ND2 कन्वर्ज़न

Windows और Mac पर ND2 को TIFF या OME-TIFF में बदलें

ND2 फ़ाइलों को OME-TIFF में बदलें, यानी वह ओपन TIFF जो चैनल के नाम और पिक्सेल आकार बनाए रखता है: वेंडर के सॉफ़्टवेयर से, मुफ़्त Fiji या bfconvert से, Python की कुछ पंक्तियों से, या बिना कोड के SlideScope में। सादे TIFF के बजाय OME-TIFF चुनें: सादा TIFF आम तौर पर कैलिब्रेशन और चैनल मेटाडेटा खो देता है। और अप्रकाशित डेटा को ऑनलाइन कन्वर्टर से दूर रखें, जो आपकी फ़ाइल अपलोड करते हैं।

SlideScope डाउनलोड करेंकन्वर्ज़न के सभी विकल्प
लॉसलेस OME-TIFFचैनल और कैलिब्रेशन सुरक्षितकोई अपलोड नहीं

ND2 को TIFF में बदलने के तरीके

टूललागतप्लैटफ़ॉर्मटिप्पणियाँ
Nikon NIS-Elements Viewerमुफ़्तWindows (5.22); macOS 1.10, एक्सपोर्ट का कोई दस्तावेज़ नहींFile › Export ND Document (TIF, मल्टीपेज TIFF, ND2, JPEG2000); OME-TIFF विकल्प के साथ Save/Export to TIFF Files
Bio-Formats के साथ Fiji / ImageJमुफ़्त, ओपन सोर्सWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter से OME-TIFF में
bfconvert (Bio-Formats टूल)मुफ़्त, ओपन सोर्सWindows, macOS, Linuxकमांड लाइन; बैच, BigTIFF, कम्प्रेशन
Python (nd2, bioio)मुफ़्त, ओपन सोर्सWindows, macOS, Linuxnd2 एक ही कॉल में OME-TIFF लिखता है
SlideScopeपेड; अपनी फ़ाइलें एक्सपोर्ट करने के लिए सदस्यता ज़रूरीWindows 10/11, macOS 14+चैनल, कैलिब्रेशन और स्टेज पोज़िशन के साथ लॉसलेस OME-TIFF, बिना कोड, बिना अपलोड

रिसर्च डेटा के लिए ऑनलाइन कन्वर्टर से बचें: वे फ़ाइल को किसी और के सर्वर पर अपलोड करते हैं, और हमें ND2 के लिए ऐसा कोई नहीं मिला जिसकी हम सिफ़ारिश कर सकें।

NIS-Elements Viewer में ND2 को TIFF में बदलें (मुफ़्त)

  1. ND2 को NIS-Elements Viewer (Nikon से मुफ़्त) में खोलें।
  2. File › Save/Export to TIFF Files चुनें, और Standard TIFF या OME-TIFF चुनें; कैलिब्रेशन बनाए रखने के लिए “Include OME Metadata” पर टिक करें, या हर सीरीज़ की एक फ़ाइल के लिए “Store into Multipage TIFF” पर।
  3. या TIF, मल्टीपेज TIFF, ND2 या JPEG2000 के रूप में सेव करने के लिए File › Export ND Document… चुनें।

ये चरण Nikon की Windows यूज़र गाइड (5.21) से लिए गए हैं। Mac व्यूअर (1.10) मुख्य फ़ीचर वाली शुरुआती रिलीज़ है, और Nikon ने इसके एक्सपोर्ट विकल्पों का दस्तावेज़ नहीं दिया है।

Fiji में या bfconvert से ND2 को OME-TIFF में बदलें (मुफ़्त)

  1. Fiji में ND2 फ़ाइल खोलें (यह Bio-Formats इम्पोर्टर से होकर खुलती है)।
  2. Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter चुनें और .ome.tif के रूप में सेव करें। 4 GB से बड़ी फ़ाइलों के लिए .ome.btf जैसा BigTIFF एक्सटेंशन इस्तेमाल करें; सादा .tif 4 GB तक सीमित है।

Fiji खोले बिना, Bio-Formats के कमांड-लाइन टूल टर्मिनल से कन्वर्ट करते हैं (Bio-Formats साइट से bftools.zip डाउनलोड करें):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

आउटपुट फ़ॉर्मैट एक्सटेंशन से तय होता है; जब तक आप -compression न दें, आउटपुट अनकम्प्रेस्ड होता है; -series 0 केवल एक सीरीज़ कन्वर्ट करता है। पिरामिड रूप के लिए -noflat चाहिए, जिसे केवल OME-TIFF सपोर्ट करता है।

Python में ND2 कन्वर्ट करें

nd2 पैकेज ND2 पढ़ता है और, वर्शन 0.10.0 से, सीधे OME-TIFF लिखता है:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

