ND2-Konvertierung

ND2 in TIFF oder OME-TIFF konvertieren, unter Windows und Mac

Konvertieren Sie ND2-Dateien in OME-TIFF, das offene TIFF-Format, das Kanalnamen und Pixelgröße erhält: mit der Software des Herstellers, mit dem kostenlosen Fiji oder bfconvert, mit ein paar Zeilen Python oder in SlideScope ohne Code. Ziehen Sie OME-TIFF einem einfachen TIFF vor: Ein einfaches TIFF verliert meist die Kalibrierung und die Kanal-Metadaten. Und halten Sie unveröffentlichte Daten von Online-Konvertern fern, denn diese laden Ihre Datei hoch.

SlideScope herunterladenAlle Konvertierungsmöglichkeiten
Verlustfreies OME-TIFFKanäle und Kalibrierung bleiben erhaltenKein Upload

Möglichkeiten, ND2 in TIFF zu konvertieren

WerkzeugKostenPlattformenHinweise
Nikon NIS-Elements ViewerKostenlosWindows (5.22); macOS 1.10, Export nicht dokumentiertFile › Export ND Document (TIF, mehrseitiges TIFF, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files mit OME-TIFF-Option
Fiji / ImageJ mit Bio-FormatsKostenlos, Open SourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter nach OME-TIFF
bfconvert (Bio-Formats-Tools)Kostenlos, Open SourceWindows, macOS, LinuxKommandozeile; Stapelverarbeitung, BigTIFF, Kompression
Python (nd2, bioio)Kostenlos, Open SourceWindows, macOS, Linuxnd2 schreibt OME-TIFF mit einem einzigen Aufruf
SlideScopeKostenpflichtig; für den Export Ihrer eigenen Dateien benötigen Sie ein AbonnementWindows 10/11, macOS 14+Verlustfreies OME-TIFF mit Kanälen, Kalibrierung und Tischpositionen, ohne Code, ohne Upload

Meiden Sie Online-Konverter für Forschungsdaten: Sie laden die Datei auf den Server eines Dritten hoch, und wir haben keinen gefunden, den wir für ND2 empfehlen könnten.

ND2 im NIS-Elements Viewer in TIFF konvertieren (kostenlos)

  1. Öffnen Sie die ND2-Datei im NIS-Elements Viewer (kostenlos von Nikon).
  2. Wählen Sie File › Save/Export to TIFF Files und dann Standard TIFF oder OME-TIFF; aktivieren Sie „Include OME Metadata“, um die Kalibrierung zu erhalten, oder „Store into Multipage TIFF“ für eine Datei pro Serie.
  3. Oder wählen Sie File › Export ND Document…, um als TIF, mehrseitiges TIFF, ND2 oder JPEG2000 zu speichern.

Diese Schritte stammen aus Nikons Benutzerhandbuch für Windows (5.21). Der Mac-Viewer (1.10) ist eine Erstversion mit den Kernfunktionen, und Nikon dokumentiert seine Exportoptionen nicht.

ND2 in Fiji oder mit bfconvert in OME-TIFF konvertieren (kostenlos)

  1. Öffnen Sie die ND2-Datei in Fiji (sie läuft über den Bio-Formats-Importer).
  2. Wählen Sie Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter und speichern Sie als .ome.tif. Für Dateien über 4 GB verwenden Sie eine BigTIFF-Endung wie .ome.btf; ein einfaches .tif ist auf 4 GB begrenzt.

Ohne Fiji zu öffnen, konvertieren die Bio-Formats-Kommandozeilentools aus einem Terminal heraus (laden Sie bftools.zip von der Bio-Formats-Website herunter):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Das Ausgabeformat richtet sich nach der Dateiendung; die Ausgabe ist unkomprimiert, sofern Sie nicht -compression angeben; -series 0 konvertiert nur eine Serie. Die Pyramidenform erfordert -noflat, was nur OME-TIFF unterstützt.

