Konversi ND2

Konversi ND2 ke TIFF atau OME-TIFF di Windows dan Mac

Konversikan berkas ND2 ke OME-TIFF, format TIFF terbuka yang mempertahankan nama kanal dan ukuran piksel, dengan perangkat lunak vendor, dengan Fiji atau bfconvert yang gratis, dengan beberapa baris Python, atau di SlideScope tanpa kode. Pilih OME-TIFF daripada TIFF biasa: TIFF biasa umumnya kehilangan kalibrasi dan metadata kanal. Dan jauhkan data yang belum dipublikasikan dari konverter online, yang mengunggah berkas Anda.

Unduh SlideScopeSemua opsi konversi
OME-TIFF losslessKanal dan kalibrasi dipertahankanTanpa unggahan

Cara mengonversi ND2 ke TIFF

AlatBiayaPlatformCatatan
Nikon NIS-Elements ViewerGratisWindows (5.22); macOS 1.10, ekspor tidak didokumentasikanFile › Export ND Document (TIF, TIFF multi-halaman, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files dengan opsi OME-TIFF
Fiji / ImageJ dengan Bio-FormatsGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter ke OME-TIFF
bfconvert (alat Bio-Formats)Gratis, open sourceWindows, macOS, LinuxBaris perintah; batch, BigTIFF, kompresi
Python (nd2, bioio)Gratis, open sourceWindows, macOS, Linuxnd2 menulis OME-TIFF dalam satu panggilan
SlideScopeBerbayar; mengekspor berkas Anda sendiri memerlukan langgananWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF lossless dengan kanal, kalibrasi, dan posisi pentas, tanpa kode, tanpa unggahan

Hindari konverter online untuk data riset: konverter tersebut mengunggah berkas ke server pihak lain, dan kami tidak menemukan satu pun yang dapat kami rekomendasikan untuk ND2.

Konversi ND2 ke TIFF di NIS-Elements Viewer (gratis)

  1. Buka ND2 di NIS-Elements Viewer (gratis dari Nikon).
  2. Pilih File › Save/Export to TIFF Files, lalu pilih Standard TIFF atau OME-TIFF; centang “Include OME Metadata” untuk mempertahankan kalibrasi, atau “Store into Multipage TIFF” untuk satu berkas per series.
  3. Atau pilih File › Export ND Document… untuk menyimpan sebagai TIF, TIFF multi-halaman, ND2, atau JPEG2000.

Langkah-langkah ini berasal dari panduan pengguna Windows Nikon (5.21). Penampil untuk Mac (1.10) adalah rilis awal dengan fitur inti, dan Nikon tidak mendokumentasikan opsi ekspornya.

Konversi ND2 ke OME-TIFF di Fiji atau dengan bfconvert (gratis)

  1. Di Fiji, buka berkas ND2 (berkas melewati importer Bio-Formats).
  2. Pilih Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter dan simpan sebagai .ome.tif. Untuk berkas di atas 4 GB, gunakan ekstensi BigTIFF seperti .ome.btf; .tif biasa terbatas pada 4 GB.

Tanpa membuka Fiji, alat baris perintah Bio-Formats dapat mengonversi dari terminal (unduh bftools.zip dari situs Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Format keluaran mengikuti ekstensinya; keluaran tidak dikompresi kecuali Anda menambahkan -compression; -series 0 hanya mengonversi satu series. Bentuk piramida memerlukan -noflat, yang hanya didukung oleh OME-TIFF.

Konversi ND2 dengan Python

Paket nd2 membaca ND2 dan, sejak versi 0.10.0, menulis OME-TIFF secara langsung:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Untuk mendapatkan array NumPy, gunakan nd2.imread("input.nd2") atau f.asarray(); bioio dengan plugin bioio-nd2 juga dapat membaca ND2.

Konversi ND2 ke OME-TIFF di SlideScope (tanpa kode)

  1. Buka berkas ND2 di SlideScope pada Windows atau Mac.
  2. Pilih File › Export Current Image as TIFF… dan tentukan tujuannya. SlideScope menulis OME-TIFF lossless (.ome.tif) dengan nama kanal, warna, dan ukuran piksel, serta tidak pernah mengubah berkas asli.
  3. Untuk banyak berkas, pilih File › Open Folder, pilih berkas-berkasnya, lalu jalankan “Export the selected files…” untuk mendapatkan satu OME-TIFF per berkas, dengan setiap posisi pentas tersimpan sebagai citra tersendiri di dalamnya; “Extract scenes from the selected files…” justru menulis setiap posisi pentas sebagai berkas terpisah.
  4. Buka hasilnya di Fiji, QuPath, atau pembaca OME-TIFF mana pun: Fiji meneruskan berkas .ome.tif ke Bio-Formats, yang membaca kalibrasi dan kanalnya.

Mengekspor berkas Anda sendiri memerlukan langganan; sampel bawaan dapat diekspor secara gratis. Konversi berjalan di komputer Anda sendiri; tidak ada yang diunggah.

Pertanyaan seputar konversi ND2

Bisakah saya mengonversi ND2 ke TIFF secara gratis?

Ya. NIS-Elements Viewer gratis dari Nikon mengekspor ND2 ke TIFF dan TIFF multi-halaman di Windows, Fiji (gratis) menyimpan OME-TIFF melalui Bio-Formats Exporter, dan alat bfconvert serta nd2 untuk Python yang gratis dapat mengonversi lewat skrip.

Sebaiknya saya mengekspor TIFF atau OME-TIFF?

OME-TIFF. Format ini mempertahankan nama kanal, ukuran piksel, serta struktur Z, waktu, dan posisi; TIFF biasa umumnya hanya menyimpan pikselnya, sehingga pengukuran di aplikasi lain keluar dalam piksel, bukan µm.

Mengapa TIFF hasil ekspor saya tampak hitam atau sangat gelap?

Citra ND2 biasanya 12 atau 16-bit, dan penampil yang menampilkan rentang penuh 0-65.535 membuatnya tampak gelap. Datanya tidak bermasalah: sesuaikan kecerahan dan kontras alih-alih mengonversi ke 8-bit, yang membuang informasi.

Bagaimana cara mengonversi banyak berkas ND2 sekaligus?

Lakukan perulangan atas berkas-berkas tersebut dengan bfconvert atau paket Python nd2. Di SlideScope, buka foldernya, pilih berkas-berkasnya, lalu jalankan “Export the selected files…” untuk mendapatkan satu OME-TIFF per berkas.

Apakah SlideScope gratis?

SlideScope adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat); citra Anda sendiri memerlukan langganan mulai $35/bulan.

Jelajahi pustaka sampel bawaan secara gratis, dengan semua alat. Membuka citra Anda sendiri memerlukan langganan: $35/bulan, ditagih saat Anda berlangganan (PayPal atau kartu), dan Anda dapat membatalkan kapan saja dari akun Anda. Tagihan tahunan tersedia seharga $349.99/tahun, setara dengan sekitar dua bulan gratis.

Konversi tanpa mengunggah

Coba gratis pada sampel bawaan, lalu buka berkas ND2 Anda sendiri dan ekspor OME-TIFF lossless dengan langganan. Sudah memutuskan? Berlangganan sekarang.

Unduh SlideScope