本機定量

不外傳任何一個像素,就能完成細胞核、細胞與顆粒的定量

本機定量把你正在檢視的切片直接變成數字。分割與量測都在你自己的電腦上執行,未發表資料與來自病人的影像始終不離開本機,結果就出現在顯示影像的同一個視窗中。

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

為什麼在這裡定量

像素留在你的電腦上

分割與量測在本機執行。只下載模型權重,且 SlideScope 會在載入前驗證其 SHA-256 摘要。影像本身不會被上傳——對未發表資料、來自病人的檢體以及倫理審查而言,這正是關鍵差異。

兩種引擎,都能交代清楚

對細胞核與細胞使用通過驗證的 InstanSeg 深度學習權重,或使用可明確說明的傳統閾值法,含 Otsu 自動選閾、極性判斷、平滑與面積上下限。你始終知道某個數字由哪一種引擎得出,方法摘要也會記錄。

為可重現而設計

每次執行都由一份儲存的配方描述:物件類型、引擎、通道、閾值、面積範圍、標記通道。重新載入配方、重跑該資料夾,就能得到相同的分析。匯出的方法摘要寫法可直接貼進稿件。

你會得到什麼

  • 物件計數,只要記錄了像素尺寸就提供每平方毫米的校正密度
  • 每個物件的面積、周長與形狀描述量
  • 每個通道的平均強度,而不只是用於分割的那一個通道
  • 可選的標記陽性分類,針對一至兩個標記通道
  • 整個物件族群的尺寸與強度分布
  • 可編輯的疊圖,匯出前可剔除分割判讀錯誤的物件

貼合實際流程的匯出

  • CSV 物件表格,可在 R、Python、Prism 或試算表中做統計
  • GeoJSON 輪廓,QuPath 與 ASAP 可直接匯入
  • 含標籤的遮罩 TIFF,配方嵌入檔案中繼資料
  • 加註的 PNG,用於圖表與簡報
  • 摘要 JSON,方便後續程式化運用
  • 成文的方法摘要,可直接貼進稿件

五分鐘,從影像到數字

  1. 選擇區域

    對整張影像或僅對所選區域定量。以區域處理能讓十億像素切片保持流暢,也讓分析集中在你真正在意的組織上。

  2. 選定物件與引擎

    細胞核、細胞或顆粒。細胞核與細胞用 InstanSeg;其餘情形,或當你需要一條完全明確的規則時,用傳統閾值法。

  3. 檢查疊圖

    結果以疊圖顯示在影像上。瀏覽物件表格,逐一檢視離群值,剔除分割判讀錯誤的部分。在你確認之前,一切都還能改。

  4. 匯出或批次處理資料夾

    匯出結果包,或把設定存成配方,一次對整個資料夾執行相同分析,並取得合併的批次摘要。

常見問題

我的影像資料會離開電腦嗎?

不會。分割與量測都在你自己電腦上的 SlideScope 程序內執行。唯一的網路請求是一次性下載模型權重,而且 SlideScope 會在載入任何程式碼之前,驗證壓縮檔與模型兩者的 SHA-256 摘要。

我該用哪一種引擎?

明場或螢光下的細胞核與細胞用 InstanSeg:它分離相互接觸的物件遠勝閾值法。顆粒、少見染色,或任何你需要在方法段落精確表述規則的場合,用傳統引擎。

這些數字可以用於發表嗎?

請把它們當成需要你做品管的研究結果。SlideScope 之所以把分割顯示為可編輯疊圖,正是為了讓你查核;它也會匯出方法摘要,說明每個數字如何產生。結果未經驗證用於診斷或臨床決策。

僅供研究使用。結果需要人工目視品管,未經驗證用於診斷或臨床決策。

這週就把自己的切片定量一次

14 天試用為完整功能,包含本機定量與資料夾批次處理。用你實驗室真正在處理的影像試試看。

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