Conversão de ND2

Converter ND2 para TIFF ou OME-TIFF no Windows e no Mac

Converta ficheiros ND2 para OME-TIFF, o TIFF aberto que mantém os nomes dos canais e o tamanho do píxel, com o software do fabricante, com o Fiji ou o bfconvert gratuitos, com algumas linhas de Python ou no SlideScope sem código. Prefira o OME-TIFF a um TIFF simples: um TIFF simples perde normalmente a calibração e os metadados dos canais. E mantenha os dados não publicados longe dos conversores online, que carregam o seu ficheiro.

Transferir o SlideScopeTodas as opções de conversão
OME-TIFF sem perdasCanais e calibração preservadosSem carregamentos

Formas de converter ND2 para TIFF

FerramentaCustoPlataformasNotas
Nikon NIS-Elements ViewerGratuitoWindows (5.22); macOS 1.10, exportação não documentadaFile › Export ND Document (TIF, TIFF multipágina, ND2, JPEG2000); Save/Export to TIFF Files com uma opção OME-TIFF
Fiji / ImageJ com Bio-FormatsGratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxBio-Formats Exporter para OME-TIFF
bfconvert (ferramentas Bio-Formats)Gratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxLinha de comandos; lote, BigTIFF, compressão
Python (nd2, bioio)Gratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxO nd2 escreve OME-TIFF numa única chamada
SlideScopePago; exportar os seus próprios ficheiros requer uma subscriçãoWindows 10/11, macOS 14+OME-TIFF sem perdas com canais, calibração e posições da platina, sem código e sem carregamentos

Evite conversores online para dados de investigação: carregam o ficheiro para o servidor de outra pessoa e não encontrámos nenhum que pudéssemos recomendar para ND2.

Converter ND2 para TIFF no NIS-Elements Viewer (gratuito)

  1. Abra o ND2 no NIS-Elements Viewer (gratuito, da Nikon).
  2. Escolha File › Save/Export to TIFF Files e selecione Standard TIFF ou OME-TIFF; assinale “Include OME Metadata” para manter a calibração, ou “Store into Multipage TIFF” para obter um ficheiro por série.
  3. Ou escolha File › Export ND Document… para guardar como TIF, TIFF multipágina, ND2 ou JPEG2000.

Estes passos vêm do guia do utilizador da Nikon para Windows (5.21). O visualizador para Mac (1.10) é uma versão inicial com as funcionalidades essenciais e a Nikon não documenta as suas opções de exportação.

Converter ND2 para OME-TIFF no Fiji ou com o bfconvert (gratuito)

  1. No Fiji, abra o ficheiro ND2 (passa pelo importador Bio-Formats).
  2. Escolha Plugins › Bio-Formats › Bio-Formats Exporter e guarde como .ome.tif. Para ficheiros com mais de 4 GB, use uma extensão BigTIFF como .ome.btf; um .tif simples está limitado a 4 GB.

Sem abrir o Fiji, as ferramentas de linha de comandos Bio-Formats convertem a partir de um terminal (transfira o bftools.zip do site do Bio-Formats):

bfconvert input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -bigtiff -compression LZW -tilex 512 -tiley 512 input.nd2 output.ome.tiff
bfconvert -noflat -pyramid-resolutions 4 -pyramid-scale 2 input.nd2 output.ome.tiff

O formato de saída segue a extensão; a saída não é comprimida, a menos que indique -compression; -series 0 converte apenas uma série. A forma em pirâmide requer -noflat, que só o OME-TIFF suporta.

Converter ND2 em Python

O pacote nd2 lê ND2 e, desde a versão 0.10.0, escreve OME-TIFF diretamente:

import nd2

with nd2.ND2File("input.nd2") as f:
f.write_tiff("output.ome.tif")

Para obter antes um array NumPy, use nd2.imread("input.nd2") ou f.asarray(); o bioio, com o plugin bioio-nd2, também lê ND2.

Converter ND2 para OME-TIFF no SlideScope (sem código)

  1. Abra o ficheiro ND2 no SlideScope, no Windows ou no Mac.
  2. Escolha File › Export Current Image as TIFF… e selecione um destino. O SlideScope escreve um OME-TIFF sem perdas (.ome.tif) com os nomes dos canais, as cores e o tamanho do píxel, e nunca altera o ficheiro original.
  3. Para muitos ficheiros, escolha File › Open Folder, selecione os ficheiros e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por ficheiro, com cada posição da platina guardada como uma imagem própria dentro dele; “Extract scenes from the selected files…” escreve, em vez disso, cada posição da platina num ficheiro separado.
  4. Abra o resultado no Fiji, no QuPath ou em qualquer leitor de OME-TIFF: o Fiji entrega os ficheiros .ome.tif ao Bio-Formats, que lê a calibração e os canais.

Exportar os seus próprios ficheiros requer uma subscrição; as amostras incluídas exportam gratuitamente. A conversão é feita no seu próprio computador; nada é carregado.

Perguntas sobre a conversão de ND2

Posso converter ND2 para TIFF gratuitamente?

Sim. O NIS-Elements Viewer gratuito da Nikon exporta ND2 para TIFF e TIFF multipágina no Windows, o Fiji (gratuito) guarda OME-TIFF através do Bio-Formats Exporter, e as ferramentas gratuitas bfconvert e nd2 para Python convertem a partir de um script.

Devo exportar TIFF ou OME-TIFF?

OME-TIFF. Mantém os nomes dos canais, o tamanho do píxel e a estrutura de Z, tempo e posições; um TIFF simples mantém normalmente apenas os píxeis, por isso as medições noutros programas saem em píxeis em vez de µm.

Porque é que o meu TIFF exportado aparece preto ou muito escuro?

As imagens ND2 são normalmente de 12 ou 16 bits, e um visualizador que mostre o intervalo completo de 0-65 535 fá-las parecer escuras. Os dados estão bem: ajuste o brilho e o contraste em vez de converter para 8 bits, o que deita informação fora.

Como converto muitos ficheiros ND2 de uma vez?

Percorra os ficheiros num ciclo com o bfconvert ou com o pacote Python nd2. No SlideScope, abra a pasta, selecione os ficheiros e execute “Export the selected files…” para obter um OME-TIFF por ficheiro.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); as suas próprias imagens precisam de uma subscrição a partir de $35/mês.

Explore gratuitamente a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição: $35/mês, cobrada no momento em que subscreve (PayPal ou cartão), e pode cancelar quando quiser na sua conta. Existe faturação anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

Converter sem carregar nada

Experimente gratuitamente nas amostras incluídas e, depois, abra os seus próprios ficheiros ND2 e exporte OME-TIFF sem perdas com uma subscrição. Já decidiu? Subscreva agora.

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