Chuyển ND2 sang TIFF hoặc OME-TIFF trên Windows và Mac

Các cách chuyển ND2 sang TIFF

Tránh dùng công cụ chuyển đổi trực tuyến cho dữ liệu nghiên cứu: chúng tải tệp lên máy chủ của người khác, và chúng tôi không tìm thấy công cụ nào đáng khuyên dùng cho ND2.

Chuyển ND2 sang TIFF trong NIS-Elements Viewer (miễn phí)

1. Mở tệp ND2 trong NIS-Elements Viewer (miễn phí từ Nikon).
2. Chọn File › Save/Export to TIFF Files, rồi chọn Standard TIFF hoặc OME-TIFF; đánh dấu “Include OME Metadata” để giữ thông tin hiệu chuẩn, hoặc “Store into Multipage TIFF” để có một tệp cho mỗi chuỗi.
3. Hoặc chọn File › Export ND Document… để lưu dưới dạng TIF, TIFF nhiều trang, ND2 hoặc JPEG2000.

Các bước này lấy từ hướng dẫn sử dụng cho Windows của Nikon (5.21). Trình xem cho Mac (1.10) là bản phát hành đầu tiên với các tính năng cốt lõi, và Nikon không mô tả các tùy chọn xuất của nó trong tài liệu.

Chuyển ND2 sang OME-TIFF trong Fiji hoặc bằng bfconvert (miễn phí)

1. Trong Fiji, mở tệp ND2 (tệp sẽ đi qua trình nhập Bio-Formats).
2. Chọn Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter và lưu dưới dạng .ome.tif. Với tệp lớn hơn 4 GB, hãy dùng phần mở rộng BigTIFF như .ome.btf; tệp .tif thường bị giới hạn ở 4 GB.

Không cần mở Fiji, các công cụ dòng lệnh Bio-Formats có thể chuyển đổi ngay từ terminal (tải bftools.zip từ trang Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Định dạng đầu ra được xác định theo phần mở rộng; đầu ra không nén trừ khi bạn thêm -compression; -series 0 chỉ chuyển đổi một chuỗi. Dạng kim tự tháp cần -noflat, và chỉ OME-TIFF hỗ trợ tùy chọn này.

Chuyển đổi ND2 bằng Python

Gói nd2 đọc được ND2 và, từ phiên bản 0.10.0, ghi trực tiếp ra OME-TIFF:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Nếu muốn có mảng NumPy, hãy dùng nd2.imread("input.nd2") hoặc f.asarray(); bioio cùng plugin bioio-nd2 cũng đọc được ND2.

Chuyển ND2 sang OME-TIFF trong SlideScope (không cần viết mã)

1. Mở tệp ND2 trong SlideScope trên Windows hoặc Mac.
2. Chọn File › Export Current Image as TIFF… và chọn nơi lưu. SlideScope ghi một tệp OME-TIFF không mất dữ liệu (.ome.tif) kèm tên kênh, màu và kích thước điểm ảnh, và không bao giờ thay đổi tệp gốc.
3. Với nhiều tệp, hãy chọn File › Open Folder, chọn các tệp và chạy “Export the selected files…” để có một OME-TIFF cho mỗi tệp, trong đó mỗi vị trí bàn mẫu được giữ thành một ảnh riêng; còn “Extract scenes from the selected files…” thì ghi mỗi vị trí bàn mẫu thành một tệp riêng.
4. Mở kết quả trong Fiji, QuPath hoặc bất kỳ trình đọc OME-TIFF nào: Fiji chuyển tệp .ome.tif cho Bio-Formats, vốn đọc được thông tin hiệu chuẩn và các kênh.

Xuất tệp của chính bạn cần gói thuê bao; các mẫu tích hợp sẵn được xuất miễn phí. Quá trình chuyển đổi chạy trên chính máy tính của bạn; không có gì được tải lên.

Câu hỏi về chuyển đổi ND2

Nguồn

• Nikon — NIS-Elements Viewer
• Nikon — Hướng dẫn sử dụng NIS-Elements Viewer (5.21)
• ImageJ — Bio-Formats (Exporter, OME-TIFF, BigTIFF)
• Bio-Formats — bfconvert
• nd2 (Python)
• Tài liệu bioio