Конвертация ND2

Как конвертировать ND2 в TIFF или OME-TIFF в Windows и на Mac

Конвертируйте файлы ND2 в OME-TIFF — открытый вариант TIFF, сохраняющий названия каналов и размер пикселя, — в программе производителя, в бесплатных Fiji или bfconvert, несколькими строками на Python или в SlideScope без программирования. Выбирайте OME-TIFF, а не обычный TIFF: в обычном TIFF калибровка и метаданные каналов, как правило, теряются. И не отправляйте неопубликованные данные в онлайн-конвертеры: они загружают ваш файл на сервер.

Скачать SlideScopeВсе варианты конвертации
OME-TIFF без потерьКаналы и калибровка сохраняютсяБез загрузки на сервер

Способы конвертировать ND2 в TIFF

ИнструментСтоимостьПлатформыПримечания
Nikon NIS-Elements ViewerБесплатноWindows (5.22); macOS 1.10, экспорт не описан в документацииFile › Export ND Document (TIF, многостраничный TIFF, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files с вариантом OME-TIFF
Fiji / ImageJ с Bio-FormatsБесплатно, открытый исходный кодWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter в OME-TIFF
bfconvert (инструменты Bio-Formats)Бесплатно, открытый исходный кодWindows, macOS, LinuxКомандная строка; пакетная обработка, BigTIFF, сжатие
Python (nd2, bioio)Бесплатно, открытый исходный кодWindows, macOS, Linuxnd2 записывает OME-TIFF одним вызовом
SlideScopeПлатно; для экспорта собственных файлов нужна подпискаWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF без потерь с каналами, калибровкой и позициями столика, без программирования и загрузки на сервер

Не используйте онлайн-конвертеры для исследовательских данных: они загружают файл на чужой сервер, и мы не нашли ни одного, который могли бы порекомендовать для ND2.

Конвертация ND2 в TIFF в NIS-Elements Viewer (бесплатно)

  1. Откройте ND2 в NIS-Elements Viewer (бесплатная программа Nikon).
  2. Выберите File › Save/Export to TIFF Files и укажите Standard TIFF или OME-TIFF; отметьте «Include OME Metadata», чтобы сохранить калибровку, или «Store into Multipage TIFF», чтобы получить один файл на серию.
  3. Или выберите File › Export ND Document…, чтобы сохранить как TIF, многостраничный TIFF, ND2 или JPEG2000.

Эти шаги взяты из руководства пользователя Nikon для Windows (5.21). Версия для Mac (1.10) — первый выпуск с базовыми функциями, и Nikon не описывает её возможности экспорта.

Конвертация ND2 в OME-TIFF в Fiji или с помощью bfconvert (бесплатно)

  1. Откройте файл ND2 в Fiji (он проходит через импортёр Bio-Formats).
  2. Выберите Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter и сохраните как .ome.tif. Для файлов больше 4 GB используйте расширение BigTIFF, например .ome.btf; обычный .tif ограничен 4 GB.

Не открывая Fiji, можно конвертировать из терминала с помощью инструментов командной строки Bio-Formats (скачайте bftools.zip с сайта Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Формат результата определяется расширением; без параметра -compression результат записывается без сжатия; -series 0 конвертирует только одну серию. Для пирамидальной формы нужен -noflat, который поддерживает только OME-TIFF.

Конвертация ND2 на Python

Пакет nd2 читает ND2 и, начиная с версии 0.10.0, напрямую записывает OME-TIFF:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Чтобы получить массив NumPy, используйте nd2.imread("input.nd2") или f.asarray(); bioio с плагином bioio-nd2 тоже читает ND2.

Конвертация ND2 в OME-TIFF в SlideScope (без программирования)

  1. Откройте файл ND2 в SlideScope в Windows или на Mac.
  2. Выберите File › Export Current Image as TIFF… и укажите, куда сохранить. SlideScope записывает OME-TIFF без потерь (.ome.tif) с названиями и цветами каналов и размером пикселя и никогда не изменяет исходный файл.
  3. Для множества файлов выберите File › Open Folder, выделите файлы и запустите «Export the selected files…», чтобы получить по одному OME-TIFF на файл, где каждая позиция столика сохраняется как отдельное изображение; «Extract scenes from the selected files…» вместо этого записывает каждую позицию столика в отдельный файл.
  4. Откройте результат в Fiji, QuPath или любой программе, читающей OME-TIFF: Fiji передаёт файлы .ome.tif в Bio-Formats, который считывает калибровку и каналы.

Для экспорта собственных файлов нужна подписка; встроенные образцы экспортируются бесплатно. Конвертация выполняется на вашем компьютере; ничего не загружается на сервер.

Вопросы о конвертации ND2

Можно ли конвертировать ND2 в TIFF бесплатно?

Да. Бесплатный NIS-Elements Viewer от Nikon экспортирует ND2 в TIFF и многостраничный TIFF в Windows, бесплатный Fiji сохраняет OME-TIFF через Bio-Formats Exporter, а бесплатные инструменты bfconvert и nd2 для Python конвертируют из скрипта.

Что экспортировать: TIFF или OME-TIFF?

OME-TIFF. Он сохраняет названия каналов, размер пикселя и структуру по Z, времени и позициям; обычный TIFF, как правило, сохраняет только пиксели, поэтому измерения в других программах получаются в пикселях, а не в µm.

Почему экспортированный TIFF выглядит чёрным или очень тёмным?

Изображения ND2 обычно 12- или 16-битные, и программа, показывающая весь диапазон 0–65 535, отображает их тёмными. С данными всё в порядке: настройте яркость и контраст, а не конвертируйте в 8 бит — при этом теряется информация.

Как конвертировать много файлов ND2 за раз?

Обработайте файлы в цикле с помощью bfconvert или пакета nd2 для Python. В SlideScope откройте папку, выделите файлы и запустите «Export the selected files…», чтобы получить по одному OME-TIFF на файл.

SlideScope бесплатный?

SlideScope — платное приложение с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты); для собственных изображений нужна подписка от $35/мес.

Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка: $35/мес., оплата при оформлении (PayPal или карта); отменить её можно в любой момент в своей учётной записи. Доступна и годовая оплата — $349.99/год, что даёт примерно два месяца бесплатно.

Конвертация без загрузки на сервер

Попробуйте бесплатно на встроенных образцах, затем открывайте собственные файлы ND2 и экспортируйте OME-TIFF без потерь по подписке. Уже решили? Оформить подписку.

Скачать SlideScope