Conversion ND2

Convertir un ND2 en TIFF ou OME-TIFF sous Windows et Mac

Convertissez vos fichiers ND2 en OME-TIFF, le TIFF ouvert qui conserve les noms des canaux et la taille de pixel : avec le logiciel du fabricant, avec Fiji ou bfconvert (gratuits), avec quelques lignes de Python, ou dans SlideScope sans code. Préférez l’OME-TIFF à un TIFF simple : un TIFF simple perd généralement l’étalonnage et les métadonnées des canaux. Et tenez les données non publiées à l’écart des convertisseurs en ligne, qui téléversent votre fichier.

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OME-TIFF sans perteCanaux et étalonnage conservésAucun téléversement

Les façons de convertir un ND2 en TIFF

OutilCoûtPlateformesRemarques
Nikon NIS-Elements ViewerGratuitWindows (5.22) ; macOS 1.10, export non documentéFile › Export ND Document (TIF, TIFF multipage, ND2, JPEG2000) ; Save/Export to TIFF Files avec une option OME-TIFF
Fiji / ImageJ avec Bio-FormatsGratuit, open sourceWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter vers OME-TIFF
bfconvert (outils Bio-Formats)Gratuit, open sourceWindows, macOS, LinuxLigne de commande ; traitement par lots, BigTIFF, compression
Python (nd2, bioio)Gratuit, open sourceWindows, macOS, Linuxnd2 écrit un OME-TIFF en un seul appel
SlideScopePayant ; l’export de vos propres fichiers nécessite un abonnementWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sans perte avec canaux, étalonnage et positions de platine, sans code ni téléversement

Évitez les convertisseurs en ligne pour les données de recherche : ils téléversent le fichier sur le serveur de quelqu’un d’autre, et nous n’en avons trouvé aucun que nous puissions recommander pour le ND2.

Convertir un ND2 en TIFF dans NIS-Elements Viewer (gratuit)

  1. Ouvrez le ND2 dans NIS-Elements Viewer (gratuit, fourni par Nikon).
  2. Choisissez File › Save/Export to TIFF Files, puis Standard TIFF ou OME-TIFF ; cochez “Include OME Metadata” pour conserver l’étalonnage, ou “Store into Multipage TIFF” pour obtenir un fichier par série.
  3. Ou choisissez File › Export ND Document… pour enregistrer en TIF, TIFF multipage, ND2 ou JPEG2000.

Ces étapes proviennent du guide d’utilisation Windows de Nikon (5.21). La visionneuse Mac (1.10) est une première version aux fonctions de base, et Nikon ne documente pas ses options d’export.

Convertir un ND2 en OME-TIFF dans Fiji ou avec bfconvert (gratuit)

  1. Dans Fiji, ouvrez le fichier ND2 (il passe par l’importateur Bio-Formats).
  2. Choisissez Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter et enregistrez au format .ome.tif. Pour les fichiers de plus de 4 Go, utilisez une extension BigTIFF comme .ome.btf ; un simple .tif est limité à 4 Go.

Sans ouvrir Fiji, les outils Bio-Formats en ligne de commande convertissent depuis un terminal (téléchargez bftools.zip sur le site de Bio-Formats) :

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

Le format de sortie dépend de l’extension ; la sortie n’est pas compressée sauf si vous passez -compression ; -series 0 ne convertit qu’une seule série. La forme pyramidale nécessite -noflat, que seul l’OME-TIFF prend en charge.

Convertir un ND2 en Python

Le paquet nd2 lit les ND2 et, depuis la version 0.10.0, écrit directement de l’OME-TIFF :

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Pour obtenir plutôt un tableau NumPy, utilisez nd2.imread("input.nd2") ou f.asarray() ; bioio, avec son plugin bioio-nd2, lit aussi les ND2.

Convertir un ND2 en OME-TIFF dans SlideScope (sans code)

  1. Ouvrez le fichier ND2 dans SlideScope sous Windows ou Mac.
  2. Choisissez File › Export Current Image as TIFF… et une destination. SlideScope écrit un OME-TIFF sans perte (.ome.tif) avec les noms des canaux, leurs couleurs et la taille de pixel, et ne modifie jamais le fichier d’origine.
  3. Pour de nombreux fichiers, choisissez File › Open Folder, sélectionnez les fichiers et lancez “Export the selected files…” pour obtenir un OME-TIFF par fichier, chaque position de platine y étant conservée comme une image distincte ; “Extract scenes from the selected files…” écrit au contraire chaque position de platine dans un fichier séparé.
  4. Ouvrez le résultat dans Fiji, QuPath ou tout lecteur OME-TIFF : Fiji confie les fichiers .ome.tif à Bio-Formats, qui lit l’étalonnage et les canaux.

L’export de vos propres fichiers nécessite un abonnement ; les échantillons intégrés s’exportent gratuitement. La conversion s’exécute sur votre propre ordinateur ; rien n’est téléversé.

Questions sur la conversion des ND2

Puis-je convertir un ND2 en TIFF gratuitement ?

Oui. Le NIS-Elements Viewer gratuit de Nikon exporte les ND2 en TIFF et en TIFF multipage sous Windows, Fiji (gratuit) enregistre de l’OME-TIFF via le Bio-Formats Exporter, et les outils gratuits bfconvert et nd2 pour Python convertissent depuis un script.

Dois-je exporter en TIFF ou en OME-TIFF ?

En OME-TIFF. Il conserve les noms des canaux, la taille de pixel et la structure Z, temps et positions ; un TIFF simple ne conserve généralement que les pixels, si bien que les mesures faites ailleurs sont exprimées en pixels au lieu de µm.

Pourquoi mon TIFF exporté apparaît-il noir ou très sombre ?

Les images ND2 sont généralement en 12 ou 16 bits, et une visionneuse qui affiche toute la plage 0-65 535 les fait paraître sombres. Les données sont intactes : ajustez la luminosité et le contraste plutôt que de convertir en 8 bits, ce qui détruit de l’information.

Comment convertir de nombreux fichiers ND2 en une fois ?

Parcourez les fichiers en boucle avec bfconvert ou le paquet Python nd2. Dans SlideScope, ouvrez le dossier, sélectionnez les fichiers et lancez “Export the selected files…” pour obtenir un OME-TIFF par fichier.

SlideScope est-il gratuit ?

SlideScope est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) ; vos propres images nécessitent un abonnement à partir de $35/mois.

Explorez gratuitement la bibliothèque d’échantillons intégrée, avec tous les outils. Pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement : $35/mois, facturé dès la souscription (PayPal ou carte), annulable à tout moment depuis votre compte. Une facturation annuelle est proposée à $349.99/an, soit environ deux mois offerts.

Convertir sans téléverser

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