تحويل ND2 إلى TIFF أو OME-TIFF على Windows وMac

طرق تحويل ND2 إلى TIFF

تجنّب المحوّلات عبر الإنترنت لبيانات البحث: فهي ترفع الملف إلى خادم جهة أخرى، ولم نجد منها ما يمكننا التوصية به لملفات ND2.

تحويل ND2 إلى TIFF في NIS-Elements Viewer (مجاني)

1. افتح ملف ND2 في NIS-Elements Viewer (مجاني من Nikon).
2. اختر File › Save/Export to TIFF Files، ثم اختر Standard TIFF أو OME-TIFF؛ وحدّد “Include OME Metadata” للاحتفاظ بالمعايرة، أو “Store into Multipage TIFF” للحصول على ملف واحد لكل سلسلة.
3. أو اختر File › Export ND Document… للحفظ بصيغة TIF أو TIFF متعدد الصفحات أو ND2 أو JPEG2000.

هذه الخطوات مأخوذة من دليل مستخدم Nikon لنظام Windows (5.21). أما عارض Mac (1.10) فهو إصدار أولي بالميزات الأساسية، ولا توثّق Nikon خيارات التصدير فيه.

تحويل ND2 إلى OME-TIFF في Fiji أو باستخدام bfconvert (مجاني)

1. في Fiji، افتح ملف ND2 (يمر عبر مستورد Bio-Formats).
2. اختر Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter واحفظ بصيغة .ome.tif. للملفات التي تتجاوز 4 GB استخدم امتداد BigTIFF مثل .ome.btf؛ فملف .tif العادي محدود بـ 4 GB.

دون فتح Fiji، تحوّل أدوات سطر الأوامر الخاصة بـ Bio-Formats الملفات من الطرفية (نزّل bftools.zip من موقع Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

تتبع صيغة الإخراج الامتداد؛ ويكون الإخراج غير مضغوط ما لم تمرّر -compression؛ و-series 0 يحوّل سلسلة واحدة فقط. أما الشكل الهرمي فيحتاج إلى -noflat، ولا يدعمه إلا OME-TIFF.

تحويل ND2 باستخدام Python

تقرأ حزمة nd2 ملفات ND2، ومنذ الإصدار 0.10.0 تكتب OME-TIFF مباشرةً:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

للحصول على مصفوفة NumPy بدلًا من ذلك، استخدم nd2.imread("input.nd2") أو f.asarray()؛ كما تقرأ bioio ملفات ND2 مع إضافتها bioio-nd2.

تحويل ND2 إلى OME-TIFF في SlideScope (دون شيفرة)

1. افتح ملف ND2 في SlideScope على Windows أو Mac.
2. اختر File › Export Current Image as TIFF… وحدّد وجهة الحفظ. يكتب SlideScope ملف OME-TIFF دون فقدان (.ome.tif) مع أسماء القنوات وألوانها وحجم البكسل، ولا يغيّر الملف الأصلي أبدًا.
3. لملفات كثيرة، اختر File › Open Folder، وحدّد الملفات، وشغّل “Export the selected files…” للحصول على ملف OME-TIFF واحد لكل ملف، مع الاحتفاظ بكل موضع للمنصة كصورة مستقلة بداخله؛ أما “Extract scenes from the selected files…” فيكتب كل موضع للمنصة كملف منفصل بدلًا من ذلك.
4. افتح الناتج في Fiji أو QuPath أو أي قارئ OME-TIFF: يمرّر Fiji ملفات .ome.tif إلى Bio-Formats، الذي يقرأ المعايرة والقنوات.

يتطلب تصدير ملفاتك الخاصة اشتراكًا؛ أما العينات المدمجة فتُصدَّر مجانًا. يجري التحويل على حاسوبك؛ ولا يُرفع أي شيء.

أسئلة حول تحويل ND2

المصادر

• Nikon — NIS-Elements Viewer
• Nikon — دليل مستخدم NIS-Elements Viewer (5.21)
• ImageJ — Bio-Formats (Exporter، OME-TIFF، BigTIFF)
• Bio-Formats — bfconvert
• nd2 (Python)
• توثيق bioio