Конвертування ND2

Конвертування ND2 в TIFF або OME-TIFF у Windows і на Mac

Конвертуйте файли ND2 в OME-TIFF — відкритий TIFF, що зберігає назви каналів і розмір пікселя, — за допомогою програми виробника, безкоштовних Fiji або bfconvert, кількох рядків Python або в SlideScope без коду. Обирайте OME-TIFF замість звичайного TIFF: звичайний TIFF зазвичай втрачає калібрування та метадані каналів. І не завантажуйте неопубліковані дані в онлайн-конвертери, які передають ваш файл на сервер.

Завантажити SlideScopeУсі варіанти конвертування
OME-TIFF без втратКанали й калібрування зберігаютьсяБез завантаження на сервер

Способи конвертувати ND2 в TIFF

ІнструментВартістьПлатформиПримітки
Nikon NIS-Elements ViewerБезкоштовноWindows (5.22); macOS 1.10, експорт не задокументованоFile › Export ND Document (TIF, багатосторінковий TIFF, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files з опцією OME-TIFF
Fiji / ImageJ з Bio-FormatsБезкоштовно, відкритий кодWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter в OME-TIFF
bfconvert (інструменти Bio-Formats)Безкоштовно, відкритий кодWindows, macOS, LinuxКомандний рядок; пакетна обробка, BigTIFF, стиснення
Python (nd2, bioio)Безкоштовно, відкритий кодWindows, macOS, Linuxnd2 записує OME-TIFF одним викликом
SlideScopeПлатна; для експорту власних файлів потрібна передплатаWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF без втрат з каналами, калібруванням і позиціями столика, без коду, без завантаження на сервер

Уникайте онлайн-конвертерів для дослідницьких даних: вони завантажують файл на чужий сервер, і ми не знайшли жодного, який могли б рекомендувати для ND2.

Конвертування ND2 в TIFF у NIS-Elements Viewer (безкоштовно)

  1. Відкрийте ND2 у NIS-Elements Viewer (безкоштовно від Nikon).
  2. Виберіть File › Save/Export to TIFF Files і вкажіть Standard TIFF або OME-TIFF; позначте “Include OME Metadata”, щоб зберегти калібрування, або “Store into Multipage TIFF”, щоб отримати один файл на серію.
  3. Або виберіть File › Export ND Document…, щоб зберегти як TIF, багатосторінковий TIFF, ND2 або JPEG2000.

Ці кроки взято з посібника користувача Nikon для Windows (5.21). Переглядач для Mac (1.10) — початковий випуск з основними функціями, і Nikon не документує його параметри експорту.

Конвертування ND2 в OME-TIFF у Fiji або за допомогою bfconvert (безкоштовно)

  1. У Fiji відкрийте файл ND2 (він проходить через імпортер Bio-Formats).
  2. Виберіть Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter і збережіть як .ome.tif. Для файлів понад 4 GB використовуйте розширення BigTIFF, наприклад .ome.btf; звичайний .tif обмежений 4 GB.

Без відкриття Fiji інструменти командного рядка Bio-Formats конвертують файли з термінала (завантажте bftools.zip із сайту Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Вихідний формат визначається розширенням; результат не стискається, якщо не вказати -compression; -series 0 конвертує лише одну серію. Для пірамідальної форми потрібен -noflat, який підтримує лише OME-TIFF.

Конвертування ND2 у Python

Пакет nd2 читає ND2 і, починаючи з версії 0.10.0, записує OME-TIFF напряму:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Щоб натомість отримати масив NumPy, використовуйте nd2.imread("input.nd2") або f.asarray(); bioio з плагіном bioio-nd2 теж читає ND2.

Конвертування ND2 в OME-TIFF у SlideScope (без коду)

  1. Відкрийте файл ND2 у SlideScope у Windows або на Mac.
  2. Виберіть File › Export Current Image as TIFF… і вкажіть місце збереження. SlideScope записує OME-TIFF без втрат (.ome.tif) з назвами каналів, кольорами та розміром пікселя й ніколи не змінює оригінальний файл.
  3. Для багатьох файлів виберіть File › Open Folder, позначте файли й запустіть “Export the selected files…”, щоб отримати один OME-TIFF на файл, де кожна позиція столика зберігається як окреме зображення всередині; “Extract scenes from the selected files…” натомість записує кожну позицію столика в окремий файл.
  4. Відкрийте результат у Fiji, QuPath або будь-якій програмі, що читає OME-TIFF: Fiji передає файли .ome.tif до Bio-Formats, який читає калібрування й канали.

Для експорту власних файлів потрібна передплата; вбудовані зразки експортуються безкоштовно. Конвертування виконується на вашому власному комп’ютері; нічого не завантажується на сервер.

Запитання про конвертування ND2

Чи можна конвертувати ND2 в TIFF безкоштовно?

Так. Безкоштовний NIS-Elements Viewer від Nikon експортує ND2 в TIFF і багатосторінковий TIFF у Windows, Fiji (безкоштовно) зберігає OME-TIFF через Bio-Formats Exporter, а безкоштовні інструменти bfconvert і nd2 для Python конвертують зі скрипта.

Що експортувати: TIFF чи OME-TIFF?

OME-TIFF. Він зберігає назви каналів, розмір пікселя та структуру Z, часу й позицій; звичайний TIFF зазвичай зберігає лише пікселі, тож вимірювання в інших програмах виходять у пікселях, а не в µm.

Чому мій експортований TIFF чорний або дуже темний?

Зображення ND2 зазвичай 12- або 16-бітні, і переглядач, що показує весь діапазон 0-65,535, робить їх темними. З даними все гаразд: налаштуйте яскравість і контраст, а не конвертуйте у 8 біт, бо це відкидає інформацію.

Як конвертувати багато файлів ND2 одночасно?

Пройдіться по файлах у циклі за допомогою bfconvert або пакета nd2 для Python. У SlideScope відкрийте папку, позначте файли й запустіть “Export the selected files…”, щоб отримати один OME-TIFF на файл.

Чи SlideScope безкоштовний?

SlideScope — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти); для ваших власних зображень потрібна передплата від $35/місяць.

Досліджуйте вбудовану бібліотеку зразків безкоштовно, з усіма інструментами. Щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата: $35/місяць, оплата під час оформлення передплати (PayPal або картка), скасувати можна будь-коли у своєму обліковому записі. Доступна річна оплата — $349.99/рік, що виходить приблизно як два місяці безкоштовно.

Конвертування без завантаження на сервер

Спробуйте безкоштовно на вбудованих зразках, а потім відкривайте власні файли ND2 та експортуйте OME-TIFF без втрат за передплатою. Уже вирішили? Оформити передплату.

Завантажити SlideScope