Conversão de ND2

Converta ND2 para TIFF ou OME-TIFF no Windows e no Mac

Converta arquivos ND2 para OME-TIFF, o TIFF aberto que mantém os nomes dos canais e o tamanho de pixel, com o software do fabricante, com o Fiji ou o bfconvert gratuitos, com algumas linhas de Python ou no SlideScope, sem código. Prefira OME-TIFF a um TIFF simples: um TIFF simples costuma perder a calibração e os metadados dos canais. E não coloque dados não publicados em conversores online, que enviam o seu arquivo.

Baixar o SlideScopeTodas as opções de conversão
OME-TIFF sem perdasCanais e calibração preservadosSem upload

Formas de converter ND2 para TIFF

FerramentaCustoPlataformasObservações
Nikon NIS-Elements ViewerGratuitoWindows (5.22); macOS 1.10, exportação não documentadaFile › Export ND Document (TIF, TIFF multipágina, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files com opção de OME-TIFF
Fiji / ImageJ com Bio-FormatsGratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter para OME-TIFF
bfconvert (ferramentas do Bio-Formats)Gratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxLinha de comando; lote, BigTIFF, compressão
Python (nd2, bioio)Gratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxO nd2 grava OME-TIFF com uma única chamada
SlideScopePago; exportar os seus próprios arquivos exige uma assinaturaWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sem perdas com canais, calibração e posições da platina, sem código e sem upload

Evite conversores online para dados de pesquisa: eles enviam o arquivo para o servidor de outra pessoa, e não encontramos nenhum que pudéssemos recomendar para ND2.

Converta ND2 para TIFF no NIS-Elements Viewer (grátis)

  1. Abra o ND2 no NIS-Elements Viewer (gratuito, da Nikon).
  2. Escolha File › Save/Export to TIFF Files e selecione Standard TIFF ou OME-TIFF; marque “Include OME Metadata” para manter a calibração, ou “Store into Multipage TIFF” para ter um arquivo por série.
  3. Ou escolha File › Export ND Document… para salvar como TIF, TIFF multipágina, ND2 ou JPEG2000.

Estas etapas vêm do guia do usuário da Nikon para Windows (5.21). O visualizador para Mac (1.10) é uma versão inicial com os recursos principais, e a Nikon não documenta as opções de exportação dele.

Converta ND2 para OME-TIFF no Fiji ou com o bfconvert (grátis)

  1. No Fiji, abra o arquivo ND2 (ele passa pelo importador do Bio-Formats).
  2. Escolha Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter e salve como .ome.tif. Para arquivos acima de 4 GB, use uma extensão BigTIFF como .ome.btf; um .tif simples é limitado a 4 GB.

Sem abrir o Fiji, as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats convertem a partir de um terminal (baixe o bftools.zip no site do Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

O formato de saída segue a extensão; a saída não é comprimida a menos que você passe -compression; -series 0 converte apenas uma série. A forma piramidal exige -noflat, que só o OME-TIFF suporta.

Converta ND2 em Python

O pacote nd2 lê ND2 e, desde a versão 0.10.0, grava OME-TIFF diretamente:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Para obter um array NumPy, use nd2.imread("input.nd2") ou f.asarray(); o bioio com o plugin bioio-nd2 também lê ND2.

Converta ND2 para OME-TIFF no SlideScope (sem código)

  1. Abra o arquivo ND2 no SlideScope, no Windows ou no Mac.
  2. Escolha File › Export Current Image as TIFF… e selecione um destino. O SlideScope grava um OME-TIFF sem perdas (.ome.tif) com os nomes dos canais, as cores e o tamanho de pixel, e nunca altera o arquivo original.
  3. Para muitos arquivos, escolha File › Open Folder, selecione os arquivos e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por arquivo, com cada posição da platina mantida como uma imagem própria dentro dele; “Extract scenes from the selected files…”, por sua vez, grava cada posição da platina como um arquivo separado.
  4. Abra o resultado no Fiji, no QuPath ou em qualquer leitor de OME-TIFF: o Fiji passa os arquivos .ome.tif para o Bio-Formats, que lê a calibração e os canais.

Exportar os seus próprios arquivos exige uma assinatura; as amostras incluídas são exportadas de graça. A conversão roda no seu próprio computador; nada é enviado.

Perguntas sobre conversão de ND2

Posso converter ND2 para TIFF de graça?

Sim. O NIS-Elements Viewer gratuito da Nikon exporta ND2 para TIFF e TIFF multipágina no Windows, o Fiji (gratuito) salva OME-TIFF pelo Bio-Formats Exporter, e as ferramentas gratuitas bfconvert e nd2 para Python convertem a partir de um script.

Devo exportar TIFF ou OME-TIFF?

OME-TIFF. Ele mantém os nomes dos canais, o tamanho de pixel e a estrutura de Z, tempo e posições; um TIFF simples costuma manter só os pixels, então as medições em outros programas saem em pixels em vez de µm.

Por que o TIFF exportado aparece preto ou muito escuro?

Imagens ND2 costumam ser de 12 ou 16 bits, e um visualizador que mostra a faixa completa de 0 a 65.535 faz com que pareçam escuras. Os dados estão corretos: ajuste o brilho e o contraste em vez de converter para 8 bits, o que descarta informação.

Como converter muitos arquivos ND2 de uma vez?

Percorra os arquivos em um loop com o bfconvert ou com o pacote nd2 para Python. No SlideScope, abra a pasta, selecione os arquivos e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por arquivo.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); suas próprias imagens exigem uma assinatura a partir de $35/mês.

Explore de graça a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura: $35/mês, cobrada no momento da assinatura (PayPal ou cartão), e você pode cancelar quando quiser na sua conta. Também há cobrança anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

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