การแปลงไฟล์ ND2

แปลง ND2 เป็น TIFF หรือ OME-TIFF บน Windows และ Mac

แปลงไฟล์ ND2 เป็น OME-TIFF ซึ่งเป็น TIFF แบบเปิดที่เก็บชื่อช่องสัญญาณและขนาดพิกเซลไว้ได้ ด้วยซอฟต์แวร์ของผู้ผลิต ด้วย Fiji หรือ bfconvert ที่ใช้ฟรี ด้วย Python ไม่กี่บรรทัด หรือใน SlideScope โดยไม่ต้องเขียนโค้ด ควรเลือก OME-TIFF มากกว่า TIFF ธรรมดา: TIFF ธรรมดามักสูญเสียข้อมูลการปรับเทียบและเมทาดาทาของช่องสัญญาณ และอย่านำข้อมูลที่ยังไม่ได้เผยแพร่ไปใช้กับตัวแปลงออนไลน์ ซึ่งจะอัปโหลดไฟล์ของคุณ

ดาวน์โหลด SlideScopeทางเลือกการแปลงทั้งหมด
OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูลคงช่องสัญญาณและการปรับเทียบไว้ไม่มีการอัปโหลด

วิธีแปลง ND2 เป็น TIFF

เครื่องมือค่าใช้จ่ายแพลตฟอร์มหมายเหตุ
Nikon NIS-Elements ViewerฟรีWindows (5.22); macOS 1.10 ไม่มีเอกสารระบุการส่งออกFile › Export ND Document (TIF, multipage TIFF, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files พร้อมตัวเลือก OME-TIFF
Fiji / ImageJ พร้อม Bio-Formatsฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter เป็น OME-TIFF
bfconvert (เครื่องมือ Bio-Formats)ฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, Linuxบรรทัดคำสั่ง; แบบกลุ่ม, BigTIFF, การบีบอัด
Python (nd2, bioio)ฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, Linuxnd2 เขียน OME-TIFF ได้ในคำสั่งเดียว
SlideScopeชำระเงิน; การส่งออกไฟล์ของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิกWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูล พร้อมช่องสัญญาณ การปรับเทียบ และตำแหน่งแท่นวางตัวอย่าง ไม่ต้องเขียนโค้ด ไม่มีการอัปโหลด

หลีกเลี่ยงตัวแปลงออนไลน์สำหรับข้อมูลวิจัย: ตัวแปลงเหล่านี้อัปโหลดไฟล์ไปยังเซิร์ฟเวอร์ของผู้อื่น และเราไม่พบตัวใดที่แนะนำได้สำหรับ ND2

แปลง ND2 เป็น TIFF ใน NIS-Elements Viewer (ฟรี)

  1. เปิด ND2 ใน NIS-Elements Viewer (ฟรีจาก Nikon)
  2. เลือก File › Save/Export to TIFF Files แล้วเลือก Standard TIFF หรือ OME-TIFF; ติ๊ก “Include OME Metadata” เพื่อเก็บข้อมูลการปรับเทียบ หรือ “Store into Multipage TIFF” เพื่อได้หนึ่งไฟล์ต่อหนึ่งชุดภาพ
  3. หรือเลือก File › Export ND Document… เพื่อบันทึกเป็น TIF, multipage TIFF, ND2 หรือ JPEG2000

ขั้นตอนเหล่านี้มาจากคู่มือผู้ใช้สำหรับ Windows ของ Nikon (5.21) ส่วนโปรแกรมดูบน Mac (1.10) เป็นรุ่นแรกที่มีเฉพาะฟีเจอร์หลัก และ Nikon ไม่ได้มีเอกสารระบุตัวเลือกการส่งออก

แปลง ND2 เป็น OME-TIFF ใน Fiji หรือด้วย bfconvert (ฟรี)

  1. ใน Fiji ให้เปิดไฟล์ ND2 (ไฟล์จะผ่านตัวนำเข้า Bio-Formats)
  2. เลือก Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter แล้วบันทึกเป็น .ome.tif สำหรับไฟล์ที่ใหญ่กว่า 4 GB ให้ใช้นามสกุล BigTIFF เช่น .ome.btf เนื่องจาก .tif ธรรมดาจำกัดขนาดไว้ที่ 4 GB

หากไม่ต้องการเปิด Fiji เครื่องมือบรรทัดคำสั่งของ Bio-Formats ก็แปลงไฟล์จากเทอร์มินัลได้ (ดาวน์โหลด bftools.zip จากเว็บไซต์ Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

รูปแบบผลลัพธ์จะเป็นไปตามนามสกุลไฟล์ ผลลัพธ์จะไม่ถูกบีบอัดเว้นแต่คุณจะใส่ -compression ส่วน -series 0 จะแปลงเพียงชุดภาพเดียว รูปแบบพีระมิดต้องใช้ -noflat ซึ่งรองรับเฉพาะ OME-TIFF

แปลง ND2 ด้วย Python

แพ็กเกจ nd2 อ่าน ND2 ได้ และตั้งแต่เวอร์ชัน 0.10.0 ยังเขียน OME-TIFF ได้โดยตรง:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