इसके बजाय NumPy ऐरे के लिए nd2.imread("input.nd2") या f.asarray() का उपयोग करें; अपने bioio-nd2 प्लगइन के साथ bioio भी ND2 पढ़ता है।

SlideScope में ND2 को OME-TIFF में बदलें (बिना कोड)

  1. Windows या Mac पर SlideScope में ND2 फ़ाइल खोलें।
  2. File › Export Current Image as TIFF… चुनें और गंतव्य चुनें। SlideScope चैनल के नाम, रंग और पिक्सेल आकार के साथ एक लॉसलेस OME-TIFF (.ome.tif) लिखता है, और मूल फ़ाइल को कभी नहीं बदलता।
  3. कई फ़ाइलों के लिए, File › Open Folder चुनें, फ़ाइलें चुनें, और हर फ़ाइल का एक OME-TIFF पाने के लिए “Export the selected files…” चलाएँ, जिसमें हर स्टेज पोज़िशन उसके अंदर अपनी अलग इमेज के रूप में रहती है; इसके बजाय “Extract scenes from the selected files…” हर स्टेज पोज़िशन को एक अलग फ़ाइल के रूप में लिखता है।
  4. परिणाम को Fiji, QuPath या किसी भी OME-TIFF रीडर में खोलें: Fiji .ome.tif फ़ाइलें Bio-Formats को सौंपता है, जो कैलिब्रेशन और चैनल पढ़ता है।

अपनी फ़ाइलें एक्सपोर्ट करने के लिए सदस्यता ज़रूरी है; बिल्ट-इन सैंपल मुफ़्त में एक्सपोर्ट होते हैं। कन्वर्ज़न आपके अपने कंप्यूटर पर चलता है; कुछ भी अपलोड नहीं होता।

ND2 कन्वर्ज़न से जुड़े सवाल

क्या मैं ND2 को मुफ़्त में TIFF में बदल सकता हूँ?

हाँ। Nikon का मुफ़्त NIS-Elements Viewer, Windows पर ND2 को TIFF और मल्टीपेज TIFF में एक्सपोर्ट करता है, Fiji (मुफ़्त) Bio-Formats Exporter से OME-TIFF सेव करता है, और मुफ़्त bfconvert और nd2 Python टूल स्क्रिप्ट से कन्वर्ट करते हैं।

मुझे TIFF एक्सपोर्ट करना चाहिए या OME-TIFF?

OME-TIFF। यह चैनल के नाम, पिक्सेल आकार और Z, समय व पोज़िशन की संरचना बनाए रखता है; सादा TIFF आम तौर पर केवल पिक्सेल रखता है, इसलिए दूसरी जगह किए गए माप µm के बजाय पिक्सेल में आते हैं।

मेरा एक्सपोर्ट किया गया TIFF काला या बहुत गहरा क्यों दिखता है?

ND2 इमेज आम तौर पर 12- या 16-bit होती हैं, और जो व्यूअर पूरी 0-65,535 रेंज दिखाता है उसमें वे गहरी दिखती हैं। डेटा ठीक है: 8-bit में बदलने के बजाय ब्राइटनेस और कंट्रास्ट एडजस्ट करें, क्योंकि 8-bit में बदलने से जानकारी खो जाती है।

मैं एक साथ कई ND2 फ़ाइलें कैसे कन्वर्ट करूँ?

bfconvert या nd2 Python पैकेज से फ़ाइलों पर लूप चलाएँ। SlideScope में, फ़ोल्डर खोलें, फ़ाइलें चुनें और हर फ़ाइल का एक OME-TIFF पाने के लिए “Export the selected files…” चलाएँ।

क्या SlideScope मुफ़्त है?

SlideScope एक पेड ऐप है जिसके साथ मुफ़्त सैंपल लाइब्रेरी (हर टूल के साथ) मिलती है; आपकी अपनी इमेज के लिए $35/माह से सदस्यता ज़रूरी है।

बिल्ट-इन सैंपल लाइब्रेरी को हर टूल के साथ मुफ़्त में आज़माएँ। अपनी इमेज खोलने के लिए सदस्यता ज़रूरी है: $35/माह, जिसका शुल्क सब्सक्राइब करते ही लिया जाता है (PayPal या कार्ड), और आप अपने खाते से कभी भी रद्द कर सकते हैं। वार्षिक बिलिंग $349.99/वर्ष पर उपलब्ध है, जो लगभग दो महीने मुफ़्त के बराबर पड़ती है।

बिना अपलोड किए कन्वर्ट करें

बिल्ट-इन सैंपल पर इसे मुफ़्त आज़माएँ, फिर सदस्यता के साथ अपनी ND2 फ़ाइलें खोलें और लॉसलेस OME-TIFF एक्सपोर्ट करें। पहले ही तय कर चुके हैं? अभी सब्सक्राइब करें।

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