ND2 in Python konvertieren

Das Paket nd2 liest ND2 und schreibt seit Version 0.10.0 direkt OME-TIFF:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Für ein NumPy-Array verwenden Sie stattdessen nd2.imread("input.nd2") oder f.asarray(); auch bioio mit dem Plugin bioio-nd2 liest ND2.

ND2 in SlideScope in OME-TIFF konvertieren (ohne Code)

  1. Öffnen Sie die ND2-Datei in SlideScope unter Windows oder Mac.
  2. Wählen Sie File › Export Current Image as TIFF… und einen Speicherort. SlideScope schreibt ein verlustfreies OME-TIFF (.ome.tif) mit Kanalnamen, Farben und Pixelgröße und verändert die Originaldatei nie.
  3. Bei vielen Dateien wählen Sie File › Open Folder, markieren die Dateien und führen „Export the selected files…“ aus, um pro Datei ein OME-TIFF zu erhalten, in dem jede Tischposition als eigenes Bild erhalten bleibt; „Extract scenes from the selected files…“ schreibt jede Tischposition stattdessen als separate Datei.
  4. Öffnen Sie das Ergebnis in Fiji, QuPath oder jedem anderen OME-TIFF-Reader: Fiji übergibt .ome.tif-Dateien an Bio-Formats, das Kalibrierung und Kanäle ausliest.

Für den Export Ihrer eigenen Dateien benötigen Sie ein Abonnement; die mitgelieferten Beispiele lassen sich kostenlos exportieren. Die Konvertierung läuft auf Ihrem eigenen Computer; es wird nichts hochgeladen.

Fragen zur ND2-Konvertierung

Kann ich ND2 kostenlos in TIFF konvertieren?

Ja. Nikons kostenloser NIS-Elements Viewer exportiert ND2 unter Windows in TIFF und mehrseitiges TIFF, Fiji (kostenlos) speichert OME-TIFF über den Bio-Formats Exporter, und die kostenlosen Tools bfconvert und nd2 (Python) konvertieren per Skript.

Soll ich TIFF oder OME-TIFF exportieren?

OME-TIFF. Es erhält die Kanalnamen, die Pixelgröße und die Struktur aus Z, Zeit und Position; ein einfaches TIFF behält meist nur die Pixel, sodass Messungen in anderen Programmen in Pixeln statt in µm herauskommen.

Warum sieht mein exportiertes TIFF schwarz oder sehr dunkel aus?

ND2-Bilder haben meist 12 oder 16 Bit, und ein Viewer, der den vollen Bereich von 0–65.535 anzeigt, lässt sie dunkel erscheinen. Die Daten sind in Ordnung: Passen Sie Helligkeit und Kontrast an, statt in 8 Bit zu konvertieren, wobei Informationen verloren gehen.

Wie konvertiere ich viele ND2-Dateien auf einmal?

Durchlaufen Sie die Dateien in einer Schleife mit bfconvert oder dem Python-Paket nd2. In SlideScope öffnen Sie den Ordner, markieren die Dateien und führen „Export the selected files…“ aus, um pro Datei ein OME-TIFF zu erhalten.

Ist SlideScope kostenlos?

SlideScope ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek (alle Werkzeuge); für Ihre eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement ab $35/Monat.

Erkunden Sie die mitgelieferte Beispielbibliothek kostenlos und mit allen Werkzeugen. Zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement: $35/Monat, abgerechnet bei Abschluss (PayPal oder Karte) und jederzeit in Ihrem Konto kündbar. Bei jährlicher Abrechnung kostet es $349.99/Jahr, das entspricht etwa zwei Gratismonaten.

Konvertieren ohne Upload

Probieren Sie es kostenlos mit den mitgelieferten Beispielen aus; mit einem Abonnement öffnen Sie dann Ihre eigenen ND2-Dateien und exportieren verlustfreies OME-TIFF. Schon entschieden? Jetzt abonnieren.

SlideScope herunterladen