หากต้องการอาร์เรย์ NumPy แทน ให้ใช้ nd2.imread("input.nd2") หรือ f.asarray() และ bioio พร้อมปลั๊กอิน bioio-nd2 ก็อ่าน ND2 ได้เช่นกัน

แปลง ND2 เป็น OME-TIFF ใน SlideScope (ไม่ต้องเขียนโค้ด)

  1. เปิดไฟล์ ND2 ใน SlideScope บน Windows หรือ Mac
  2. เลือก File › Export Current Image as TIFF… แล้วเลือกปลายทาง SlideScope จะเขียน OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูล (.ome.tif) พร้อมชื่อช่องสัญญาณ สี และขนาดพิกเซล และจะไม่เปลี่ยนแปลงไฟล์ต้นฉบับเลย
  3. สำหรับไฟล์จำนวนมาก ให้เลือก File › Open Folder เลือกไฟล์ แล้วรัน “Export the selected files…” เพื่อได้ OME-TIFF หนึ่งไฟล์ต่อหนึ่งไฟล์ต้นฉบับ โดยแต่ละตำแหน่งแท่นวางตัวอย่างจะถูกเก็บเป็นภาพแยกภายในไฟล์ ส่วน “Extract scenes from the selected files…” จะเขียนแต่ละตำแหน่งแท่นวางตัวอย่างเป็นไฟล์แยกแทน
  4. เปิดผลลัพธ์ใน Fiji, QuPath หรือโปรแกรมอ่าน OME-TIFF ใดก็ได้: Fiji จะส่งไฟล์ .ome.tif ให้ Bio-Formats ซึ่งอ่านข้อมูลการปรับเทียบและช่องสัญญาณได้

การส่งออกไฟล์ของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก ส่วนภาพตัวอย่างในตัวส่งออกได้ฟรี การแปลงทำงานบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง ไม่มีการอัปโหลดใด ๆ

คำถามเกี่ยวกับการแปลงไฟล์ ND2

แปลง ND2 เป็น TIFF ได้ฟรีหรือไม่?

ได้ NIS-Elements Viewer ที่ใช้ฟรีของ Nikon ส่งออก ND2 เป็น TIFF และ multipage TIFF บน Windows ได้ Fiji (ฟรี) บันทึก OME-TIFF ผ่าน Bio-Formats Exporter และเครื่องมือฟรีอย่าง bfconvert และ nd2 สำหรับ Python ก็แปลงไฟล์จากสคริปต์ได้

ควรส่งออกเป็น TIFF หรือ OME-TIFF?

OME-TIFF เพราะเก็บชื่อช่องสัญญาณ ขนาดพิกเซล และโครงสร้าง Z เวลา และตำแหน่งไว้ได้ ส่วน TIFF ธรรมดามักเก็บไว้เพียงพิกเซล การวัดในโปรแกรมอื่นจึงออกมาเป็นพิกเซลแทนที่จะเป็น µm

ทำไม TIFF ที่ส่งออกจึงดูดำหรือมืดมาก?

ภาพ ND2 มักเป็น 12 หรือ 16 บิต และโปรแกรมดูที่แสดงช่วงเต็ม 0-65,535 จะทำให้ภาพดูมืด ข้อมูลไม่ได้เสียหาย: ให้ปรับความสว่างและคอนทราสต์แทนการแปลงเป็น 8 บิต ซึ่งจะทำให้ข้อมูลสูญหาย

แปลงไฟล์ ND2 จำนวนมากพร้อมกันได้อย่างไร?

วนลูปผ่านไฟล์ด้วย bfconvert หรือแพ็กเกจ nd2 สำหรับ Python ใน SlideScope ให้เปิดโฟลเดอร์ เลือกไฟล์ แล้วรัน “Export the selected files…” เพื่อได้ OME-TIFF หนึ่งไฟล์ต่อหนึ่งไฟล์ต้นฉบับ

SlideScope ใช้ฟรีหรือไม่?

SlideScope เป็นแอปแบบชำระเงินที่มีคลังภาพตัวอย่างฟรี (ใช้ได้ทุกเครื่องมือ) ส่วนภาพของคุณเองต้องสมัครสมาชิกเริ่มต้น $35 ต่อเดือน

สำรวจคลังภาพตัวอย่างในตัวได้ฟรีพร้อมทุกเครื่องมือ การเปิดภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก: $35 ต่อเดือน เรียกเก็บเงินเมื่อคุณสมัคร (PayPal หรือบัตร) และยกเลิกได้ทุกเมื่อจากบัญชีของคุณ มีตัวเลือกชำระรายปีที่ $349.99 ต่อปี ซึ่งเท่ากับได้ใช้ฟรีประมาณสองเดือน

แปลงไฟล์โดยไม่ต้องอัปโหลด

ลองใช้ฟรีกับภาพตัวอย่างในตัว จากนั้นเปิดไฟล์ ND2 ของคุณเองและส่งออกเป็น OME-TIFF แบบไม่สูญเสียข้อมูลด้วยการสมัครสมาชิก ตัดสินใจแล้ว? สมัครสมาชิกเลย

ดาวน์โหลด SlideScope