Konwersja ND2

Konwersja ND2 do TIFF lub OME-TIFF na Windows i Macu

Konwertuj pliki ND2 do OME-TIFF, otwartego formatu TIFF, który zachowuje nazwy kanałów i rozmiar piksela: w oprogramowaniu producenta, w bezpłatnym Fiji lub bfconvert, kilkoma linijkami Pythona albo w SlideScope bez pisania kodu. Wybieraj OME-TIFF zamiast zwykłego TIFF: zwykły TIFF zazwyczaj traci kalibrację i metadane kanałów. Nie wrzucaj też nieopublikowanych danych do konwerterów online, które wysyłają Twój plik.

Pobierz SlideScopeWszystkie sposoby konwersji
Bezstratny OME-TIFFKanały i kalibracja zachowaneBez wysyłania plików

Sposoby konwersji ND2 do TIFF

NarzędzieKosztPlatformyUwagi
Nikon NIS-Elements ViewerBezpłatneWindows (5.22); macOS 1.10, eksport nieudokumentowanyFile › Export ND Document (TIF, wielostronicowy TIFF, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files z opcją OME-TIFF
Fiji / ImageJ z Bio-FormatsBezpłatne, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter do OME-TIFF
bfconvert (narzędzia Bio-Formats)Bezpłatne, open sourceWindows, macOS, LinuxWiersz poleceń; przetwarzanie wsadowe, BigTIFF, kompresja
Python (nd2, bioio)Bezpłatne, open sourceWindows, macOS, Linuxnd2 zapisuje OME-TIFF jednym wywołaniem
SlideScopePłatny; eksport własnych plików wymaga subskrypcjiWindows 10/11, macOS 14+Bezstratny OME-TIFF z kanałami, kalibracją i pozycjami stolika, bez kodu, bez wysyłania plików

Unikaj konwerterów online w przypadku danych badawczych: wysyłają plik na cudzy serwer, a nie znaleźliśmy żadnego, który moglibyśmy polecić do ND2.

Konwersja ND2 do TIFF w NIS-Elements Viewer (bezpłatnie)

  1. Otwórz plik ND2 w NIS-Elements Viewer (bezpłatny program firmy Nikon).
  2. Wybierz File › Save/Export to TIFF Files, a następnie Standard TIFF lub OME-TIFF; zaznacz “Include OME Metadata”, aby zachować kalibrację, albo “Store into Multipage TIFF”, aby uzyskać jeden plik na serię.
  3. Możesz też wybrać File › Export ND Document…, aby zapisać plik jako TIF, wielostronicowy TIFF, ND2 lub JPEG2000.

Te kroki pochodzą z podręcznika użytkownika firmy Nikon dla Windows (5.21). Przeglądarka na Maca (1.10) to pierwsze wydanie z podstawowymi funkcjami, a Nikon nie dokumentuje jej opcji eksportu.

Konwersja ND2 do OME-TIFF w Fiji lub za pomocą bfconvert (bezpłatnie)

  1. W Fiji otwórz plik ND2 (zostanie wczytany przez importer Bio-Formats).
  2. Wybierz Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter i zapisz jako .ome.tif. Dla plików powyżej 4 GB użyj rozszerzenia BigTIFF, np. .ome.btf; zwykły .tif jest ograniczony do 4 GB.

Bez otwierania Fiji narzędzia wiersza poleceń Bio-Formats konwertują pliki z terminala (pobierz bftools.zip ze strony Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Format wyjściowy wynika z rozszerzenia; wynik jest nieskompresowany, chyba że podasz -compression; -series 0 konwertuje tylko jedną serię. Postać piramidalna wymaga -noflat, co obsługuje tylko OME-TIFF.

Konwersja ND2 w Pythonie

Pakiet nd2 odczytuje ND2, a od wersji 0.10.0 zapisuje bezpośrednio OME-TIFF:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Aby zamiast tego uzyskać tablicę NumPy, użyj nd2.imread("input.nd2") lub f.asarray(); bioio z wtyczką bioio-nd2 również odczytuje ND2.

Konwersja ND2 do OME-TIFF w SlideScope (bez kodu)

  1. Otwórz plik ND2 w SlideScope na Windows lub Macu.
  2. Wybierz File › Export Current Image as TIFF… i wskaż miejsce zapisu. SlideScope zapisuje bezstratny OME-TIFF (.ome.tif) z nazwami kanałów, kolorami i rozmiarem piksela i nigdy nie zmienia oryginalnego pliku.
  3. W przypadku wielu plików wybierz File › Open Folder, zaznacz pliki i uruchom “Export the selected files…”, aby uzyskać jeden OME-TIFF na plik, w którym każda pozycja stolika jest osobnym obrazem; “Extract scenes from the selected files…” zapisuje natomiast każdą pozycję stolika jako osobny plik.
  4. Otwórz wynik w Fiji, QuPath lub dowolnym czytniku OME-TIFF: Fiji przekazuje pliki .ome.tif do Bio-Formats, które odczytuje kalibrację i kanały.

Eksport własnych plików wymaga subskrypcji; wbudowane przykłady eksportuje się bezpłatnie. Konwersja odbywa się na Twoim komputerze; nic nie jest wysyłane.

Pytania o konwersję ND2

Czy mogę bezpłatnie przekonwertować ND2 do TIFF?

Tak. Bezpłatny NIS-Elements Viewer firmy Nikon eksportuje ND2 do TIFF i wielostronicowego TIFF na Windows, bezpłatne Fiji zapisuje OME-TIFF przez Bio-Formats Exporter, a bezpłatne narzędzia bfconvert i nd2 dla Pythona konwertują pliki ze skryptu.

Eksportować do TIFF czy OME-TIFF?

Do OME-TIFF. Zachowuje nazwy kanałów, rozmiar piksela oraz strukturę Z, czasu i pozycji; zwykły TIFF zazwyczaj zachowuje tylko piksele, więc pomiary w innych programach wychodzą w pikselach zamiast w µm.

Dlaczego wyeksportowany TIFF jest czarny lub bardzo ciemny?

Obrazy ND2 są zwykle 12- lub 16-bitowe, a przeglądarka pokazująca pełny zakres 0-65 535 sprawia, że wyglądają na ciemne. Dane są w porządku: dostosuj jasność i kontrast, zamiast konwertować do 8 bitów, co powoduje utratę informacji.

Jak przekonwertować wiele plików ND2 naraz?

Przetwarzaj pliki w pętli za pomocą bfconvert lub pakietu nd2 dla Pythona. W SlideScope otwórz folder, zaznacz pliki i uruchom “Export the selected files…”, aby uzyskać jeden OME-TIFF na plik.

Czy SlideScope jest bezpłatny?

SlideScope to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia); własne obrazy wymagają subskrypcji od $35/miesiąc.

Przeglądaj bezpłatnie wbudowaną bibliotekę przykładów, ze wszystkimi narzędziami. Do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja: $35/miesiąc, płatne w chwili jej wykupienia (PayPal lub karta), a anulujesz ją w dowolnym momencie na swoim koncie. Dostępne jest rozliczenie roczne za $349.99/rok, co daje około dwóch miesięcy gratis.

Konwersja bez wysyłania plików

Wypróbuj za darmo na wbudowanych przykładach, a potem z subskrypcją otwieraj własne pliki ND2 i eksportuj bezstratny OME-TIFF. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.

Pobierz SlideScope