .oif, .oir |
FluoView konfokal dosyalarını gerçek kanal adları ve renkleri, µm cinsinden odak düzlemleri ve gerçek saniye cinsinden zaman noktalarıyla açar. Details paneli objektif, lazerler, dedektörler ve kazançlar ile iğne deliği gibi kayıtlı ayarları gösterir. | Temsilî bir edinimde kanal, Z ve zaman yorumunu FluoView ile karşılaştırarak doğrulayın. |
| Zeiss ZVI ve LSM (1.10.0 sürümünden beri) | .zvi, .lsm |
AxioVision ZVI dosyalarını ve LSM 510’dan LSM 980’e kadar LSM konfokal dosyalarını gerçek kanal adları ve renkleri ile µm cinsinden odak düzlemleriyle açar. Details paneli objektif, pozlama, lazerler, dedektörler ve iğne deliği gibi kayıtlı ayarları gösterir. | Ekibinizin arşivlediği her AxioVision veya ZEN kuşağından dosyaları test edin. |
| Leica LIF, LOF ve XLEF | .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf |
LAS X dosyalarını açar; LOF dosyaları ve XLIF ile XLCF parçalarıyla birlikte XLEF projeleri 1.10.0 sürümünden beri açılır ve LIF desteği aynı sürümde derinleştirilmiştir. Karo taramaları ve çok konumlu edinimler, adım adım geçebileceğiniz veya XY Overview’da kayıtlı sahne koordinatlarına yerleştirilmiş olarak bir arada görebileceğiniz konumlar hâlinde açılır. | Bir XLEF projesinin başvurduğu dosyaları bir arada tutun ve temsilî bir karo taramasında sahne yerleşimini kontrol edin. |
| DeltaVision (1.10.0 sürümünden beri) | .dv, .r3d |
Dekonvolüsyon uygulanmış D3D görüntüleri dahil DeltaVision dosyalarını kanallar, µm cinsinden odak düzlemleri ve saniye cinsinden zaman noktalarıyla açar. Details paneli objektif, pozlama ve filtreler gibi kayıtlı ayarları gösterir. | Sonraki aşamalarda ikisi de kullanılıyorsa aynı edinimin ham ve dekonvolüsyonlu dosyalarını karşılaştırın. |
| MetaMorph (1.10.0 sürümünden beri) | .stk, .nd, MetaSeries .tif |
STK yığınlarını, MetaSeries TIFF dosyalarını ve çok boyutlu edinim .nd setlerini açar. Bir .nd seti tek bir görüntü olarak açılır: dalga boyları kanallara, zaman noktaları bir zaman serisine dönüşür, sahne konumları ise adım adım geçilebilir veya XY Overview’da bir arada görülebilir. |
Bir .nd setinin listelediği TIFF veya STK dosyalarını onun yanında tutun. |
| OME-Zarr (1.10.0 sürümünden beri) | .zarr klasörleri |
Her kuyucuk ve alanıyla HCS plakaları ve OME-XML meta verileriyle bioformats2raw çıktısı dahil OME-NGFF 0.4 ve 0.5 görüntülerini açar. Plaka kuyucukları adım adım geçilebilir veya XY Overview’da bir arada görülebilir. | Yalnızca yerel klasörler: OME-Zarr uzak bir https bağlantısından açılamaz. |
| Gündelik görüntüler (1.10.0 sürümünden beri) | .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp |
PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF ve WebP görüntülerini mikroskopi dosyalarıyla aynı görüntüleyicide açar. | µm cinsinden ölçümlere güvenmeden önce dosyanın bir kalibrasyon kaydedip kaydetmediğini kontrol edin. |
| Philips iSyntax (1.20.0 sürümünden beri) | .isyntax |
Philips iSyntax tam slayt taramalarını piramit, piksel boyutu, etiket ve makro görüntüsüyle açar. SlideScope çözülmüş pikselleri gösterir: Philips’in kendi keskinleştirme, kontrast iyileştirme ve renk profili uygulanmaz ve Details paneli bunu belirtir. | Tam görünüm önemliyse temsilî bir slaytı Philips görüntüleyicisiyle karşılaştırın. Hasarlı veya kesik bir dosya kısmen açılmak yerine reddedilir. |
| KFBio KFB (1.20.0 sürümünden beri) | .kfb |
KFBio parlak alan tam slayt taramalarını piramit ve piksel boyutuyla açar. Hasarlı bir karo bir sonraki daha kaba düzeyden çizilir ve SlideScope bunu belirtir. | KFBF floresan slaytları açılmaz. Tarayıcının görüntülemediği alanlar beyaz görünür. |
| ICS/IDS (1.20.0 sürümünden beri) | .ics, .ids |
SVI Huygens ve DIPlib çıktısı gibi Image Cytometry Standard görüntülerini açar: sürüm 1 .ics/.ids çiftleri ve sürüm 2 tekli dosyalar, gzip ile sıkıştırılmış veriler dahil, ölçek ve eksenleriyle birlikte. Pikseller, Huygens dosyaları için yönelimi dahil Bio-Formats ile eşleşir. |
.ids dosyasını .ics başlık dosyasının yanında tutun. Takvim .ics dosyası tanınır ve görüntü olarak açılmaz. |
| Gatan DM3 ve DM4 (1.20.0 sürümünden beri) | .dm3, .dm4 |
Gatan Digital Micrograph görüntülerini kalibrasyon ve mikroskop meta verileriyle açar. EELS ve EDS spektrum görüntülerinde bir Energy kaydırıcısıyla enerji boyunca ilerlenir; kırınım desenleri ve FFT’ler ise ölçümler yerine nm⁻¹ cinsinden ters uzay ölçek çubuğu alır. | 1B spektrumlar ve 4D-STEM veri kümeleri açılmaz. |
| Olympus SIS (1.20.0 sürümünden beri) | .sis, SIS etiketli .tif |
Olympus analySIS görüntülerini piksel boyutu ve kayıtlı meta verileriyle açar. | .sis aynı zamanda bir Symbian yükleyici uzantısıdır; bu nedenle yalnızca gerçekten TIFF görüntüsü olan dosyalar açılır. |
| Standart DICOM | .dcm, .dicom |
Standart tek ve çok kareli veri kümelerini işler; zamanı, Z’yi, kanalları, kareleri ve seçili meta verileri eşler. Karolu tam slayt DICOM, yerel karo erişimiyle ayrı bir piramit yolu üzerinden okunur. | Aktarım sözdizimini/kodekleri, SOP sınıfını, kimliksizleştirme politikasını ve araştırma amaçlı kullanım gerekliliklerini doğrulayın. |