ND2-conversie

ND2 naar TIFF of OME-TIFF converteren op Windows en Mac

Converteer ND2-bestanden naar OME-TIFF, de open TIFF die kanaalnamen en pixelgrootte bewaart: met de software van de fabrikant, met het gratis Fiji of bfconvert, met een paar regels Python, of zonder code in SlideScope. Kies liever OME-TIFF dan een gewone TIFF: een gewone TIFF verliest meestal de kalibratie en de kanaalmetadata. En houd ongepubliceerde data weg van online converters, want die uploaden je bestand.

SlideScope downloadenAlle conversieopties
Verliesvrije OME-TIFFKanalen en kalibratie blijven behoudenGeen upload

Manieren om ND2 naar TIFF te converteren

ToolKostenPlatformsOpmerkingen
Nikon NIS-Elements ViewerGratisWindows (5.22); macOS 1.10, export niet gedocumenteerdFile › Export ND Document (TIF, TIFF met meerdere pagina's, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files met een OME-TIFF-optie
Fiji / ImageJ met Bio-FormatsGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter naar OME-TIFF
bfconvert (Bio-Formats-tools)Gratis, open sourceWindows, macOS, LinuxOpdrachtregel; batch, BigTIFF, compressie
Python (nd2, bioio)Gratis, open sourceWindows, macOS, Linuxnd2 schrijft OME-TIFF in één aanroep
SlideScopeBetaald; voor het exporteren van je eigen bestanden heb je een abonnement nodigWindows 10/11, macOS 14+Verliesvrije OME-TIFF met kanalen, kalibratie en tafelposities, zonder code, zonder upload

Vermijd online converters voor onderzoeksdata: ze uploaden het bestand naar de server van een ander, en we vonden er geen die we voor ND2 konden aanbevelen.

ND2 naar TIFF converteren in NIS-Elements Viewer (gratis)

  1. Open de ND2 in NIS-Elements Viewer (gratis van Nikon).
  2. Kies File › Save/Export to TIFF Files en kies Standard TIFF of OME-TIFF; vink “Include OME Metadata” aan om de kalibratie te bewaren, of “Store into Multipage TIFF” voor één bestand per serie.
  3. Of kies File › Export ND Document… om op te slaan als TIF, TIFF met meerdere pagina's, ND2 of JPEG2000.

Deze stappen komen uit de Windows-gebruikershandleiding van Nikon (5.21). De Mac-viewer (1.10) is een eerste release met de kernfuncties, en Nikon documenteert de exportopties ervan niet.

ND2 naar OME-TIFF converteren in Fiji of met bfconvert (gratis)

  1. Open het ND2-bestand in Fiji (het gaat via de Bio-Formats-importer).
  2. Kies Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter en sla op als .ome.tif. Gebruik voor bestanden van meer dan 4 GB een BigTIFF-extensie zoals .ome.btf; een gewone .tif is beperkt tot 4 GB.

Zonder Fiji te openen converteren de Bio-Formats-opdrachtregeltools vanuit een terminal (download bftools.zip van de Bio-Formats-site):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Het uitvoerformaat volgt de extensie; de uitvoer is ongecomprimeerd tenzij je -compression meegeeft; -series 0 converteert maar één serie. Voor de piramidevorm is -noflat nodig, en dat ondersteunt alleen OME-TIFF.

ND2 converteren in Python

Het pakket nd2 leest ND2 en schrijft sinds versie 0.10.0 direct OME-TIFF:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Wil je liever een NumPy-array, gebruik dan nd2.imread("input.nd2") of f.asarray(); bioio leest met de plugin bioio-nd2 ook ND2.

ND2 naar OME-TIFF converteren in SlideScope (zonder code)

  1. Open het ND2-bestand in SlideScope op Windows of Mac.
  2. Kies File › Export Current Image as TIFF… en kies een doellocatie. SlideScope schrijft een verliesvrije OME-TIFF (.ome.tif) met de kanaalnamen, kleuren en pixelgrootte, en wijzigt het originele bestand nooit.
  3. Voor veel bestanden kies je File › Open Folder, selecteer je de bestanden en voer je “Export the selected files…” uit voor één OME-TIFF per bestand, waarin elke tafelpositie als een eigen beeld bewaard blijft; “Extract scenes from the selected files…” schrijft in plaats daarvan elke tafelpositie als een apart bestand weg.
  4. Open het resultaat in Fiji, QuPath of een andere OME-TIFF-lezer: Fiji geeft .ome.tif-bestanden door aan Bio-Formats, dat de kalibratie en kanalen inleest.

Voor het exporteren van je eigen bestanden heb je een abonnement nodig; de ingebouwde voorbeelden exporteer je gratis. De conversie draait op je eigen computer; er wordt niets geüpload.

Vragen over ND2-conversie

Kan ik ND2 gratis naar TIFF converteren?

Ja. De gratis NIS-Elements Viewer van Nikon exporteert ND2 op Windows naar TIFF en TIFF met meerdere pagina's, Fiji (gratis) slaat OME-TIFF op via de Bio-Formats Exporter, en de gratis tools bfconvert en nd2 voor Python converteren vanuit een script.

Moet ik TIFF of OME-TIFF exporteren?

OME-TIFF. Dat bewaart de kanaalnamen, de pixelgrootte en de structuur van Z, tijd en posities; een gewone TIFF bewaart meestal alleen de pixels, zodat metingen elders in pixels uitkomen in plaats van in µm.

Waarom ziet mijn geëxporteerde TIFF er zwart of heel donker uit?

ND2-beelden zijn meestal 12- of 16-bit, en een viewer die het volledige bereik van 0-65.535 toont, laat ze donker lijken. De data is in orde: pas helderheid en contrast aan in plaats van naar 8-bit te converteren, want dan gooi je informatie weg.

Hoe converteer ik veel ND2-bestanden tegelijk?

Loop over de bestanden met bfconvert of het nd2-pakket voor Python. Open in SlideScope de map, selecteer de bestanden en voer “Export the selected files…” uit voor één OME-TIFF per bestand.

Is SlideScope gratis?

SlideScope is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool); voor je eigen beelden heb je een abonnement nodig vanaf $35/maand.

Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met elke tool. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig: $35/maand, gefactureerd wanneer je je abonneert (PayPal of kaart), en je kunt altijd opzeggen vanuit je account. Jaarlijkse facturering is beschikbaar voor $349.99/jaar, wat neerkomt op ongeveer twee maanden gratis.

Converteren zonder te uploaden

Probeer het gratis met de ingebouwde voorbeelden, en open daarna met een abonnement je eigen ND2-bestanden en exporteer verliesvrije OME-TIFF. Al besloten? Nu abonneren.

SlideScope downloaden