將 ND2 轉換為 TIFF 的方式
研究資料請避免使用線上轉換器：它們會將檔案上傳到他人的伺服器，而且我們找不到任何值得推薦的 ND2 線上轉換器。
在 NIS-Elements Viewer 中將 ND2 轉換為 TIFF（免費）
- 在 NIS-Elements Viewer（Nikon 免費提供）中開啟 ND2。
- 選擇 File › Save/Export to TIFF Files，並選擇 Standard TIFF 或 OME-TIFF；勾選「Include OME Metadata」以保留校正資訊，或勾選「Store into Multipage TIFF」讓每個序列輸出為一個檔案。
- 或選擇 File › Export ND Document…，儲存為 TIF、多頁 TIFF、ND2 或 JPEG2000。
以上步驟取自 Nikon 的 Windows 使用者指南（5.21）。Mac 版檢視器（1.10）是僅具核心功能的初始版本，Nikon 並未說明其匯出選項。
在 Fiji 中或使用 bfconvert 將 ND2 轉換為 OME-TIFF（免費）
- 在 Fiji 中開啟 ND2 檔案（會經由 Bio-Formats 匯入器開啟）。
- 選擇 Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter，並儲存為
.ome.tif。超過 4 GB 的檔案請使用 BigTIFF 副檔名，例如 .ome.btf；一般 .tif 的上限為 4 GB。
不開啟 Fiji 時，可在終端機中使用 Bio-Formats 命令列工具進行轉換（請從 Bio-Formats 網站下載 bftools.zip）：
bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff
輸出格式取決於副檔名；除非指定 -compression，否則輸出不會壓縮；-series 0 只轉換一個序列。金字塔結構需要 -noflat，而這只有 OME-TIFF 支援。
以 Python 轉換 ND2
nd2 套件可讀取 ND2，並自 0.10.0 版起可直接寫出 OME-TIFF：
import nd2
with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")
若要取得 NumPy 陣列，請改用 nd2.imread("input.nd2") 或 f.asarray()；bioio 搭配其 bioio-nd2 外掛程式也能讀取 ND2。
在 SlideScope 中將 ND2 轉換為 OME-TIFF（免寫程式碼）
- 在 Windows 或 Mac 上以 SlideScope 開啟 ND2 檔案。
- 選擇 File › Export Current Image as TIFF… 並選擇儲存位置。SlideScope 會寫出無損 OME-TIFF（
.ome.tif），保留通道名稱、顏色與像素尺寸，且絕不更動原始檔案。
- 若有多個檔案，請選擇 File › Open Folder，選取檔案後執行「Export the selected files…」，每個檔案輸出一個 OME-TIFF，其中每個載物台位置各自保留為一張影像；若改用「Extract scenes from the selected files…」，則會將每個載物台位置寫成獨立的檔案。
- 在 Fiji、QuPath 或任何 OME-TIFF 讀取程式中開啟結果：Fiji 會將
.ome.tif 檔案交給 Bio-Formats，由它讀取校正資訊與通道。
匯出您自己的檔案需要訂閱；內建範例可免費匯出。轉換在您自己的電腦上執行，不會上傳任何內容。
ND2 轉換常見問題
可以免費將 ND2 轉換為 TIFF 嗎？
可以。Nikon 免費的 NIS-Elements Viewer 可在 Windows 上將 ND2 匯出為 TIFF 與多頁 TIFF，免費的 Fiji 可透過 Bio-Formats Exporter 儲存 OME-TIFF，免費的 bfconvert 與 nd2 Python 工具則可透過腳本轉換。
我應該匯出 TIFF 還是 OME-TIFF？
OME-TIFF。它會保留通道名稱、像素尺寸，以及 Z、時間與位置的結構；一般 TIFF 通常只保留像素，因此在其他軟體中量測時結果會以像素而非 µm 呈現。
為什麼我匯出的 TIFF 看起來是黑色或非常暗？
ND2 影像通常是 12 或 16 位元，檢視器若顯示完整的 0-65,535 範圍，影像就會看起來很暗。資料本身沒有問題：請調整亮度與對比，而不要轉換為 8 位元，因為那會丟失資訊。
如何一次轉換多個 ND2 檔案？
使用 bfconvert 或 nd2 Python 套件逐一處理檔案。在 SlideScope 中，開啟資料夾、選取檔案，並執行「Export the selected files…」，每個檔案輸出一個 OME-TIFF。
SlideScope 是免費的嗎？
SlideScope 是一款付費應用程式，附有免費範例庫（所有工具皆可使用）；開啟您自己的影像需要訂閱，每月 $35 起。
免費探索內建範例庫，所有工具皆可使用。開啟您自己的影像需要訂閱：每月 $35，訂閱時即收費（PayPal 或信用卡），並可隨時在帳戶中取消。另提供年繳方案，每年 $349.99，約等於免費兩個月。
資料來源